+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oqw | |||||||||
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Title | Crystal structure of Tannerella forsythia MurNAc kinase MurK | |||||||||
Components | ATPase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / sugar phosphorylation | |||||||||
Function / homology | ATPase, nucleotide binding domain / ATPase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Tannerella forsythia (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | |||||||||
Authors | Gogler, K. / Fink, P. / Stasiak, A.C. / Stehle, T. / Zocher, G. | |||||||||
Funding support | European Union, Germany, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: N-acetylmuramic acid recognition by MurK kinase from the MurNAc auxotrophic oral pathogen Tannerella forsythia. Authors: Stasiak, A.C. / Gogler, K. / Borisova, M. / Fink, P. / Mayer, C. / Stehle, T. / Zocher, G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8oqw.cif.gz | 572.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8oqw.ent.gz | 363.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8oqw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/8oqw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8oqkC 8oqxC 8ow7C 8ow9C 1x7fS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31338.076 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tannerella forsythia (bacteria) / Gene: BFO_0042 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: G8UQH9 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2-0.3 M ammonium sulfate, 14-22% (w/v) PEG3350, bis-tris/citric acid pH 4.1-6.4 PH range: 4.1-6.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→49.503 Å / Num. obs: 68635 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 2.37 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.06 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.17 Å / Num. unique obs: 11045 / CC1/2: 0.751 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1X7F Resolution: 2.05→49.503 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.23 / WRfactor Rwork: 0.184 / SU B: 15.85 / SU ML: 0.195 / Average fsc free: 0.9454 / Average fsc work: 0.9632 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.192 Details: Hydrogens have been used if present in the input file
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.311 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→49.503 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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