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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oib | |||||||||
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タイトル | Trichomonas vaginalis riboside hydrolase in complex with glycerol | |||||||||
要素 | Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / NH-fold / nucleoside hydrolase / riboside hydrolase / nicotinamide riboside | |||||||||
機能・相同性 | purine nucleosidase activity / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / purine nucleoside catabolic process / 細胞質基質 / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å | |||||||||
データ登録者 | Patrone, M. / Stockman, B.J. / Degano, M. | |||||||||
資金援助 | イタリア, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: A riboside hydrolase that salvages both nucleobases and nicotinamide in the auxotrophic parasite Trichomonas vaginalis. 著者: Patrone, M. / Galasyn, G.S. / Kerin, F. / Nyitray, M.M. / Parkin, D.W. / Stockman, B.J. / Degano, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oib.cif.gz | 698.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oib.ent.gz | 442.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8oib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oib | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8oi7C 8oi9C 8oiaC 8oicC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15151/ESRF-DC-1110614797 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39206.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_092730 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2FTT0 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.85 詳細: 200 mM ammonium citrate dibasic pH 4.85, 15% w/v PEG 5000 monomethyl ether, 17.5% (v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月22日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon crystal 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→88.73 Å / Num. obs: 50817 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.058 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2518 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.317 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→88.725 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.25 / WRfactor Rwork: 0.205 / SU B: 23.828 / SU ML: 0.24 / Average fsc free: 0.957 / Average fsc work: 0.969 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.677 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.063 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→88.725 Å
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拘束条件 |
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