PDB-8ok5: Variant Surface Glycoprotein VSG11 monomer with iodine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ok5

タイトル

Variant Surface Glycoprotein VSG11 monomer with iodine

要素

Variant surface glycoprotein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation

機能・相同性

Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / side of membrane / plasma membrane / alpha-D-glucopyranose / IODIDE ION / Variant surface glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Zeelen, J.P. / Stebbins, C.E. / Aresta-Branco, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2023
タイトル: A structural classification of the variant surface glycoproteins of the African trypanosomey.
著者: Dakovic, S. / Zeelen, J.P. / Gkeka, A. / Chandra, M. / van Straaten, M. / Foti, K. / Zhong, J. / Vlachou, E.P. / Aresta-Branco, F. / Verdi, J.P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2023年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ok5.cif.gz	235.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ok5.ent.gz	182.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ok5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/8ok5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/8ok5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ok4C 8ok6C 8ok7C 8ok8C 8onhC 8q0eC 8q0pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
144 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.426, 75.426, 106.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321
Space group name Hall	P32"

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-502- IOD
2	1	A-508- IOD
3	1	A-518- IOD
4	1	A-725- HOH
5	1	A-917- HOH
6	1	A-988- HOH
7	1	A-995- HOH
8	1	A-1007- HOH
9	1	A-1027- HOH
10	1	A-1050- HOH

#1: タンパク質

Variant surface glycoprotein

分子量: 44241.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb427.BES126.15
発現宿主:

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: B3GVS7

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

...
ChemComp-IOD / IODIDE ION

分子量: 126.904 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.74 % / 解説: hexagonal
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.7 M NaKTartrate 100 mM Tris/HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→41.26 Å / Num. obs: 93126 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.58 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/av σ(I): 14.54 / Net I/σ(I): 14.54
反射シェル	解像度: 1.27→1.315 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 9185 / CC_1/2: 0.471 / CC star: 0.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot	0.9.8.7 EL	モデル構築
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.27→41.26 Å / SU ML: 0.1569 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.4477
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2301	4657	5 %	Random selection
R_work	0.2064	88469	-	-
obs	0.2076	93126	99.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→41.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2713	0	104	452	3269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0124	2916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2335	3978
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0772	487
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0114	513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2682	1084

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.28	0.3047	152	0.3005	2880	X-RAY DIFFRACTION	98.79
1.28-1.3	0.2786	153	0.2897	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.31	0.2928	153	0.2928	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.33	0.2876	155	0.2868	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.3081	153	0.2731	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.35-1.37	0.2916	153	0.2724	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.39	0.2499	154	0.2608	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.41	0.2994	153	0.2588	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.2889	154	0.2578	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2717	156	0.2408	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.2877	154	0.2346	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.2717	152	0.232	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.2488	154	0.2148	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.2337	154	0.2133	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.56-1.6	0.2083	154	0.2161	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2409	157	0.2003	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.68	0.2426	155	0.2097	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.72	0.216	154	0.2054	2924	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.72-1.77	0.2303	154	0.2055	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.83	0.2087	155	0.2016	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.89	0.2344	156	0.2029	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.97	0.242	154	0.1936	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.06	0.2256	155	0.1843	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.17	0.2039	157	0.1834	2972	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.17-2.3	0.2009	156	0.185	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.48	0.2337	157	0.196	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.73	0.2389	157	0.2073	2991	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.73-3.13	0.2193	159	0.2019	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.13-3.94	0.198	159	0.1816	3026	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.94-41.26	0.2339	168	0.2109	3179	X-RAY DIFFRACTION	99.61

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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