PDB-8ojf: Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 with bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ojf

タイトル

Arabidopsis thaliana Phosphoenolpyruvate carboxylase PPC1 with bound phosphate

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

Phosphoenolpyruvate carboxylase /

Citric acid cycle (クエン酸回路) / TCA cycle /

photosynthesis (光合成)

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate carboxylase /

phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development /

炭素固定 /

アポプラスト / cellular response to phosphate starvation /

光合成 /

クエン酸回路 /

葉緑体 / protein tetramerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.0368376252 Å

データ登録者

Haesaerts, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

資金援助

米国,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Amino acid changes that deregulate PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE in plants
著者: Meyer, T.J. / Sheng, J. / Haesaerts, S. / Frausto, K. / O'Leary, S. / Loris, R. / Larsen, P.B.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ojf.cif.gz	871.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ojf.ent.gz	614.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ojf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cj5C 8cj8C 8oj9C 8ojeC 8ojqC 8ojyC 8ojzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

223 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
446 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.220, 158.170, 141.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	33 - 121
1	2	1	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	137 - 300
1	3	1	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	302 - 604
1	4	1	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	607 - 756
1	5	1	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	764 - 794
1	6	1	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	796 - 873
1	7	1	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	887 - 916
1	8	1	(chain 'A' and (resid 33 through 121 or resid 137...	A	930 - 967
2	9	1	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	33 - 121
2	10	1	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	137 - 300
2	11	1	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	302 - 604
2	12	1	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	607 - 756
2	13	1	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	764 - 794
2	14	1	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	796 - 873
2	15	1	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	887 - 916
2	16	1	(chain 'B' and (resid 33 or (resid 34 through 35...	B	930 - 967

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / / AtPPC1 / PEPC 1 / PEPCase 1 / 107-kDa PEPC polypeptide 分子量: 111398.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPC1, p107, At1g53310, F12M16.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MAH0, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.09M Sodium nitrate, 0.09 Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.981 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.029→48.8 Å / Num. obs: 55586 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.74 % / B_iso Wilson estimate: 114.572419455 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 10.86
反射シェル	解像度: 3.029→3.22 Å / 冗長度: 13.96 % / R_merge(I) obs: 2.63 / Num. unique obs: 8756 / CC_1/2: 0.36 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.0368376252→48.7063417119 Å / SU ML: 0.48126573983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33789407038 / 位相誤差: 28.2293480275
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242683220805	2774	5.00252470605 %
R_work	0.202838068279	52678	-
obs	0.20485384429	55452	99.7391945609 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 137.299495629 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.0368376252→48.7063417119 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14334	0	17	18	14369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00622026349698	14683
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.878339136228	19900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0496529516366	2203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00583744075515	2584
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.685314078	8898

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0368376252-3.0892	0.434829121564	132	0.400023017142	2485	X-RAY DIFFRACTION	95.3022578296
3.0892-3.1454	0.40985502996	136	0.37032480568	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.9632892805
3.1454-3.2058	0.320530549471	138	0.324816230291	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.9636759898
3.2058-3.2713	0.364110426927	138	0.301480225838	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2713-3.3424	0.326880497074	137	0.291333066512	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.9635302699
3.3424-3.4201	0.301996614869	136	0.28622227828	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4201-3.5056	0.321296307154	138	0.280963783052	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.9638728324
3.5056-3.6004	0.269442134498	138	0.255857410939	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6004-3.7063	0.273042895296	138	0.22544965164	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.9274047187
3.7063-3.8259	0.300262520874	137	0.229832379383	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8259-3.9625	0.255871178627	138	0.213240331433	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9625-4.1211	0.25628525511	138	0.192097724952	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1211-4.3086	0.202629913932	139	0.178296059009	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3086-4.5356	0.215133697348	139	0.169160208003	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5356-4.8195	0.192696277543	139	0.159537777314	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8195-5.1912	0.237922371492	140	0.168546256398	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1912-5.7129	0.26067068819	140	0.194720057708	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7129-6.5379	0.256098817781	141	0.205960416972	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5379-8.2306	0.199667083976	143	0.182174723939	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2306-48.70633	0.215162984338	149	0.184389600271	2828	X-RAY DIFFRACTION	99.6652159357

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.758680586947	-0.278862613022	-0.33105869481	1.06902801938	0.0859364181906	0.515414329535	-0.0153827459458	-0.383670340918	-0.0643951973051	0.342005351926	-0.0434729664092	0.238866039303	0.0856043055645	-0.0708981032049	0.0610908834331	1.00626508959	-0.0712504438756	-0.0473908257932	0.954751599264	0.0645261607994	0.831327656663	124.750305721	58.5035908194	167.577170789
2	1.20245593669	-0.189854884807	-0.305802823167	2.06893360233	0.184557509863	0.459572883534	0.0653057863719	0.0050168992269	-0.0716678148276	-0.0427060054845	-0.00223233102792	-0.172901935699	0.104871965551	-0.0481761264951	-0.0525909947897	0.799197204957	-0.0450777425045	-0.0599511283289	0.77493010995	0.0221999773375	0.774059135141	146.939405147	63.0337879852	144.136722939
3	2.58592340454	0.0112488068845	0.210188497561	1.27023502032	-0.128235440084	0.935861973049	0.0927898243136	-0.210966281754	-0.46712917889	0.249821995066	-0.0915476149715	-0.18232744583	0.393096016235	0.138259317511	0.0309184294669	0.998275744131	-0.0723055014717	-0.1497524884	0.807835424081	0.216405096505	1.04710297674	132.76428516	36.809126951	162.928850831
4	0.547093567729	-0.502056377699	-0.348463365911	0.806981408652	-0.283128969435	1.06648166989	0.571645745826	0.963038152529	0.201537394962	-1.02207612412	-0.64419511184	-0.386442725653	-0.123035696734	0.360101220511	0.0972394081398	1.65752982032	0.395908476747	0.167737494868	1.93830224517	0.35313772486	1.47111760556	147.586792037	83.2439738451	63.6149062779
5	2.17886047227	-1.15815478297	0.251300691045	2.00270688285	-0.463586501266	1.22786052786	0.289917058321	0.309495508511	-0.127307996381	0.0677955926901	-0.430749207937	0.0479318251863	0.165782599947	0.182926524812	0.131756695548	1.13747267252	0.0295745772676	0.000450660339309	1.1546205927	-0.0478313150322	1.02335932462	142.164745764	61.4235248538	90.9584363857
6	0.674111599184	0.265274388888	-0.0366350783373	0.673365828992	-0.786518732554	1.0583458884	0.275885513388	0.923467277599	0.229973876235	-0.566069703956	-0.304382758096	-1.00825573109	0.257570212158	0.69101726601	0.00106208107933	1.36907993346	0.40358005947	0.352551188926	2.21472974143	0.227355696466	1.78997850844	165.28724729	70.2375938886	68.5947576147

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 221 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 222 through 706 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 707 through 967 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 33 through 221 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 222 through 605 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 606 through 967 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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