PDB-8ojz: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 (PPC1) G67...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ojz

タイトル

Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 (PPC1) G678S mutant

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

キーワード

PLANT PROTEIN / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Citric acid cycle / TCA cycle / photosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development / apoplast / carbon fixation / cellular response to phosphate starvation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / protein tetramerization / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.24781103461 Å

データ登録者

Loris, R. / Haesaerts, S. / Larsen, P.B.

資金援助

米国,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesaerts, S. / Fausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

履歴

登録	2023年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ojz.cif.gz	882.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ojz.ent.gz	620.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ojz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ojz_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ojz_full_validation.pdf.gz	502.6 KB	表示
XML形式データ	8ojz_validation.xml.gz	63 KB	表示
CIF形式データ	8ojz_validation.cif.gz	84.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cj5C 8cj8C 8oj9C 8ojeC 8ojfC 8ojqC 8ojyC 8qtmC 8qx1C 8qx3C 80jg C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

223 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
446 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.270, 160.280, 141.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	33 - 121	40 - 128
1	2	SER	SER	THR	THR	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	137 - 300	144 - 307
1	3	ASP	ASP	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	302 - 604	309 - 611
1	4	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	607 - 756	614 - 763
1	5	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	764 - 794	771 - 801
1	6	HIS	HIS	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	796 - 873	803 - 880
1	7	GLN	GLN	THR	THR	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	885 - 916	892 - 923
1	8	LYS	LYS	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	A	930 - 967	937 - 974
2	9	TYR	TYR	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	33 - 121	40 - 128
2	10	SER	SER	THR	THR	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	137 - 300	144 - 307
2	11	ASP	ASP	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	302 - 604	309 - 611
2	12	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	607 - 756	614 - 763
2	13	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	764 - 794	771 - 801
2	14	HIS	HIS	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	796 - 873	803 - 880
2	15	GLN	GLN	THR	THR	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	885 - 916	892 - 923
2	16	LYS	LYS	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	B	930 - 967	937 - 974

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / AtPPC1 / PEPC 1 / PEPCase 1 / 107-kDa PEPC polypeptide 分子量: 111428.188 Da / 分子数: 2 / 変異: G678S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPC1, p107, At1g53310, F12M16.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH6.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.981 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.24781103461→49.3195390826 Å / Num. obs: 46684 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.52 % / B_iso Wilson estimate: 112.469871245 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.241 / Net I/σ(I): 8.43
反射シェル	解像度: 3.24781103461→3.44 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 3.044 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 7212 / CC_1/2: 0.491 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.24781103461→49.3195390826 Å / SU ML: 0.503330922496 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3358637312 / 位相誤差: 28.693031822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261072179645	2322	5.00280087905 %
R_work	0.220320678354	44092	-
obs	0.222337246982	46414	99.4642551003 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 136.006903806 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.24781103461→49.3195390826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14388	0	10	35	14433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00599100139067	14734
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.839629936399	19960
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0477008707817	2207
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00617859869395	2590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.9690543143	8947

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.24781103461-3.3141	0.37191366662	125	0.366138159375	2383	X-RAY DIFFRACTION	92.4097273397
3.3141-3.3861	0.354664021488	136	0.334952243462	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.8525073746
3.3861-3.4649	0.380564047994	135	0.325846600631	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.9628942486
3.4649-3.5515	0.347312778449	135	0.323299406618	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.7785160576
3.5515-3.6475	0.346030016852	135	0.331825789004	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.6682639145
3.6475-3.7548	0.365075410004	135	0.339140608811	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.7045790251
3.7548-3.8759	0.3161220263	136	0.256716232493	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.9266055046
3.8759-4.0144	0.290669844674	137	0.230863407258	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0144-4.1751	0.242346090634	135	0.201795269124	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1751-4.365	0.218144741461	136	0.181967579132	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.9266324285
4.365-4.5949	0.214836365053	138	0.178715584573	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.9636098981
4.5949-4.8826	0.237423956587	136	0.162751206299	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8826-5.2592	0.233754663948	137	0.172755899226	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2592-5.7877	0.272342398125	139	0.193903682255	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7877-6.6235	0.267484412006	138	0.211629916894	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.9638336347
6.6235-8.3384	0.212937870132	141	0.199908886648	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3384-49.3195390826	0.238113967788	148	0.208541201547	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.694085656

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.26023107681	-1.80712104203	1.14655039595	5.57485812859	-2.00155374028	2.33092402959	0.258844065364	-0.890108239681	0.0698583690361	0.443090275948	-0.437220064814	1.4466111732	0.217498329658	0.178287703882	0.115383988579	1.21030363251	-0.353369296921	0.187384017406	1.28389030591	-0.00662392613782	0.896423707628	111.792478751	48.2977845865	173.01592362
2	1.46624215112	-0.258441816173	-1.00374509754	1.45316588645	-0.822856215326	1.18602491661	0.152799211955	-0.120702724551	0.0818212212369	0.262483408946	-0.00349228864109	-0.0200704330005	0.0359128053662	-0.0151166986101	-0.0127875619108	0.852613167361	-0.0594656933575	-0.0787258041421	0.688019385828	-0.0069047179521	0.688733981247	130.375118172	64.0425388019	162.231623231
3	1.52557828565	-0.0602101610382	0.365156658305	1.66384082709	0.146423024614	1.83605304305	0.0600990467762	-0.19036128096	-0.234184789267	-0.320217050064	0.0453846502553	0.0811864001514	0.0311448298189	-0.417930745669	-0.210531528045	0.679299894149	0.129336653519	-0.364791184009	0.657572534039	-0.0502951469666	0.934432401194	146.151599246	68.9357996094	153.922058912
4	1.812436777	0.390619409046	0.580356327528	2.99039376601	-0.0137740641908	0.549143553259	-0.174037335347	0.311047462579	0.653218463851	-0.5363469017	0.195358730167	0.359781536882	-0.323618404519	0.050482001286	-0.0364399350644	0.72028591783	-0.0709822025768	0.0950634833121	0.647832591275	-0.00407617584388	0.819204932307	140.897524575	87.3437271784	139.781414666
5	3.61523000893	1.870041761	0.533936753156	3.69570983674	0.160580440222	4.18068719849	-0.588867470487	0.562323661508	0.563622314551	-0.465070581939	-0.00680042770428	0.293508075644	0.508936780442	0.301792306995	0.417547421699	0.620001049987	-0.0689072693838	0.300483548477	0.668309226722	-0.0619529337176	0.638464385926	144.693771944	83.4841600683	139.715662603
6	0.90785150079	-0.612608878055	-0.441715278473	1.02177766308	-0.222421461211	0.706788433425	-0.133595285449	0.231844288164	-0.411917093235	-0.168562379401	0.111980846551	-0.248535247844	0.309457373279	-0.0300892119169	0.0457770218224	0.580223510942	-0.0480772364574	0.0375101787349	0.621549181628	-0.0466180149258	0.7710097163	152.981276104	50.674060231	136.110011734
7	1.43541592711	0.666383985154	-0.6852625926	1.2780344721	-0.285659651906	0.0829047432554	-0.0402873043118	-0.0325833262026	-0.117413735976	0.136381674727	-0.0927586845756	-0.338867329148	0.0453504222092	0.217266496212	0.0280652818966	0.830451401658	0.00656673754573	-0.137840601245	0.730820273375	0.114058238527	0.771907923152	146.158292361	44.3542507544	162.630662335
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12	0.276959984758	0.282689629884	-0.782315525933	1.03275165691	-1.04716107379	0.06167577235	0.219449633032	0.955313855694	-0.0261897459835	-0.126863507248	-0.288662339156	-0.908525046158	0.374189932208	0.184795928431	0.0244413438757	1.56110161734	0.520123718217	0.30654522202	1.87370515635	0.180541606163	1.59287019446	165.887991094	70.0919085368	68.7632959042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 87 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 247 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 248 through 296 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 297 through 365 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 366 through 430 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 431 through 605 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 606 through 831 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 832 through 908 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 909 through 967 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 33 through 365 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 366 through 605 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 606 through 967 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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