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- PDB-8oqx: Crystal structure of Tannerella forsythia MurNAc kinase MurK with... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oqx | |||||||||
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Title | Crystal structure of Tannerella forsythia MurNAc kinase MurK with a phosphate analogue | |||||||||
![]() | ATPase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / sugar phosphorylation | |||||||||
Function / homology | ATPase, nucleotide binding domain / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ATPase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gogler, K. / Fink, P. / Stasiak, A.C. / Stehle, T. / Zocher, G. | |||||||||
Funding support | European Union, ![]()
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![]() | ![]() Title: N-acetylmuramic acid recognition by MurK kinase from the MurNAc auxotrophic oral pathogen Tannerella forsythia. Authors: Stasiak, A.C. / Gogler, K. / Borisova, M. / Fink, P. / Mayer, C. / Stehle, T. / Zocher, G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 303.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 190.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8oqkC ![]() 8oqwC ![]() 8ow7C ![]() 8ow9C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 31338.076 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 225 molecules ![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-TAM / | #5: Chemical | ChemComp-MG / | #6: Chemical | ChemComp-EDO / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.12 - 0.14 M ammonium sulfate, Citric acid + Bis/Tris propane pH=5.5, PEG 3350 (14%-18% (w/v)) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 31, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→50 Å / Num. obs: 33324 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.84 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.37 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.18 Å / Num. unique obs: 2435 / CC1/2: 0.996 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been used if present in the input file
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.655 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→48.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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