PDB-8oia: Trichomonas vaginalis riboside hydrolase in complex with D-ribose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oia

タイトル

Trichomonas vaginalis riboside hydrolase in complex with D-ribose

要素

Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE / NH-fold / nucleoside hydrolase / riboside hydrolase / nicotinamide riboside

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Patrone, M. / Stockman, B.J. / Degano, M.

資金援助

イタリア,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: A riboside hydrolase that salvages both nucleobases and nicotinamide in the auxotrophic parasite Trichomonas vaginalis.
著者: Patrone, M. / Galasyn, G.S. / Kerin, F. / Nyitray, M.M. / Parkin, D.W. / Stockman, B.J. / Degano, M.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oia.cif.gz	704.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oia.ent.gz	444.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oia_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oia_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	8oia_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	8oia_validation.cif.gz	66.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oi7C 8oi9C 8oibC 8oicC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-DC-1110614788 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

C: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

D: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.995, 135.622, 94.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.691, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 346 / Label seq-ID: 2 - 346

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

分子量: 39206.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_092730 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2FTT0

#3: 糖

ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 116分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.85 詳細: 200 mM ammonium citrate dibasic pH 4.85, 15% PEG 3300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月10日
放射	モノクロメーター: Silicon crystal 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→43.981 Å / Num. obs: 71792 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.981 / R_pim(I) all: 0.136 / R_sym value: 0.305 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4593 / CC_1/2: 0.425 / R_pim(I) all: 0.425 / R_sym value: 1.608 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→43.981 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / WR_factor R_free: 0.248 / WR_factor R_work: 0.211 / SU B: 23.249 / SU ML: 0.254 / Average fsc free: 0.9453 / Average fsc work: 0.9573 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.46 / ESU R Free: 0.271 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2699	3222	5.126 %
R_work	0.234	59632	-
all	0.236	-	-
obs	-	62854	99.87 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.897 Å²	-0 Å²	0.411 Å²
2-	-	-1.078 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.548 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.981 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10753	0	72	108	10933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	11189
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	10541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.658	15162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.464	1.58	24402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.986	5	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.361	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.992	10	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.421	10	497
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.039	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	10025
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	5504
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	5826
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.112	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.256	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.465	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.145	2.526	5451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.145	2.526	5450
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.259	5.669	6803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.259	5.669	6804
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.541	2.723	5738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.54	2.724	5739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.931	6.124	8351
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.931	6.125	8352
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.875	25.739	48651
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.875	25.74	48648
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	11293
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.087	0.05	11276
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.053	0.05	11583
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.049	0.05	12238
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.081	0.05	11334
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.085	0.05	11234

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08304	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08304	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08725	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08725	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05282	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05282	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04902	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04902	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08138	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08138	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0849	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0849	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.382	236	0.33	4365	0.333	4603	0.89	0.915	99.9566	0.31
2.36-2.424	0.311	233	0.311	4311	0.311	4544	0.926	0.927	100	0.291
2.424-2.494	0.298	242	0.289	4122	0.29	4365	0.933	0.939	99.9771	0.265
2.494-2.571	0.307	215	0.27	4039	0.272	4255	0.926	0.949	99.9765	0.243
2.571-2.655	0.252	200	0.251	3939	0.251	4139	0.957	0.956	100	0.224
2.655-2.747	0.278	194	0.246	3788	0.248	3983	0.948	0.959	99.9749	0.221
2.747-2.851	0.307	190	0.246	3679	0.249	3872	0.942	0.96	99.9225	0.218
2.851-2.967	0.274	200	0.232	3521	0.234	3721	0.951	0.964	100	0.205
2.967-3.098	0.25	208	0.221	3362	0.223	3570	0.956	0.968	100	0.198
3.098-3.248	0.257	172	0.219	3234	0.221	3412	0.957	0.97	99.8242	0.197
3.248-3.423	0.282	187	0.219	3073	0.223	3262	0.951	0.969	99.9387	0.199
3.423-3.629	0.239	162	0.217	2878	0.218	3045	0.962	0.97	99.8358	0.199
3.629-3.878	0.27	147	0.224	2744	0.227	2894	0.954	0.968	99.8963	0.208
3.878-4.186	0.233	125	0.218	2555	0.219	2685	0.968	0.971	99.8138	0.202
4.186-4.581	0.255	102	0.196	2386	0.198	2491	0.96	0.977	99.8796	0.186
4.581-5.115	0.22	119	0.206	2139	0.206	2265	0.973	0.976	99.6909	0.197
5.115-5.893	0.306	108	0.214	1903	0.218	2013	0.95	0.974	99.9006	0.203
5.893-7.185	0.238	64	0.209	1610	0.211	1677	0.963	0.974	99.8211	0.2
7.185-10.029	0.227	75	0.205	1257	0.206	1336	0.969	0.977	99.7006	0.203
10.029-43.981	0.278	42	0.239	715	0.241	782	0.966	0.968	96.8031	0.239

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.361	-0.0391	-0.0515	1.5575	-0.3482	0.5056	0.014	0.1284	0.0895	-0.1053	-0.0038	0.0519	-0.063	-0.0753	-0.0102	0.0387	0.0163	0.0263	0.0255	0.0018	0.1032	14.9909	0.0383	20.2443
2	1.108	0.0485	-0.0828	1.5406	0.0938	0.712	0.0438	0.0815	0.0076	-0.0519	-0.0466	0.0922	-0.0528	-0.0473	0.0028	0.0107	0.01	-0.0204	0.0112	-0.0132	0.0838	-12.419	-35.1762	24.031
3	1.1468	-0.1076	-0.0073	1.5362	-0.0668	0.6591	0.0534	0.0979	-0.0255	-0.062	-0.052	-0.099	0.0528	0.0564	-0.0014	0.0194	0.0106	0.0358	0.0142	0.0006	0.1115	46.9958	-25.8584	23.9371
4	1.302	-0.1738	0.0134	1.6667	0.1163	0.4875	0.006	0.1265	-0.0998	-0.1234	-0.0195	-0.0334	0.0477	0.0853	0.0134	0.0301	0.0184	-0.0061	0.0313	-0.0101	0.1183	19.6903	-60.7625	20.5311

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

-
非ポリマー , 4種, 116分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

-非ポリマー , 4種, 116分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

-
非ポリマー , 4種, 116分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)