PDB-8oht: Crystal structure of Beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oht

タイトル

Crystal structure of Beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum in complex with competitive inhibitor derrived from siastatin B

要素

beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidobacterium capsulatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Yurong, C. / Wu, L. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

資金援助

オランダ, European Union,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	VI.Veni.212.173	オランダ
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-32294	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2020-SyG-951231	European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R001162/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M011151/1	英国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis for Inhibition of Heparanases and beta-Glucuronidases by Siastatin B.
著者: Chen, Y. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Wu, L. / Moran, E. / Skoulikopoulou, F. / van Riet, V. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Armstrong, Z.

履歴

登録	2023年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oht.cif.gz	123.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oht.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oht_validation.pdf.gz	791.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oht_full_validation.pdf.gz	796 KB	表示
XML形式データ	8oht_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	8oht_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqiC 8ogxC 8ohqC 8ohrC 8ohuC 8ohvC 8ohwC 8ohxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

ヘテロ分子

51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.750, 44.670, 136.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.461, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-650- HOH
2	1	AAA-956- HOH

#1: タンパク質	beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum 分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum (バクテリア) 遺伝子: ACP_2665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1F2K5
#2: 化合物	ChemComp-VON / (3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-4,5,6-tris(oxidanyl)piperidine-3-carboxylic acid 分子量: 177.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M AmSO4 1 M LiSO4 0.1 M Trisodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→67.65 Å / Num. obs: 221410 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.05→1.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 10057 / CC_1/2: 0.582

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.05→67.648 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 0.39 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1774	11011	4.973 %
R_work	0.1669	210398	-
all	0.167	-	-
obs	-	221409	96.299 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.041 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.273 Å²	0 Å²	0.227 Å²
2-	-	0.505 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.282 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→67.648 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3470	0	17	584	4071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	3742
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.049	1.649	5127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.703	1.572	7713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.203	5	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.268	21.675	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.569	15	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.875	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.111	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.137	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.151	1.173	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.151	1.172	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.658	1.77	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.658	1.77	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.263	1.384	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.224	1.381	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.141	2.002	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.118	1.997	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.4	15.969	4648
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.166	15.137	4464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.05-1.077	0.291	695	0.28	14367	X-RAY DIFFRACTION	88.8928
1.077-1.107	0.241	747	0.241	14374	X-RAY DIFFRACTION	91.6702
1.107-1.139	0.224	759	0.218	14477	X-RAY DIFFRACTION	95.1596
1.139-1.174	0.207	742	0.197	14184	X-RAY DIFFRACTION	95.6182
1.174-1.212	0.191	739	0.186	13754	X-RAY DIFFRACTION	95.9357
1.212-1.255	0.185	674	0.185	13433	X-RAY DIFFRACTION	96.3067
1.255-1.302	0.185	687	0.178	12966	X-RAY DIFFRACTION	96.72
1.302-1.355	0.171	653	0.162	12553	X-RAY DIFFRACTION	97.0316
1.355-1.416	0.167	659	0.154	12006	X-RAY DIFFRACTION	97.3108
1.416-1.485	0.16	608	0.151	11569	X-RAY DIFFRACTION	97.6425
1.485-1.565	0.159	590	0.145	11050	X-RAY DIFFRACTION	97.9139
1.565-1.66	0.164	541	0.144	10488	X-RAY DIFFRACTION	98.1927
1.66-1.774	0.168	568	0.147	9841	X-RAY DIFFRACTION	98.4023
1.774-1.917	0.162	495	0.153	9201	X-RAY DIFFRACTION	98.3766
1.917-2.099	0.169	456	0.153	8519	X-RAY DIFFRACTION	98.9635
2.099-2.347	0.159	403	0.151	7745	X-RAY DIFFRACTION	98.7158
2.347-2.71	0.165	320	0.158	6892	X-RAY DIFFRACTION	99.1068
2.71-3.317	0.174	300	0.175	5829	X-RAY DIFFRACTION	99.6099
3.317-4.687	0.173	244	0.156	4563	X-RAY DIFFRACTION	99.2567
4.687-67.648	0.233	131	0.206	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.1247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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