PDB-8oxx: Transglutaminase 3 in complex with inhibitor Z-don and DH patient...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oxx

タイトル

Transglutaminase 3 in complex with inhibitor Z-don and DH patient-derived Fab DH63-B02

要素

(Antibody fab fragment ...) x 2
Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain

キーワード

TRANSFERASE / Transglutaminase / TGM3 / TG3 / Transglutaminase 3 / enzyme / antibody / dermatitis herpetiformis / inhibitor / Z-don / IGHV3-9 / IGLV6-57

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / keratinization / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / catalytic activity / keratinocyte differentiation / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Heggelund, J.E. / Sollid, L.M.

資金援助

ノルウェー, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Autoantibody binding and unique enzyme-substrate intermediate conformation of human transglutaminase 3.
著者: Heggelund, J.E. / Das, S. / Stamnaes, J. / Iversen, R. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oxx.cif.gz	877.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oxx.ent.gz	555.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oxvC 8oxwC 8oxyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-874802477 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (13) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain

B: Antibody fab fragment heavy chain

C: Antibody fab fragment light chain

ヘテロ分子

99.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.271, 65.005, 90.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.854, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E 27 kDa non-catalytic chain 分子量: 50925.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08188

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体	Antibody fab fragment heavy chain 分子量: 23922.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGHV3-9 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Antibody fab fragment light chain 分子量: 23149.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IGLV6-57 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 9種, 468分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#7: 化合物	ChemComp-P6S / benzyl hydrogen carbonate / 炭酸ベンジル分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-ONL / 5-OXO-L-NORLEUCINE / 5-オキソ-L-ノルロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 145.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-DVA / D-VALINE / D-バリンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-DPR / D-PROLINE / D-プロリンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-MLL / METHYL L-LEUCINATE / L-ロイシンメチルタイプ: L-peptide linking / 分子量: 145.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.1M Hepes-mops pH 7.1, 22% ethylene glycol, 11% PEG8000, 8 mM CaCl2, 8 mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→52.804 Å / Num. obs: 30234 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.09 / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.01-52.75	3.5	0.031	724	0.998	0.028	0.041
2.5-2.6	3.9	0.576	3536	0.79	0.516	0.776

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
REFMAC	5.8.0411	精密化
Coot	0.9.8.7	モデル構築
PHASER	2.8.3	位相決定
XDS	20220110	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→52.804 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.143 / SU B: 19.249 / SU ML: 0.221 / Average fsc free: 0.9615 / Average fsc work: 0.9808 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.293 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2221	1532	5.069 %
R_work	0.1544	28690	-
all	0.158	-	-
obs	-	30222	94.299 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.347 Å²	-0 Å²	-1.621 Å²
2-	-	-1.578 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.603 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→52.804 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6898	0	75	453	7426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	7158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6506
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.014	0.1	49359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.644	9704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.57	1.568	15001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.196	5	898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.703	5	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.107	10	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	15.602	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.129	10	308
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	6004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	3860
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.152	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.076	3.492	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.072	3.493	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.244	6.257	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.248	6.259	4495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.801	3.901	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.801	3.902	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.432	6.952	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.431	6.953	5211
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.034	68.766	54103
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.031	68.763	54045

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.303	101	0.252	2209	0.254	2340	0.945	0.961	98.7179	0.246
2.565-2.635	0.287	116	0.226	2136	0.229	2283	0.944	0.967	98.6421	0.215
2.635-2.711	0.311	107	0.204	2091	0.209	2234	0.942	0.972	98.3885	0.191
2.711-2.794	0.282	104	0.204	2012	0.208	2140	0.939	0.972	98.8785	0.189
2.794-2.886	0.293	97	0.189	1975	0.194	2096	0.954	0.977	98.855	0.173
2.886-2.987	0.271	77	0.172	1961	0.176	2063	0.958	0.981	98.7882	0.156
2.987-3.099	0.258	116	0.166	1811	0.171	1961	0.952	0.982	98.2662	0.15
3.099-3.225	0.244	104	0.172	1741	0.176	1864	0.961	0.981	98.9807	0.157
3.225-3.368	0.238	85	0.16	1710	0.164	1822	0.964	0.985	98.5181	0.15
3.368-3.532	0.22	79	0.166	1622	0.169	1738	0.975	0.987	97.8711	0.158
3.532-3.722	0.241	48	0.157	674	0.162	1650	0.968	0.989	43.7576	0.155
3.722-3.946	0.257	49	0.158	1021	0.163	1577	0.967	0.988	67.8503	0.151
3.946-4.217	0.237	84	0.138	1373	0.143	1468	0.97	0.99	99.2507	0.134
4.217-4.552	0.143	93	0.104	1264	0.107	1375	0.989	0.995	98.6909	0.102
4.552-4.983	0.158	66	0.1	1201	0.103	1272	0.982	0.994	99.6069	0.099
4.983-5.565	0.214	56	0.117	1078	0.122	1155	0.978	0.993	98.1818	0.114
5.565-6.414	0.212	57	0.144	949	0.148	1030	0.977	0.991	97.6699	0.138
6.414-7.827	0.237	37	0.141	824	0.146	871	0.981	0.99	98.8519	0.138
7.827-10.95	0.115	30	0.105	658	0.105	692	0.994	0.994	99.422	0.111
10.95-52.804	0.17	26	0.192	380	0.19	414	0.975	0.974	98.0676	0.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5173	-0.2651	0.165	0.354	-0.0401	0.0792	0.01	-0.0907	0.1482	-0.1134	-0.0219	-0.1681	0.0259	-0.0569	0.012	0.1634	-0.0054	0.0121	0.0479	0.0141	0.0936	42.4963	6.1001	13.2878
2	0.5592	0.0114	-0.3963	0.0535	0.057	0.3894	0.0473	0.0297	0.0738	0.0735	0.0499	-0.0251	0.1222	0.0198	-0.0971	0.2469	0.0306	-0.0653	0.0495	-0.0108	0.0314	16.3851	2.3511	63.5843
3	0.367	-0.0268	-0.279	0.0043	0.0155	0.4569	0.0816	0.1079	0.0006	0.0087	-0.0152	-0.0007	-0.0019	-0.0659	-0.0664	0.1721	0.0208	-0.0418	0.0654	-0.0137	0.0251	6.5397	0.9503	49.8736

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)