PDB-8ohv: Crystal structure of Beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ohv

タイトル

Crystal structure of Beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum in complex with glucuronic acid configured 3-geminal diol iminosugar inhibitor

要素

beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidobacterium capsulatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Yurong, C. / Wu, L. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

資金援助

オランダ, European Union,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	VI.Veni.212.173	オランダ
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-32294	European Union
European Research Council (ERC)	ERC-2020-SyG-951231	European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R001162/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M011151/1	英国

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis for Inhibition of Heparanases and beta-Glucuronidases by Siastatin B.
著者: Chen, Y. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Wu, L. / Moran, E. / Skoulikopoulou, F. / van Riet, V. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Armstrong, Z.

履歴

登録	2023年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ohv.cif.gz	107.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ohv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ohv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cqiC 8ogxC 8ohqC 8ohrC 8ohtC 8ohuC 8ohwC 8ohxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

ヘテロ分子

51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.037, 42.614, 140.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.417, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum 分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum (バクテリア) 遺伝子: ACP_2665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1F2K5
#2: 化合物	ChemComp-VP5 / (3~{S},4~{R})-4,5,5-tris(oxidanyl)piperidine-3-carboxylic acid 分子量: 177.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M AmSO4 1 M LiSO4 0.1 M Trisodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→40.756 Å / Num. obs: 76979 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 3804 / CC_1/2: 0.545

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→40.756 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.216 / WR_factor R_work: 0.194 / SU B: 1.674 / SU ML: 0.06 / Average fsc free: 0.8931 / Average fsc work: 0.9001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2231	3861	5.016 %
R_work	0.1989	73117	-
all	0.2	-	-
obs	-	76978	99.949 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.124 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.264 Å²	-0 Å²	0.532 Å²
2-	-	0.871 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.743 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.756 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3417	0	17	182	3616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.771	1.647	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.524	1.571	7315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.846	5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.899	21.878	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.187	15	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.262	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.037	2.165	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.032	2.164	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.867	3.241	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.867	3.242	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.269	2.501	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.269	2.499	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.881	3.619	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.881	3.615	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.824	25.478	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.825	25.389	3873

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.304	283	0.299	5384	X-RAY DIFFRACTION	99.8063
1.539-1.581	0.293	283	0.271	5227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.277	256	0.255	5091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.627-1.677	0.259	271	0.243	4940	X-RAY DIFFRACTION	99.9808
1.677-1.732	0.253	249	0.226	4770	X-RAY DIFFRACTION	99.9801
1.732-1.793	0.252	253	0.205	4657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.86	0.236	230	0.192	4525	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.936	0.201	223	0.177	4300	X-RAY DIFFRACTION	99.9779
1.936-2.022	0.209	217	0.183	4134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.022-2.121	0.256	205	0.193	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.121-2.235	0.227	189	0.188	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.235-2.371	0.214	196	0.184	3583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.371-2.534	0.19	176	0.185	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.737	0.239	183	0.201	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.737-2.998	0.252	156	0.211	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.998-3.351	0.21	133	0.205	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.351-3.869	0.213	116	0.181	2356	X-RAY DIFFRACTION	100
3.869-4.735	0.176	100	0.156	1995	X-RAY DIFFRACTION	100
4.735-6.683	0.195	97	0.209	1523	X-RAY DIFFRACTION	100
6.683-40.756	0.23	45	0.217	902	X-RAY DIFFRACTION	99.5794

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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