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万見
- PDB-8p13: Cryo-EM structure of Rhodopsin-Gi bound with antibody fragments s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p13
タイトルCryo-EM structure of Rhodopsin-Gi bound with antibody fragments scFv16 and Fab79, conformation 1
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • (Immunoglobin G ...) x 2
  • Rhodopsin
  • single-chain Fv 16
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / Rhodopsin / G protein / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Olfactory Signaling Pathway / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Olfactory Signaling Pathway / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / podosome assembly / G protein-coupled photoreceptor activity / 11-cis retinal binding / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / rod photoreceptor outer segment / cellular response to light stimulus / eye photoreceptor cell development / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / response to light intensity / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / phototransduction, visible light / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / phototransduction / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein localization to cell cortex / Adenylate cyclase inhibitory pathway / T cell migration / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / sperm midpiece / visual perception / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of insulin secretion / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to peptide hormone / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / microtubule cytoskeleton organization / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / GDP binding / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / intracellular protein localization / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / cell-cell junction / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / G protein activity / GTPase binding / retina development in camera-type eye
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / Rhodopsin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Pamula, F. / Tejero, O. / Muehle, J. / Thoma, R. / Schertler, G.F.X. / Marino, J. / Tsai, C.-J.
資金援助 スイス, European Union, 4件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation173335 スイス
Swiss National Science Foundation153145 スイス
Swiss National Science Foundation192760 スイス
European Research Council (ERC)951644European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization of two novel antibody fragments for obtaining cryo-EM structures of GPCR-G protein complexes
著者: Pamula, F. / Tejero, O. / Muehle, J. / Thoma, R. / Schertler, G.F.X. / Marino, J. / Tsai, C.-J.
履歴
登録2023年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Rhodopsin
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
S: single-chain Fv 16
H: Immunoglobin G heavy chain FAB fragment
L: Immunoglobin G light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,3267
ポリマ－210,3267
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The sample is purified by gel filtration showing a monodisperse peak.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 R

#1: タンパク質 Rhodopsin


分子量: 39040.527 Da / 分子数: 1 / 変異: N2C, M257Y, D282C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: rod photoreceptor cell / 遺伝子: RHO / Cell (発現宿主): embryonic / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 / 参照: UniProt: P02699

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 43182.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P63096
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37416.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: retina / 参照: UniProt: P62871
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / Transducin gamma chain


分子量: 8556.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: retina / 参照: UniProt: P02698

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抗体 , 3種, 3分子 SHL

#5: 抗体 single-chain Fv 16


分子量: 27784.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: B cell / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#6: 抗体 Immunoglobin G heavy chain FAB fragment


分子量: 27971.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma
#7: 抗体 Immunoglobin G light chain


分子量: 26372.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Rhodopsin-Gi-scFv16-Fab79 complexCOMPLEXbovine rhodopsin N2C/M257Y/D282Call0MULTIPLE SOURCES
2RhodopsinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1COMPLEX#21RECOMBINANT
4Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 and Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1COMPLEX#3-#41NATURAL
5single-chain Fv 16COMPLEX#51RECOMBINANT
6Immunoglobin G heavy chain FAB fragment and Immunoglobin G light chainCOMPLEX#6-#71NATURAL
分子量値: 0.195 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Bos taurus (ウシ)9913
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Bos taurus (ウシ)9913
55Mus musculus (ハツカネズミ)10090
66Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
35Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
10cryoSPARC2.13初期オイラー角割当
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7026029
3次元再構成解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 360 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDChain residue rangeInitial refinement model-IDPdb chain residue rangeSource nameタイプ詳細
16FUF

6fuf

R6FUFR1-32211-322PDBexperimental model
26QNO

6qno

A6QNOA1-4221-42PDBexperimental model
36QNO

6qno

A6QNOA181-3542181-354PDBexperimental model
4A43-180AlphaFoldin silico model
56QNO

6qno

B6QNOB2PDBexperimental model
66QNO

6qno

G6QNOG2PDBexperimental model
76CRK

6crk

S6CRKS4PDBexperimental modelchain D in 6CRK.pdb
8HAlphaFoldin silico model
9LAlphaFoldin silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00513292
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.07118030
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.091815
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0552016
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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