+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ols | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of K+, Mg2+ and intronistat B | |||||||||||||||||||||||||||
要素 | Group IIC intron | |||||||||||||||||||||||||||
キーワード | RNA / RIBOZYME / METALLOENZYME / SELF-SPLICING / RETROTRANSPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | : / SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Oceanobacillus iheyensis (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Silvestri, I. / Marcia, M. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | フランス, イタリア, 8件
| |||||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Targeting the conserved active site of splicing machines with specific and selective small molecule modulators. 著者: Silvestri, I. / Manigrasso, J. / Andreani, A. / Brindani, N. / Mas, C. / Reiser, J.B. / Vidossich, P. / Martino, G. / McCarthy, A.A. / De Vivo, M. / Marcia, M. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ols.cif.gz | 237 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ols.ent.gz | 175.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ols.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ols_validation.pdf.gz | 737.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8ols_full_validation.pdf.gz | 792.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ols_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ols_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/8ols ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/8ols | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8olvC 8olwC 8olyC 8olzC 8om0C 8ruhC 8ruiC 8rujC 8rukC 8rulC 8rumC 8runC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#1: RNA鎖 | 分子量: 127991.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア) |
---|
-非ポリマー , 6種, 58分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-VTE / ~{ | 分子量: 410.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.08 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM magnesium acetate, 200 mM potassium chloride, 10 mM lithium chloride, 50 mM HEPES sodium, pH 7.0, 3% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→39.7 Å / Num. obs: 38577 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 18.58 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / Num. unique obs: 3799 / CC1/2: 0.35 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→39.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 18.692 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.044 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 138.89 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→39.69 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|