PDB-8ojy: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 T778 mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ojy

タイトル

Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 T778 mutant with bound malate

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

Phosphoenolpyruvate carboxylase /

Citric acid cycle (クエン酸回路) / TCA cycle /

photosynthesis (光合成)

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase /

phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development /

炭素固定 /

アポプラスト / cellular response to phosphate starvation /

光合成 /

クエン酸回路 /

葉緑体 / protein tetramerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09893721143 Å

データ登録者

Loris, R. / Haesaerts, S. / Larsen, P.B.

資金援助

米国,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesearts, S. / Fausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

履歴

登録	2023年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ojy.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ojy.ent.gz	946.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ojy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cj5C 8cj8C 8oj9C 8ojeC 8ojfC 8ojqC 8ojzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

336 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
447 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
449 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	241.779, 241.779, 394.689
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 6 through 74 or (resid 75...	A	A	6 - 116	13 - 123
1	2	ILE	ILE	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 6 through 74 or (resid 75...	A	A	119 - 320	126 - 327
1	3	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'A' and (resid 6 through 74 or (resid 75...	A	A	322 - 346	329 - 353
1	4	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 6 through 74 or (resid 75...	A	A	351 - 595	358 - 602
1	5	SER	SER	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 6 through 74 or (resid 75...	A	A	598 - 604	605 - 611
1	6	LEU	LEU	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 6 through 74 or (resid 75...	A	A	607 - 635	614 - 642
1	7	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'A' and (resid 6 through 74 or (resid 75...	A	A	638 - 709	645 - 716
1	8	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 6 through 74 or (resid 75...	A	A	711 - 923	718 - 930
1	9	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 6 through 74 or (resid 75...	A	A	947 - 967	954 - 974
2	10	LEU	LEU	ARG	ARG	(chain 'B' and ((resid 6 through 8 and (name N...	B	B	6 - 116	13 - 123
2	11	ILE	ILE	GLU	GLU	(chain 'B' and ((resid 6 through 8 and (name N...	B	B	119 - 320	126 - 327
2	12	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'B' and ((resid 6 through 8 and (name N...	B	B	322 - 346	329 - 353
2	13	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'B' and ((resid 6 through 8 and (name N...	B	B	351 - 595	358 - 602
2	14	SER	SER	ALA	ALA	(chain 'B' and ((resid 6 through 8 and (name N...	B	B	598 - 604	605 - 611
2	15	LEU	LEU	HIS	HIS	(chain 'B' and ((resid 6 through 8 and (name N...	B	B	607 - 635	614 - 642
2	16	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'B' and ((resid 6 through 8 and (name N...	B	B	638 - 709	645 - 716
2	17	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'B' and ((resid 6 through 8 and (name N...	B	B	711 - 923	718 - 930
2	18	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'B' and ((resid 6 through 8 and (name N...	B	B	947 - 967	954 - 974
3	19	LEU	LEU	ARG	ARG	(chain 'C' and ((resid 6 through 8 and (name N...	C	C	6 - 116	13 - 123
3	20	ILE	ILE	GLU	GLU	(chain 'C' and ((resid 6 through 8 and (name N...	C	C	119 - 320	126 - 327
3	21	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'C' and ((resid 6 through 8 and (name N...	C	C	322 - 346	329 - 353
3	22	ALA	ALA	ILE	ILE	(chain 'C' and ((resid 6 through 8 and (name N...	C	C	351 - 595	358 - 602
3	23	SER	SER	ALA	ALA	(chain 'C' and ((resid 6 through 8 and (name N...	C	C	598 - 604	605 - 611
3	24	LEU	LEU	HIS	HIS	(chain 'C' and ((resid 6 through 8 and (name N...	C	C	607 - 635	614 - 642
3	25	GLY	GLY	TRP	TRP	(chain 'C' and ((resid 6 through 8 and (name N...	C	C	638 - 709	645 - 716
3	26	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain 'C' and ((resid 6 through 8 and (name N...	C	C	711 - 923	718 - 930
3	27	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain 'C' and ((resid 6 through 8 and (name N...	C	C	947 - 967	954 - 974

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / / AtPPC1 / PEPC 1 / PEPCase 1 / 107-kDa PEPC polypeptide 分子量: 111410.219 Da / 分子数: 3 / 変異: T778I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPC1, p107, At1g53310, F12M16.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸 / リンゴ酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0,1M Hepes pH7,5; 0,2M MgCl2; 30% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.981 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.0989→48 Å / Num. obs: 94644 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 18.1 % / B_iso Wilson estimate: 85.5738271858 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 11.74
反射シェル	解像度: 3.0989→3.29 Å / R_merge(I) obs: 2.237 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 2045 / CC_1/2: 0.779 / % possible all: 27

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.09893721143→47.9969195073 Å / SU ML: 0.347043126488 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33787610058 / 位相誤差: 33.0534711413
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244612917873	1989	2.11007617067 %
R_work	0.196560297314	92273	-
obs	0.197545346357	94262	89.4402747863 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.1937883878 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.09893721143→47.9969195073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22007	0	97	130	22234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00929084561498	22673
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.03318676579	30809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537236018164	3475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071928977872	4012
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5205130211	13643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.09893721143-3.1764	0.485047798876	43	0.36635704987	1999	X-RAY DIFFRACTION	27.4167561762
3.1764-3.2623	0.337035236028	79	0.324793089249	3683	X-RAY DIFFRACTION	50.4424778761
3.2623-3.3583	0.367147060561	127	0.28630614626	5835	X-RAY DIFFRACTION	79.8874447273
3.3583-3.4666	0.292126231585	154	0.272742822445	7145	X-RAY DIFFRACTION	98.409060267
3.4666-3.5905	0.273080379734	156	0.246297776596	7292	X-RAY DIFFRACTION	99.7722705961
3.5905-3.7342	0.24373863288	158	0.211830397088	7305	X-RAY DIFFRACTION	99.7994116074
3.7342-3.9041	0.224470683229	158	0.189717775545	7292	X-RAY DIFFRACTION	99.839185205
3.9041-4.1098	0.246646988535	159	0.171131695486	7305	X-RAY DIFFRACTION	99.7594226143
4.1098-4.3671	0.238176621825	157	0.168970004225	7332	X-RAY DIFFRACTION	99.8400213305
4.3671-4.704	0.229541036321	158	0.152620805396	7343	X-RAY DIFFRACTION	99.8402768535
4.704-5.1769	0.239345828977	157	0.165242484389	7385	X-RAY DIFFRACTION	99.7883037841
5.1769-5.9249	0.229693883451	160	0.192003236581	7408	X-RAY DIFFRACTION	99.7364259357
5.9249-7.4602	0.264166351763	161	0.211519829877	7458	X-RAY DIFFRACTION	99.8296645702
7.4602-47.9969195073	0.201530175855	162	0.183544231299	7491	X-RAY DIFFRACTION	96.6165888145

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.79619831167	-2.4031003507	0.297773772932	3.82722977008	0.863347089385	3.18550501458	-0.230773424512	-0.569684458069	0.441728955469	0.627714050694	0.276554659812	0.402915795707	-0.584079924101	-1.45897317547	-0.0184684731362	1.04857192739	0.358849071312	0.0973569475694	1.23492166152	-0.0583760950341	0.678117815741	63.8325123132	104.161727535	304.139656082
2	6.83312129284	-1.33627211954	-0.931254672362	3.37147423767	-0.178834314879	4.54253914112	-0.206195715282	0.366181567219	-0.689918746861	-0.0492135723572	0.103395285805	0.176610343797	-0.279361807751	-0.787872353896	0.1289324838	0.748061697675	-0.148112858012	-0.123393503674	0.46119800223	0.0690818520563	0.519835083275	88.3650983515	83.4723950816	288.478975038
3	2.59130831444	-0.0753097510544	-1.22722067587	0.00050591890517	-0.00796870074344	1.91266989951	0.139465891479	-0.0565823984192	0.403945860926	0.213467282021	0.10667737327	0.0685225071819	-1.02290174725	-0.914805247945	-0.156537892259	1.22458171799	0.136155829929	0.0341051786634	0.617837512956	0.0359519385437	0.646752571791	85.6172262886	98.8236580997	307.347407276
4	1.58769798864	-1.43692589128	0.503856183296	2.99890280658	-0.605124288726	2.35294809286	-0.0690302452244	-0.331738891614	0.610511990971	0.237130711582	-0.0877132643041	-0.797533336712	-0.862780079589	0.364263066514	0.15201209651	0.921771758093	-0.267071610016	-0.0371141554212	0.532479209473	-0.0498113434293	0.767553265099	111.648036923	97.4581430764	304.37134839
5	0.700597479837	0.567876997834	0.061610463807	1.79515706596	-0.276208699938	1.95463361135	0.0237304080911	0.289481026927	0.00816397072425	-0.020614051186	0.18132537012	-0.3203923722	-0.923613500534	-0.0451667759741	-0.163063131192	0.730555799488	-0.0379731877683	0.169138452695	0.351194194962	-0.0109130053552	0.701882596621	96.7957320734	103.230900067	276.278033195
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11	1.11721601639	-1.70532102371	1.98852415544	2.94111994134	-2.77726531925	3.62443797361	0.197525993573	-0.0837241065941	-0.0541636033305	-0.0474749079621	0.0132724720959	0.258829341319	0.42153311679	0.0308230688657	-0.143013907786	0.52126089535	-0.00898005217617	0.0755516322067	0.39652885452	-0.111142753111	0.324403398886	142.898372807	155.985555433	204.628445506
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13	1.58116565253	-1.12770831885	0.491727447341	2.63883447435	-0.69033418047	3.39311863133	-0.0523036258447	-0.116518647322	-0.0228903926939	0.213175962379	0.118654025443	0.272903425295	-0.480180345945	-0.556334073821	-0.0843470704888	0.476156585429	0.0156286241191	0.157444281104	0.464524930028	0.00969732439322	0.384563054549	135.825780234	169.870188045	229.860565542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 115 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 116 through 179 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 180 through 266 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 267 through 430 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 431 through 728 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 729 through 967 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 221 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 222 through 728 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 729 through 967 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 6 through 179 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 180 through 266 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 267 through 679 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 680 through 967 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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