PDB-8ohu: Crystal structure of Beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ohu

タイトル

Crystal structure of Beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum in complex with glucuronic acid configured isofagamine

要素

beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidobacterium capsulatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Yurong, C. / Wu, L. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

資金援助

オランダ, European Union,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	VI.Veni.212.173	オランダ
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-32294	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2020-SyG-951231	European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R001162/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M011151/1	英国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis for Inhibition of Heparanases and beta-Glucuronidases by Siastatin B.
著者: Chen, Y. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Wu, L. / Moran, E. / Skoulikopoulou, F. / van Riet, V. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Armstrong, Z.

履歴

登録	2023年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ohu.cif.gz	113.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ohu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ohu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqiC 8ogxC 8ohqC 8ohrC 8ohtC 8ohvC 8ohwC 8ohxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

ヘテロ分子

51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.046, 44.669, 137.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.605, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-826- HOH

#1: タンパク質	beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum 分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum (バクテリア) 遺伝子: ACP_2665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1F2K5
#2: 化合物	ChemComp-SJ5 / (3S,4R,5R)-4,5-dihydroxypiperidine-3-carboxylic acid / (3S)-4β,5α-ジヒドロキシピペリジン-3α-カルボン酸分子量: 161.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M AmSO4 1 M LiSO4 0.1 M Trisodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→42.44 Å / Num. obs: 136682 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / Num. unique obs: 6004 / CC_1/2: 0.882

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→42.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.659 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	6866	5.024 %
R_work	0.164	129809	-
all	0.165	-	-
obs	-	136675	98.942 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.323 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.448 Å²	0 Å²	0.55 Å²
2-	-	1.049 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.722 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→42.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3453	0	11	357	3821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.931	1.648	4900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.642	1.572	7477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.291	5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.183	21.934	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.64	15	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.799	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.431	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.504	1.334	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.498	1.334	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.222	2.004	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.222	2.004	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.692	1.605	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.691	1.604	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.985	2.308	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.984	2.307	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.114	16.758	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.093	16.442	3998

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.282	0.279	448	0.27	8584	X-RAY DIFFRACTION	88.8976
1.282-1.318	0.234	467	0.233	9203	X-RAY DIFFRACTION	97.5487
1.318-1.356	0.225	478	0.211	9144	X-RAY DIFFRACTION	99.6892
1.356-1.397	0.215	453	0.197	8886	X-RAY DIFFRACTION	99.9572
1.397-1.443	0.188	453	0.183	8602	X-RAY DIFFRACTION	99.9558
1.443-1.494	0.173	469	0.168	8299	X-RAY DIFFRACTION	99.9886
1.494-1.55	0.18	415	0.156	8045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.614	0.183	432	0.149	7726	X-RAY DIFFRACTION	99.9755
1.614-1.685	0.172	408	0.147	7439	X-RAY DIFFRACTION	99.9873
1.685-1.767	0.163	352	0.142	7123	X-RAY DIFFRACTION	100
1.767-1.863	0.171	383	0.144	6786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.863-1.976	0.167	368	0.145	6370	X-RAY DIFFRACTION	100
1.976-2.112	0.174	315	0.152	5996	X-RAY DIFFRACTION	99.9842
2.112-2.281	0.172	296	0.148	5629	X-RAY DIFFRACTION	99.9494
2.281-2.499	0.172	277	0.15	5206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.499-2.793	0.175	233	0.161	4712	X-RAY DIFFRACTION	99.9798
2.793-3.225	0.181	213	0.174	4166	X-RAY DIFFRACTION	100
3.225-3.948	0.184	187	0.157	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.948-5.575	0.189	146	0.15	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
5.575-42.44	0.217	73	0.204	1580	X-RAY DIFFRACTION	99.7586

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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