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- PDB-8oe0: Cryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extrac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oe0
タイトルCryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 2).
要素
  • (Interleukin-12 receptor subunit beta- ...) x 2
  • (Interleukin-12 subunit ...) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / Cytokine / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-12 beta subunit binding / interleukin-27 binding / Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / Interleukin-35 Signalling / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / T-helper 1 cell activation ...interleukin-12 beta subunit binding / interleukin-27 binding / Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / Interleukin-35 Signalling / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / T-helper 1 cell activation / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of natural killer cell activation / cellular response to hydroperoxide / positive regulation of lymphocyte proliferation / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / interleukin-12 receptor binding / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / T-helper cell differentiation / interleukin-23-mediated signaling pathway / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / interleukin-12-mediated signaling pathway / defense response to tumor cell / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of osteoclast differentiation / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / natural killer cell activation / regulation of NMDA receptor activity / cytokine receptor activity / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / response to UV-B / positive regulation of activated T cell proliferation / syntaxin-1 binding / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / positive regulation of T cell differentiation / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / PKA activation / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / defense response to protozoan / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Phase 0 - rapid depolarisation / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of natural killer cell proliferation / calcineurin-mediated signaling / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Ion transport by P-type ATPases / Uptake and function of anthrax toxins / positive regulation of interleukin-10 production / protein phosphatase activator activity / Long-term potentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Calcineurin activates NFAT / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of protein secretion / DARPP-32 events / Smooth Muscle Contraction / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / catalytic complex / RHO GTPases activate IQGAPs / coreceptor activity / calcium channel inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Interleukin-12 alpha / Interleukin-12 alpha subunit / : / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Death-associated protein kinase 1 / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. ...Interleukin-12 alpha / Interleukin-12 alpha subunit / : / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Death-associated protein kinase 1 / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Roc domain profile. / Roc domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Four-helical cytokine-like, core / Ankyrin repeats (many copies) / : / Ankyrin repeat / Death-like domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / EF-hand domain pair / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / EF-hand, calcium binding motif / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Interleukin-12 subunit alpha / Interleukin-12 subunit beta / Death-associated protein kinase 1 / Interleukin-12 receptor subunit beta-2 / Interleukin-12 receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Felix, J. / Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0B4918N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of complete extracellular receptor assemblies mediated by IL-12 and IL-23.
著者: Yehudi Bloch / Jan Felix / Romain Merceron / Mathias Provost / Royan Alipour Symakani / Robin De Backer / Elisabeth Lambert / Ahmad R Mehdipour / Savvas N Savvides /
要旨: Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into ...Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into their complete extracellular assemblies. Furthermore, there is a paucity of structural details describing the IL-12-receptor interaction interfaces, in contrast to IL-23-receptor complexes. Here we report structures of fully assembled mouse IL-12/human IL-23-receptor complexes comprising the complete extracellular segments of the cognate receptors determined by electron cryo-microscopy. The structures reveal key commonalities but also surprisingly diverse features. Most notably, whereas IL-12 and IL-23 both utilize a conspicuously presented aromatic residue on their α-subunit as a hotspot to interact with the N-terminal Ig domain of their high-affinity receptors, only IL-12 juxtaposes receptor domains proximal to the cell membrane. Collectively, our findings will help to complete our understanding of cytokine-mediated assemblies of tall cytokine receptors and will enable a cytokine-specific interrogation of IL-12/IL-23 signaling in physiology and disease.
履歴
登録2023年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit alpha
B: Interleukin-12 subunit beta
C: Interleukin-12 receptor subunit beta-1,Death-associated protein kinase 1
D: Interleukin-12 receptor subunit beta-2,Calmodulin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,9529
ポリマ－211,2774
非ポリマー1,6755
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering, MALLS, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Interleukin-12 subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Interleukin-12 subunit alpha / IL-12A / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 35 kDa subunit / CLMF p35 / IL-12 subunit p35


分子量: 25927.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il12a / 細胞株 (発現宿主): HEK293 MGAT-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43431
#2: タンパク質 Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40


分子量: 35837.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il12b / 細胞株 (発現宿主): HEK293 MGAT-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43432

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Interleukin-12 receptor subunit beta- ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Interleukin-12 receptor subunit beta-1,Death-associated protein kinase 1 / IL-12 receptor subunit beta-1 / IL-12R subunit beta-1 / IL-12R-beta-1 / IL-12 receptor beta ...IL-12 receptor subunit beta-1 / IL-12R subunit beta-1 / IL-12R-beta-1 / IL-12 receptor beta component / DAP kinase 1


分子量: 63789.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il12rb1, Il12rb, DAPK1, DAPK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 MGAT-/-
参照: UniProt: Q60837, UniProt: P53355, non-specific serine/threonine protein kinase
#4: タンパク質 Interleukin-12 receptor subunit beta-2,Calmodulin-1 / IL-12 receptor subunit beta-2 / IL-12R subunit beta-2 / IL-12R-beta-2 / IL-12RB2


分子量: 85723.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il12rb2, CALM1, CALM, CAM, CAM1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 MGAT-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P97378, UniProt: P0DP23

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糖 , 3種, 5分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Murine IL-12 in complex with mIL-12Rbeta1-DAPK1 and mIL-12Rbeta2-Calmodulin.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.216 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
詳細: HEPES-buffered saline (HBS) with added calcium chloride: 25 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMHEPESC8H18N2O4S1
35 mMcalcium chlorideCaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 詳細: Leica EM GP2, 5 s. blotting time.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3.37 sec. / 電子線照射量: 61.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 8145

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2151468
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 209938 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 328.9 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004712261
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.922616660
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05691874
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00762122
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.41124532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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