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万見
- PDB-8ow0: Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ow0
タイトルCryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome
要素
  • (C0N3 DNA) x 2
  • (Inner kinetochore subunit ...) x 13
  • Centromere-binding protein 1
  • Histone H2A.1
  • Histone H2B.1
  • Histone H3-like centromeric protein CSE4
  • Histone H4
キーワードCELL CYCLE / kinetochore / point centromere / CENP-A nucleosome / topological entrapment / centromeric DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Cbf1-Met4-Met28 complex / positive regulation of sulfate assimilation / regulation of sulfur metabolic process / negative regulation of kinetochore assembly / positive regulation of inositol biosynthetic process / 2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion ...Cbf1-Met4-Met28 complex / positive regulation of sulfate assimilation / regulation of sulfur metabolic process / negative regulation of kinetochore assembly / positive regulation of inositol biosynthetic process / 2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / : / HDMs demethylate histones / Mis6-Sim4 complex / meiotic sister chromatid segregation / negative regulation of ceramide biosynthetic process / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / HATs acetylate histones / ascospore formation / RNA polymerase I upstream activating factor complex / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Condensation of Prophase Chromosomes / : / : / : / centromeric DNA binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / CENP-A containing chromatin assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / outer kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / protein localization to kinetochore / cellular response to methionine / spindle pole body / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / DNA damage tolerance / SUMOylation of chromatin organization proteins / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / Ub-specific processing proteases / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / structural constituent of chromatin / peroxisome / nucleosome / mitotic cell cycle / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N ...: / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B.1 / Histone H4 / Histone H2A.1 / Centromere-binding protein 1 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B.1 / Histone H4 / Histone H2A.1 / Centromere-binding protein 1 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 / Inner kinetochore subunit CHL4 / Inner kinetochore subunit CNN1 / Inner kinetochore subunit MCM22 / Inner kinetochore subunit OKP1 / Inner kinetochore subunit CTF19 / Inner kinetochore subunit NKP2 / Inner kinetochore subunit MCM21 / Inner kinetochore subunit MCM16 / Inner kinetochore subunit NKP1 / Inner kinetochore subunit CTF3 / Inner kinetochore subunit WIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Dendooven, T.D. / Zhang, Z. / Yang, J. / McLaughlin, S. / Schwabb, J. / Scheres, S. / Yatskevich, S. / Barford, D.
資金援助 英国, ドイツ, 4件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_ A025_1013 英国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the complete inner kinetochore of the budding yeast point centromere.
著者: Tom Dendooven / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / Johannes Schwab / Sjors H W Scheres / Stanislau Yatskevich / David Barford /
要旨: The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) ...The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) complex and the microtubule-binding outer kinetochore KNL1-MIS12-NDC80 (KMN) network. The budding yeast inner kinetochore also contains the DNA binding centromere-binding factor 1 (CBF1) and CBF3 complexes. We determined the cryo-electron microscopy structure of the yeast inner kinetochore assembled onto the centromere-specific centromere protein A nucleosomes (CENP-A). This revealed a central CENP-A with extensively unwrapped DNA ends. These free DNA duplexes bind two CCAN protomers, one of which entraps DNA topologically, positioned on the centromere DNA element I (CDEI) motif by CBF1. The two CCAN protomers are linked through CBF3 forming an arch-like configuration. With a structural mechanism for how CENP-A can also be linked to KMN involving only CENP-QU, we present a model for inner kinetochore assembly onto a point centromere and how it organizes the outer kinetochore for chromosome attachment to the mitotic spindle.
履歴
登録2023年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: C0N3 DNA
E: C0N3 DNA
b: Histone H4
d: Histone H2B.1
e: Histone H3-like centromeric protein CSE4
f: Histone H4
g: Histone H2A.1
h: Histone H2B.1
c: Histone H2A.1
a: Histone H3-like centromeric protein CSE4
A: Centromere-binding protein 1
B: Centromere-binding protein 1
H: Inner kinetochore subunit MCM16
I: Inner kinetochore subunit CTF3
K: Inner kinetochore subunit MCM22
L: Inner kinetochore subunit IML3
N: Inner kinetochore subunit CHL4
O: Inner kinetochore subunit MCM21
P: Inner kinetochore subunit CTF19
Q: Inner kinetochore subunit OKP1
T: Inner kinetochore subunit CNN1
U: Inner kinetochore subunit AME1
W: Inner kinetochore subunit WIP1
Y: Inner kinetochore subunit NKP1
Z: Inner kinetochore subunit NKP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)787,72625
ポリマ－787,72625
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area137650 Å2
ΔGint-900 kcal/mol
Surface area211730 Å2
手法PISA

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#1: DNA鎖 C0N3 DNA


分子量: 47239.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: DNA鎖 C0N3 DNA


分子量: 47194.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
タンパク質 , 5種, 10分子 bfdheagcAB

#3: タンパク質 Histone H4


分子量: 11395.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02309
#4: タンパク質 Histone H2B.1 / Suppressor of Ty protein 12


分子量: 14280.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HTB1, H2B1, SPT12, YDR224C, YD9934.09C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02293
#5: タンパク質 Histone H3-like centromeric protein CSE4 / CENP-A homolog / CENPA homolog / Chromosome segregation protein 4


分子量: 26885.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSE4, CSL2, YKL049C, YKL262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36012
#6: タンパク質 Histone H2A.1


分子量: 14013.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04911
#7: タンパク質 Centromere-binding protein 1 / CBP-1 / Centromere promoter factor 1 / Centromere-binding factor 1


分子量: 39444.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CBF1, CEP1, CP1, CPF1, YJR060W, J1730 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P17106

-
Inner kinetochore subunit ... , 13種, 13分子 HIKLNOPQTUWYZ

#8: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM16 / CENP-H homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM16 / Minichromosome ...CENP-H homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM16 / Minichromosome maintenance protein 16


分子量: 21166.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM16, YPR046W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12262
#9: タンパク質 Inner kinetochore subunit CTF3 / CENP-I homolog / Chromosome loss protein 3 / Chromosome transmission fidelity protein 3 / ...CENP-I homolog / Chromosome loss protein 3 / Chromosome transmission fidelity protein 3 / Constitutive centromere-associated network protein CTF3


分子量: 84345.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF3, CHL3, YLR381W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12748
#10: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM22 / CENP-K homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM22 / Minichromosome ...CENP-K homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM22 / Minichromosome maintenance protein 22


分子量: 27602.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM22, YJR135C, J2122 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P47167
#11: タンパク質 Inner kinetochore subunit IML3 / CENP-L homolog / Constitutive centromere-associated network protein IML3 / Increased minichromosome ...CENP-L homolog / Constitutive centromere-associated network protein IML3 / Increased minichromosome loss protein 3 / Minichromosome maintenance protein 19


分子量: 28093.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38265
#12: タンパク質 Inner kinetochore subunit CHL4 / CENP-N homolog / Chromosome loss protein 4 / Chromosome transmission fidelity protein 17 / ...CENP-N homolog / Chromosome loss protein 4 / Chromosome transmission fidelity protein 17 / Constitutive centromere-associated network protein CHL4 / Minichromosome maintenance protein 17


分子量: 52743.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CHL4, CTF17, MCM17, YDR254W, YD9320A.04 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38907
#13: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM21 / CENP-O homolog / Chromosome transmission fidelity protein 5 / Constitutive centromere-associated ...CENP-O homolog / Chromosome transmission fidelity protein 5 / Constitutive centromere-associated network protein MCM21 / Minichromosome maintenance protein 21


分子量: 43028.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM21, CTF5, YDR318W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q06675
#14: タンパク質 Inner kinetochore subunit CTF19 / CENP-P homolog / Chromosome transmission fidelity protein 19 / Constitutive centromere-associated ...CENP-P homolog / Chromosome transmission fidelity protein 19 / Constitutive centromere-associated network protein CTF19 / Minichromosome maintenance protein 18


分子量: 42841.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF19, MCM18, YPL018W, LPB13W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q02732
#15: タンパク質 Inner kinetochore subunit OKP1 / CENP-Q homolog / Constitutive centromere-associated network protein OKP1 / Outer kinetochore protein 1


分子量: 47427.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OKP1, YGR179C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53298
#16: タンパク質 Inner kinetochore subunit CNN1 / CENP-T homolog / Co-purified with NNF1 protein 1 / Constitutive centromere-associated network protein CNN1


分子量: 41359.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CNN1, YFR046C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P43618
#17: タンパク質 Inner kinetochore subunit AME1 / Associated with microtubules and essential protein 1 / CENP-U homolog / Constitutive centromere- ...Associated with microtubules and essential protein 1 / CENP-U homolog / Constitutive centromere-associated network protein AME1


分子量: 37506.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: AME1, ARP100, YBR211C, YBR1458 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38313
#18: タンパク質 Inner kinetochore subunit WIP1 / CENP-W homolog / Constitutive centromere-associated network protein WIP1 / W-like protein 1


分子量: 10255.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: WIP1, YDR374W-A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2V2P8
#19: タンパク質 Inner kinetochore subunit NKP1 / Constitutive centromere-associated network protein NKP1 / Non-essential kinetochore protein 1


分子量: 27006.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NKP1, YDR383C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12493
#20: タンパク質 Inner kinetochore subunit NKP2 / Constitutive centromere-associated network protein NKP2 / Non-essential kinetochore protein 2


分子量: 17877.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NKP2, YLR315W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q06162

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100311 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00539117
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.92553823
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.1926863
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0486181
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055990

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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