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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oqk | |||||||||
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Title | Crystal structure of Tannerella forsythia sugar kinase K1058 | |||||||||
![]() | N-acetylglucosamine kinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / sugar phosphorylation | |||||||||
Function / homology | ATPase, nucleotide binding domain / BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gogler, K. / Fink, P. / Stasiak, A.C. / Stehle, T. / Zocher, G. | |||||||||
Funding support | European Union, ![]()
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![]() | ![]() Title: N-acetylmuramic acid recognition by MurK kinase from the MurNAc auxotrophic oral pathogen Tannerella forsythia. Authors: Stasiak, A.C. / Gogler, K. / Borisova, M. / Fink, P. / Mayer, C. / Stehle, T. / Zocher, G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 161.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 97.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 440.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8oqwC ![]() 8oqxC ![]() 8ow7C ![]() 8ow9C ![]() 1x7fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 31898.297 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Sodium cacodylate, MPD, PEG 8000 / PH range: 6.3 - 6.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 5, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→49.216 Å / Num. obs: 26844 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 26.63 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.58 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1946 / CC1/2: 0.534 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1X7F Resolution: 2→49.216 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.182 / WRfactor Rwork: 0.154 / SU B: 8.164 / SU ML: 0.107 / Average fsc free: 0.9644 / Average fsc work: 0.9737 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.126 Details: Hydrogens have been used if present in the input file
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.513 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→49.216 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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