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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ok4 | ||||||
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タイトル | Variant Surface Glycoprotein VSG11wt-Oil | ||||||
要素 | Variant surface glycoprotein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation | ||||||
機能・相同性 | Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / plasma membrane / alpha-D-glucopyranose / Variant surface glycoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.23 Å | ||||||
データ登録者 | Zeelen, J.P. / Stebbins, C.E. / Aresta-Branco, F. / Foti, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2023 タイトル: A structural classification of the variant surface glycoproteins of the African trypanosomey. 著者: Dakovic, S. / Zeelen, J.P. / Gkeka, A. / Chandra, M. / van Straaten, M. / Foti, K. / Zhong, J. / Vlachou, E.P. / Aresta-Branco, F. / Verdi, J.P. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ok4.cif.gz | 229.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ok4.ent.gz | 183.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ok4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ok4_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ok4_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ok4_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ok4_validation.cif.gz | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/8ok4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/8ok4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45175.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb427.BES126.15 発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 参照: UniProt: B3GVS7 |
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 糖 | ChemComp-GLC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.96 % / 解説: hexagonal |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.7 M NaKTartrate, 100 mM Tris/HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.23→40.94 Å / Num. obs: 99764 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 13.37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15.79 |
反射 シェル | 解像度: 1.23→1.274 Å / Rmerge(I) obs: 1.777 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 9827 / CC1/2: 0.748 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.23→40.94 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.36 Å2 / Biso mean: 22.2497 Å2 / Biso min: 8.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.23→40.94 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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