PDB-8ow7: Crystal structure of Tannerella forsythia sugar kinase K1058 in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ow7

タイトル

Crystal structure of Tannerella forsythia sugar kinase K1058 in complex with N-acetylmuramic acid (MurNAc)

要素

N-acetylglucosamine kinase

キーワード

TRANSFERASE / sugar phosphorylation

機能・相同性

ATPase, nucleotide binding domain / N-acetyl-beta-muramic acid / BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family protein

機能・相同性情報

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.06 Å

データ登録者

Stasiak, A.C. / Gogler, K. / Fink, P. / Stehle, T. / Zocher, G.

資金援助

European Union,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: N-acetylmuramic acid recognition by MurK kinase from the MurNAc auxotrophic oral pathogen Tannerella forsythia.
著者: Stasiak, A.C. / Gogler, K. / Borisova, M. / Fink, P. / Mayer, C. / Stehle, T. / Zocher, G.

履歴

登録	2023年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ow7.cif.gz	853.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ow7.ent.gz	556.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ow7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ow7_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ow7_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8ow7_validation.xml.gz	55.5 KB	表示
CIF形式データ	8ow7_validation.cif.gz	73.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8ow7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/8ow7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oqkC 8oqwC 8oqxC 8ow9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylglucosamine kinase

B: N-acetylglucosamine kinase

C: N-acetylglucosamine kinase

D: N-acetylglucosamine kinase

E: N-acetylglucosamine kinase

F: N-acetylglucosamine kinase

ヘテロ分子

201 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylglucosamine kinase

C: N-acetylglucosamine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetylglucosamine kinase

F: N-acetylglucosamine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: N-acetylglucosamine kinase

E: N-acetylglucosamine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.750, 143.750, 210.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質

N-acetylglucosamine kinase

分子量: 33040.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Tannerella forsythia (バクテリア)
遺伝子: BFO_0034 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UQH1

#2: 糖

ChemComp-AMU / N-acetyl-beta-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / BETA-N-ACETYLMURAMIC ACID

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.29	62.58
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	8.5	1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 12% (v/v) glycerol
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	8.5	1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 12% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	2	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X06DA	1	1
シンクロトロン	SLS	X06DA	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 2M-F	1	PIXEL	2022年2月5日
DECTRIS PILATUS 2M-F	2	PIXEL	2022年2月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2		1

反射

Entry-ID: 8OW7

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	B_iso Wilson estimate (Å²)	CC_1/2	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
3.06-48.585	48712	100	20.38	74.28	0.99	1	7.97
3.08-48.466	47153	99.8	7.54		0.976	2	5.62

反射シェル

解像度 (Å)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
3.06-3.23	7754	0.363	1
3.08-3.27	7500	0.976	2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.06→29.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / WR_factor R_free: 0.21 / WR_factor R_work: 0.184 / SU B: 51.746 / SU ML: 0.39 / Average fsc free: 0.9449 / Average fsc work: 0.9556 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.405
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	1444	3.002 %
R_work	0.2192	46659	-
all	0.22	-	-
obs	-	48103	99.855 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.954 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.006 Å²	0.003 Å²	0 Å²
2-	-	0.006 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.06→29.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13091	0	185	0	13276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	13563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.609	1.632	18353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.601	5	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.955	10	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.074	10	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	8.848	10	630
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	10212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.161	0.2	5347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	9233
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.077	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.055	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.197	10.509	6642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.06	13.511	8292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.267	10.947	6921
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.076	14.012	10061
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.521	68.441	19103

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.06-3.139	0.439	105	0.365	3390	0.368	3495	0.823	0.893	100	0.364
3.139-3.224	0.363	101	0.336	3268	0.337	3370	0.918	0.917	99.9703	0.325
3.224-3.316	0.322	99	0.309	3205	0.31	3304	0.929	0.934	100	0.292
3.316-3.417	0.308	97	0.292	3110	0.293	3207	0.931	0.939	100	0.271
3.417-3.527	0.304	93	0.283	3027	0.284	3120	0.938	0.944	100	0.259
3.527-3.649	0.242	91	0.266	2935	0.265	3026	0.956	0.953	100	0.239
3.649-3.785	0.244	88	0.254	2840	0.253	2928	0.957	0.959	100	0.227
3.785-3.937	0.236	84	0.225	2705	0.226	2789	0.966	0.967	100	0.196
3.937-4.109	0.251	81	0.212	2644	0.213	2725	0.962	0.971	100	0.186
4.109-4.305	0.231	78	0.198	2519	0.199	2597	0.966	0.975	100	0.17
4.305-4.533	0.208	74	0.176	2392	0.176	2466	0.971	0.981	100	0.153
4.533-4.801	0.207	71	0.175	2287	0.176	2358	0.974	0.98	100	0.151
4.801-5.123	0.226	66	0.175	2146	0.176	2212	0.966	0.981	100	0.152
5.123-5.52	0.214	63	0.19	2019	0.19	2082	0.975	0.976	100	0.163
5.52-6.026	0.253	57	0.213	1858	0.215	1915	0.963	0.97	100	0.181
6.026-6.703	0.291	52	0.228	1688	0.23	1740	0.945	0.966	100	0.197
6.703-7.676	0.214	48	0.196	1530	0.197	1578	0.97	0.976	100	0.175
7.676-9.25	0.166	40	0.146	1317	0.146	1357	0.985	0.987	100	0.138
9.25-12.495	0.129	33	0.138	1062	0.137	1095	0.989	0.988	100	0.14
12.495-29.85	0.37	22	0.252	717	0.255	739	0.929	0.959	100	0.256

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2465	-0.9628	-0.3064	2.2852	-0.7264	1.8719	0.0613	-0.1219	-0.2073	-0.0374	-0.1405	-0.1391	0.0637	0.5462	0.0792	0.2102	-0.1083	0.0892	0.3233	0.01	0.1533	85.5463	-25.0425	-10.5289
2	2.1186	-0.1063	-0.544	2.888	0.1405	2.0247	0.0123	0.2341	0.1899	-0.088	-0.0067	-0.0186	0.0043	0.0039	-0.0056	0.1961	-0.1276	0.0119	0.2334	0.0201	0.0188	50.3266	-45.6209	8.9662
3	3.3374	0.9969	0.0462	2.4861	-0.2685	2.0052	0.1811	0.0096	-0.0117	-0.0677	0.0421	0.3128	-0.0618	-0.397	-0.2232	0.2314	-0.0156	0.0466	0.1805	0.0258	0.0789	52.2915	-17.4212	-7.7249
4	2.5381	-1.1609	0.7399	1.7073	-0.7724	3.7162	-0.4006	0.0555	0.4983	-0.2006	0.0252	0.0726	-1.4576	0.1939	0.3753	1.1008	-0.1929	-0.3215	0.3431	0.0147	0.4302	67.8848	-16.0081	41.8496
5	2.0618	-0.4745	0.326	3.3383	1.2438	2.6008	-0.0792	0.1189	0.2996	-0.3562	0.1002	-0.3042	-0.1466	1.2949	-0.0211	0.2879	-0.088	0.1002	1.0126	0.1103	0.1978	87.2469	-43.3885	34.1207
6	3.0275	-0.0243	-0.4042	1.0154	0.3136	2.5031	-0.2504	-0.003	-0.553	-0.1228	0.0776	-0.2936	0.594	0.9008	0.1728	0.5158	0.2001	0.1772	0.5268	0.0759	0.2992	77.2996	-66.2907	12.9856

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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