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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8oic | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Trichomonas vaginalis riboside hydrolase (His-tagged) | |||||||||
Components | Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / NH-fold / nucleoside hydrolase / riboside hydrolase / nicotinamide riboside | |||||||||
| Function / homology | purine nucleosidase activity / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Trichomonas vaginalis (eukaryote) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||
Authors | Patrone, M. / Stockman, B.J. / Degano, M. | |||||||||
| Funding support | Italy, United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023Title: A riboside hydrolase that salvages both nucleobases and nicotinamide in the auxotrophic parasite Trichomonas vaginalis. Authors: Patrone, M. / Galasyn, G.S. / Kerin, F. / Nyitray, M.M. / Parkin, D.W. / Stockman, B.J. / Degano, M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8oic.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8oic.ent.gz | 889.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8oic.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8oic_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8oic_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | |
| Data in XML | 8oic_validation.xml.gz | 94.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 8oic_validation.cif.gz | 126.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oic | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 346 / Label seq-ID: 21 - 366
NCS ensembles :
|
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Components
About Yorodumi




Trichomonas vaginalis (eukaryote)
X-RAY DIFFRACTION
Italy,
United States, 2items
Citation



PDBj

