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- PDB-8ow9: Crystal structure of Tannerella forsythia MurNAc kinase MurK in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ow9
タイトルCrystal structure of Tannerella forsythia MurNAc kinase MurK in complex with N-acetylmuramic acid (MurNAc)
要素Putative novel MurNAc kinase
キーワードTRANSFERASE / sugar phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #160 / : / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-beta-muramic acid / Putative novel MurNAc kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Stasiak, A.C. / Gogler, K. / Fink, P. / Stehle, T. / Zocher, G.
資金援助European Union, ドイツ, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission765042European Union
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: N-acetylmuramic acid recognition by MurK kinase from the MurNAc auxotrophic oral pathogen Tannerella forsythia.
著者: Stasiak, A.C. / Gogler, K. / Borisova, M. / Fink, P. / Mayer, C. / Stehle, T. / Zocher, G.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative novel MurNAc kinase
A: Putative novel MurNAc kinase
D: Putative novel MurNAc kinase
E: Putative novel MurNAc kinase
C: Putative novel MurNAc kinase
F: Putative novel MurNAc kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,05510
ポリマ－194,8826
非ポリマー1,1734
水00
1
B: Putative novel MurNAc kinase
A: Putative novel MurNAc kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5474
ポリマ－64,9612
非ポリマー5872
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area23040 Å2
手法PISA
2
D: Putative novel MurNAc kinase
E: Putative novel MurNAc kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5474
ポリマ－64,9612
非ポリマー5872
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
3
C: Putative novel MurNAc kinase
F: Putative novel MurNAc kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9612
ポリマ－64,9612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.425, 113.425, 294.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Putative novel MurNAc kinase


分子量: 32480.295 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
遺伝子: murK, TFUB20_00044 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D3UBL2
#2: 糖
ChemComp-AMU / N-acetyl-beta-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / BETA-N-ACETYLMURAMIC ACID


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-GlcpNAc3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
MurNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG10000, 100 mM trisodium citrate pH 5.5, 2% v/v 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.13 Å / Num. obs: 49814 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.06
反射 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Num. unique obs: 8018 / CC1/2: 0.466

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→49.13 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 569.45 / 位相誤差: 30.5926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2758 1504 3.02 %
Rwork0.2574 48294 -
obs0.2689 49798 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12772 0 80 0 12852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007913137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.689717789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10242002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00772305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.86259793
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.790.32771340.31294319X-RAY DIFFRACTION94.82
2.79-2.890.32091380.30264442X-RAY DIFFRACTION96.99
2.89-3.010.3191370.30784449X-RAY DIFFRACTION96.95
3.01-3.140.29481380.29714457X-RAY DIFFRACTION96.93
3.14-3.310.30131370.28734433X-RAY DIFFRACTION96.94
3.31-3.520.33861370.31124440X-RAY DIFFRACTION96.4
3.52-3.790.3571260.31244048X-RAY DIFFRACTION88.25
3.79-4.170.30971320.27494295X-RAY DIFFRACTION93.51
4.17-4.770.24151390.22044465X-RAY DIFFRACTION96.9
4.77-6.010.26651370.25434457X-RAY DIFFRACTION96.87
6.01-45.080.25991400.23584496X-RAY DIFFRACTION96.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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