PDB-8oxy: Transglutaminase 3 without calcium in complex with DH patient-der...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oxy

タイトル

Transglutaminase 3 without calcium in complex with DH patient-derived Fab DH63-B02

要素

(Antibody fab fragment ...) x 2
Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain

キーワード

TRANSFERASE / Transglutaminase / TGM3 / TG3 / Transglutaminase 3 / enzyme / antibody / dermatitis herpetiformis / IGHV3-9 / IGLV6-57

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / keratinization / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / catalytic activity / keratinocyte differentiation / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Heggelund, J.E. / Sollid, L.M.

資金援助

ノルウェー, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Autoantibody binding and unique enzyme-substrate intermediate conformation of human transglutaminase 3.
著者: Heggelund, J.E. / Das, S. / Stamnaes, J. / Iversen, R. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oxy.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oxy.ent.gz	691.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oxy_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oxy_full_validation.pdf.gz	478 KB	表示
XML形式データ	8oxy_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	8oxy_validation.cif.gz	73.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oxvC 8oxwC 8oxxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-1022934233 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (13) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain

B: Antibody fab fragment heavy chain

C: Antibody fab fragment light chain

ヘテロ分子

125 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.022, 92.275, 90.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.310, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain 分子量: 76706.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08188

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体	Antibody fab fragment heavy chain 分子量: 24112.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGHV3-9 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Antibody fab fragment light chain 分子量: 23149.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 841分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Bicine-Tris pH 8.5, 22% Ethylene glycol, 11% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月24日
放射	モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→60.43 Å / Num. obs: 88598 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.1 / R_rim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 4358 / CC_1/2: 0.599 / R_pim(I) all: 0.812 / R_rim(I) all: 1.231

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.7	モデル構築
DIALS	3.12.1	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→58.765 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 10.205 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.155
詳細: TLS refinement. Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2261	4529	5.114 %
R_work	0.1758	84032	-
all	0.178	-	-
obs	-	88561	99.873 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.537 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.572 Å²	0 Å²	-0.236 Å²
2-	-	1.435 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.155 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→58.765 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8600	0	49	829	9478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	8876
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.663	1.642	12054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.563	1.566	19013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.899	5	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.678	5	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.041	10	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.192	10	379
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	8125
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	4383
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.11	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.886	2.672	4493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.886	2.672	4493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.383	4.777	5618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.383	4.778	5619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.083	3.024	4383
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.958	3.02	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.119	5.335	6436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.108	5.33	6431
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.588	30.683	10140
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.491	29.876	9922

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.305	357	0.295	6206	0.296	6573	0.923	0.927	99.8479	0.298
2.052-2.108	0.301	335	0.263	5987	0.265	6328	0.937	0.944	99.9052	0.265
2.108-2.169	0.292	315	0.245	5823	0.247	6143	0.943	0.955	99.9186	0.245
2.169-2.236	0.257	284	0.234	5751	0.235	6038	0.95	0.96	99.9503	0.231
2.236-2.309	0.255	333	0.213	5513	0.215	5851	0.954	0.967	99.9145	0.209
2.309-2.39	0.255	293	0.197	5312	0.2	5610	0.961	0.974	99.9109	0.191
2.39-2.48	0.228	277	0.181	5135	0.184	5423	0.968	0.979	99.7972	0.173
2.48-2.581	0.208	248	0.17	5020	0.172	5279	0.969	0.981	99.7916	0.162
2.581-2.696	0.233	274	0.156	4710	0.16	4988	0.966	0.985	99.9198	0.145
2.696-2.827	0.243	239	0.153	4594	0.157	4837	0.964	0.986	99.9173	0.144
2.827-2.979	0.207	198	0.145	4391	0.147	4590	0.973	0.987	99.9782	0.137
2.979-3.16	0.201	211	0.147	4089	0.15	4302	0.977	0.988	99.9535	0.141
3.16-3.377	0.206	188	0.153	3879	0.156	4072	0.975	0.988	99.8772	0.151
3.377-3.647	0.215	196	0.169	3611	0.171	3813	0.975	0.987	99.8426	0.171
3.647-3.993	0.218	161	0.174	3330	0.176	3496	0.976	0.985	99.857	0.178
3.993-4.462	0.198	189	0.145	3008	0.148	3197	0.976	0.989	100	0.153
4.462-5.147	0.167	140	0.134	2660	0.136	2808	0.985	0.991	99.7151	0.144
5.147-6.292	0.24	126	0.187	2240	0.19	2371	0.983	0.989	99.7891	0.195
6.292-8.848	0.253	110	0.184	1758	0.188	1877	0.971	0.987	99.5205	0.193
8.848-58.765	0.21	55	0.16	1014	0.162	1073	0.982	0.983	99.6272	0.211

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5128	-0.0827	0.2494	0.0302	-0.0912	0.2859	0.0208	0.0452	0.0111	-0.0018	-0.0191	0.0087	0.0044	0.0484	-0.0017	0.0047	0.0196	0.0045	0.1098	-0.0021	0.0719	27.8262	0.0599	27.171
2	0.5207	-0.0071	-0.5365	0.045	-0.0837	0.8111	0.0566	-0.0841	0.0712	-0.0362	0.0628	0.012	0.0573	0.0399	-0.1194	0.0515	-0.0177	-0.0144	0.1469	-0.0076	0.0377	0.0505	3.3048	73.6421
3	0.3736	-0.1099	0.2071	0.0329	-0.0683	0.3711	0.1179	0.0072	0.0301	-0.0328	0.008	-0.0064	0.0649	-0.0533	-0.1259	0.0507	-0.0077	-0.0085	0.0372	0.0306	0.1113	-10.432	1.427	60.8428

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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