PDB-8oi7: Trichomonas vaginalis riboside hydrolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oi7

タイトル

Trichomonas vaginalis riboside hydrolase

要素

Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE / NH-fold / nucleoside hydrolase / riboside hydrolase / nicotinamide riboside

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Patrone, M. / Stockman, B.J. / Degano, M.

資金援助

イタリア,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: A riboside hydrolase that salvages both nucleobases and nicotinamide in the auxotrophic parasite Trichomonas vaginalis.
著者: Patrone, M. / Galasyn, G.S. / Kerin, F. / Nyitray, M.M. / Parkin, D.W. / Stockman, B.J. / Degano, M.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oi7.cif.gz	377.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oi7.ent.gz	236.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oi7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oi7_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oi7_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8oi7_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	8oi7_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oi7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oi9C 8oiaC 8oibC 8oicC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

78.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.344, 92.344, 185.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-519- HOH
2	1	A-528- HOH
3	1	A-678- HOH
4	1	A-706- HOH
5	1	A-718- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 344 / Label seq-ID: 2 - 344

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein 分子量: 39206.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_092730 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2FTT0

-
非ポリマー , 5種, 366分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 90 mM PIPES pH 7.0, 90 mM MgCl2, 45 mM KCl, 1 mM NiSO4, 14% (w/v) PEG 5000 monomethyl ether

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→46.321 Å / Num. obs: 68295 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 21.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.027 / R_sym value: 0.149 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6037 / CC_1/2: 0.625 / R_pim(I) all: 0.519 / R_sym value: 1.478 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→46.321 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.192 / WR_factor R_work: 0.176 / SU B: 6.94 / SU ML: 0.099 / Average fsc free: 0.9607 / Average fsc work: 0.9658 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	3455	5.073 %
R_work	0.1837	64645	-
all	0.185	-	-
obs	-	68100	98.583 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.685 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.939 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.321 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5468	0	26	358	5852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	5660
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.038	1.653	7656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.358	1.576	12345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.46	5	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.99	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.557	10	967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	0.004	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.026	10	250
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	5038
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.056	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.145	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.736	2.799	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.64	2.797	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.555	6.279	3458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.556	6.28	3459
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.261	3.171	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.261	3.171	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.721	7.051	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.72	7.051	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.224	23.737	6405
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.173	23.447	6339
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.098	0.05	11418

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09761	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09761	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.346	210	0.345	4173	0.345	5003	0.892	0.89	87.6074	0.334
1.898-1.95	0.312	218	0.293	4448	0.294	4911	0.916	0.925	95.0112	0.274
1.95-2.006	0.267	259	0.263	4440	0.263	4763	0.938	0.943	98.6563	0.243
2.006-2.068	0.265	226	0.228	4377	0.23	4616	0.949	0.959	99.7184	0.207
2.068-2.136	0.21	224	0.208	4270	0.208	4504	0.968	0.97	99.778	0.191
2.136-2.21	0.245	228	0.201	4113	0.203	4346	0.961	0.973	99.8849	0.185
2.21-2.294	0.222	227	0.191	3983	0.193	4215	0.971	0.977	99.8814	0.178
2.294-2.387	0.191	233	0.177	3794	0.178	4030	0.973	0.98	99.9256	0.164
2.387-2.493	0.221	184	0.177	3740	0.179	3926	0.97	0.98	99.9491	0.165
2.493-2.614	0.2	187	0.182	3547	0.183	3734	0.974	0.98	100	0.171
2.614-2.755	0.212	179	0.185	3369	0.186	3552	0.972	0.979	99.8874	0.176
2.755-2.922	0.208	178	0.182	3197	0.183	3375	0.975	0.98	100	0.176
2.922-3.122	0.202	179	0.179	3008	0.181	3188	0.974	0.98	99.9686	0.176
3.122-3.371	0.202	143	0.177	2829	0.178	2972	0.974	0.98	100	0.175
3.371-3.691	0.188	124	0.179	2659	0.179	2783	0.979	0.981	100	0.18
3.691-4.124	0.146	128	0.154	2369	0.154	2497	0.987	0.985	100	0.16
4.124-4.755	0.152	114	0.137	2124	0.138	2238	0.986	0.989	100	0.145
4.755-5.809	0.175	90	0.159	1848	0.159	1938	0.982	0.986	100	0.166
5.809-8.151	0.179	88	0.182	1446	0.182	1534	0.983	0.98	100	0.191
8.151-46.321	0.248	36	0.194	911	0.196	947	0.968	0.975	100	0.204

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7418	0.0476	-0.3197	0.4115	0.0842	0.1884	-0.0371	0.1033	-0.0411	0.0597	0.0259	0.0286	-0.003	-0.0123	0.0112	0.0898	0.0096	0.0036	0.1717	0.0108	0.223	24.8382	38.5166	5.5503
2	0.2009	0.3543	-0.1973	1.4743	-0.4187	0.2195	0.1849	0.0626	0.2882	0.2654	0.1161	0.3512	-0.1523	-0.04	-0.301	0.2072	0.0848	0.2401	0.0438	0.0552	0.4886	26.1651	79.8326	9.0719

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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