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- PDB-8ok6: Variant Surface Glycoprotein VSG11 two monomers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ok6
タイトルVariant Surface Glycoprotein VSG11 two monomers
要素Variant surface glycoprotein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation
機能・相同性Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / side of membrane / plasma membrane / alpha-D-glucopyranose / Variant surface glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gkeka, A. / Vlachou, E.P. / Zeelen, J.P. / Stebbins, C.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2023
タイトル: A structural classification of the variant surface glycoproteins of the African trypanosomey.
著者: Dakovic, S. / Zeelen, J.P. / Gkeka, A. / Chandra, M. / van Straaten, M. / Foti, K. / Zhong, J. / Vlachou, E.P. / Aresta-Branco, F. / Verdi, J.P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2023年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein
C: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,32923
ポリマ－90,3512
非ポリマー3,97721
水8,035446
1
A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,59233
ポリマ－135,5273
非ポリマー6,06530
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area19400 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area44190 Å2
手法PISA
2
C: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子

C: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子

C: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,39436
ポリマ－135,5273
非ポリマー5,86733
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area18070 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area45040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.244, 76.244, 212.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

SO4

21A-504-

SO4

31A-506-

SO4

41C-509-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein


分子量: 45175.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb427.BES126.15
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: B3GVS7

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 463分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.6 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 2.0 M AmmoniumSulfate 100 mM Sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.27 Å / Num. obs: 72926 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 32.69 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.09
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 7093 / CC1/2: 0.348

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT1.19.2_4158データ抽出
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→48.27 Å / SU ML: 0.2361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7294
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 3646 5 %
Rwork0.2006 69253 -
obs0.2023 72899 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5540 0 240 446 6226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17638043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0717960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01381021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9142212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.770.37861350.32992534X-RAY DIFFRACTION94.31
1.77-1.80.33971350.31712580X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.820.3351390.30592631X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.850.31221390.29552648X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.880.37421370.28932601X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.910.30621390.28472645X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.940.32081390.26212643X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.980.27461370.24922593X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.2871420.24192691X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.060.29321380.24432631X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.10.25951390.23892631X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.150.23971380.22242631X-RAY DIFFRACTION99.96
2.15-2.210.26291400.2192651X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.270.25321390.21382650X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.330.26521390.21052638X-RAY DIFFRACTION99.96
2.33-2.410.27281400.20622662X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.490.25911400.20222669X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.590.22841410.2082666X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.710.24771410.2062678X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.860.26021400.20222663X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-3.030.22031410.20422683X-RAY DIFFRACTION99.96
3.03-3.270.24181420.19472689X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.60.19211430.17642716X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.120.1971430.16332724X-RAY DIFFRACTION100
4.12-5.190.20761460.16772776X-RAY DIFFRACTION100
5.19-48.270.21981540.20272929X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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