PDB-8onf: Crystal structure of Bdellovibrio bacteriovorus Bd2439 fibre C-te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8onf

タイトル

Crystal structure of Bdellovibrio bacteriovorus Bd2439 fibre C-terminal domains with ethylene glycol

要素

Cell wall surface anchor family protein

キーワード

CELL ADHESION / Adhesin / fibre / TNF / TNF-like

機能・相同性

Cell wall surface anchor family protein

機能・相同性情報

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Caulton, S.G. / Lovering, A.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Bdellovibrio bacteriovorus uses chimeric fibre proteins to recognize and invade a broad range of bacterial hosts.
著者: Caulton, S.G. / Lambert, C. / Tyson, J. / Radford, P. / Al-Bayati, A. / Greenwood, S. / Banks, E.J. / Clark, C. / Till, R. / Pires, E. / Sockett, R.E. / Lovering, A.L.

履歴

登録	2023年4月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8onf.cif.gz	309.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8onf.ent.gz	248.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8onf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/8onf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/8onf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ojnC 8ok3C 8oksC 8okwC 8ol4C 8omlC 8on4C 8onbC 8oncC 8ondC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell wall surface anchor family protein

B: Cell wall surface anchor family protein

C: Cell wall surface anchor family protein

ヘテロ分子

91.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.368, 161.278, 52.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1433- HOH
2	1	C-1578- HOH

#1: タンパク質	Cell wall surface anchor family protein 分子量: 30335.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア) 遺伝子: Bd2439 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MKF5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 937 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium chloride 0.1 M Sodium formate 0.1 M Bis-Tris propane 8.5 6.25 % w/v PEG 3350 6.25%w/v PEG 4000 6.25%w/v PEG 2000 6.25%w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→84.37 Å / Num. obs: 104740 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 341050
反射シェル	解像度: 1.53→1.55 Å / % possible obs: 79.3 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.653 / Num. measured all: 8323 / Num. unique obs: 4168 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.526 / R_rim(I) all: 0.842 / Χ²: 0.65 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.53→45.34 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1851	5230	5 %
R_work	0.1643	-	-
obs	0.1653	104674	96.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→45.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5710	0	28	937	6675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5939
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.863	8065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.287	873
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	926
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1050

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.54	0.3272	119	0.3137	2578	X-RAY DIFFRACTION	76
1.54-1.56	0.3291	158	0.2886	2903	X-RAY DIFFRACTION	86
1.56-1.58	0.2685	149	0.2726	2991	X-RAY DIFFRACTION	88
1.58-1.6	0.2803	161	0.2593	3153	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6-1.62	0.2797	165	0.2443	3261	X-RAY DIFFRACTION	95
1.62-1.65	0.2695	155	0.2287	3307	X-RAY DIFFRACTION	97
1.65-1.67	0.2434	181	0.2222	3328	X-RAY DIFFRACTION	99
1.67-1.69	0.2702	167	0.2407	3403	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.72	0.2594	193	0.2306	3376	X-RAY DIFFRACTION	99
1.72-1.75	0.2481	183	0.2188	3367	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.78	0.2336	170	0.1951	3367	X-RAY DIFFRACTION	99
1.78-1.81	0.2281	191	0.1827	3398	X-RAY DIFFRACTION	99
1.81-1.85	0.2187	163	0.1714	3345	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-1.88	0.2069	207	0.1616	3357	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-1.92	0.1987	172	0.1627	3409	X-RAY DIFFRACTION	99
1.92-1.97	0.182	182	0.1543	3373	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-2.02	0.195	206	0.1613	3384	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.07	0.1903	186	0.1654	3378	X-RAY DIFFRACTION	99
2.07-2.13	0.1895	165	0.1546	3394	X-RAY DIFFRACTION	99
2.13-2.2	0.1756	171	0.1498	3422	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2-2.28	0.1922	174	0.1527	3386	X-RAY DIFFRACTION	99
2.28-2.37	0.1766	184	0.1615	3379	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.48	0.2094	173	0.1632	3408	X-RAY DIFFRACTION	98
2.48-2.61	0.206	173	0.1692	3378	X-RAY DIFFRACTION	98
2.61-2.78	0.1785	200	0.1589	3372	X-RAY DIFFRACTION	98
2.78-2.99	0.1776	198	0.1582	3393	X-RAY DIFFRACTION	99
2.99-3.29	0.1556	167	0.1463	3414	X-RAY DIFFRACTION	97
3.29-3.77	0.1489	176	0.1409	3373	X-RAY DIFFRACTION	96
3.77-4.74	0.1291	176	0.1289	3399	X-RAY DIFFRACTION	95
4.74-45.34	0.1643	165	0.1634	3448	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1148	-0.0414	-0.0059	0.1404	0.0965	0.095	-0.0789	0.163	-0.0132	-0.0281	-0.003	0.141	0.1771	-0.02	-0.0154	0.2639	-0.0086	-0.0369	0.2771	-0.0212	0.1739	-22.2692	15.1099	-13.515
2	0.0441	0.0601	-0.0235	0.1498	0.0365	0.1008	-0.0554	-0.0716	0.0271	-0.0148	0.0315	0.0347	-0.022	-0.0054	-0	0.1586	0.0079	-0.0216	0.1409	-0.0063	0.1714	-13.1901	20.2903	5.7755
3	0.0207	-0.0203	0.0615	0.082	0.0038	0.1049	0.0082	-0.0102	0.0101	-0.0132	-0.0031	-0.0039	-0.0255	-0.0214	-0	0.1438	-0.0038	-0.0093	0.1378	-0.0213	0.1626	22.9774	38.7029	26.9053
4	0.0326	0.0296	-0.0082	0.0205	0.0094	0.0511	-0.0121	0.0905	0.0207	-0.0591	0.0367	0.1179	0.0976	0.0102	-0	0.2478	-0.0042	-0.0278	0.2287	-0.0094	0.2634	-23.9917	4.6058	-7.1637
5	0.58	0.2195	-0.1218	0.0391	0.1167	-0.1396	-0.0312	0.1341	0.0298	-0.0164	0.0247	-0.0283	-0.0085	0.0194	-0.0072	0.151	0.0019	-0.0113	0.1571	-0.0005	0.1379	19.5756	22.8975	4.7675
6	0.0779	0.0381	0.0748	0.0276	0.0051	0.0255	0.0357	0.0512	-0.0576	-0.0564	-0.05	0.1459	0.0095	-0.0595	0	0.1889	0.0049	-0.0188	0.1898	-0.0136	0.1926	-23.9671	6.9725	-2.6257
7	0.4857	-0.1245	-0.0626	0.1089	-0.0617	0.1065	-0.0022	0.1296	-0.1076	0.0236	0.0272	-0.0827	0.0219	-0.0154	-0.0004	0.1604	-0.0158	-0.0001	0.1794	-0.0214	0.1423	-3.9127	8.9522	1.3137
8	0.1856	-0.0339	-0.1125	0.0649	0.0209	0.1801	-0.001	-0.0469	-0.0272	0.0086	-0.0002	-0.0152	0.0581	-0.0187	0	0.1618	-0.0109	-0.0232	0.1376	-0.0031	0.1386	26.1524	16.3391	32.4671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|650-675 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|676-770 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|771-907 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|650-669 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|670-907 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|652-692 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ C693-770 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ C\|771-907 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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