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- PDB-8ki3: Structure of the human ATP synthase bound to bedaquiline (composite) -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8ki3
タイトルStructure of the human ATP synthase bound to bedaquiline (composite)
要素
  • (ATP synthase F(0) complex subunit ...) x 2
  • (ATP synthase subunit ...) x 12
  • ATP synthase protein 8
  • ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
  • ATPase inhibitor, mitochondrial
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATP synthase / Human / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex binding / regulation of ATP metabolic process / negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / Formation of ATP by chemiosmotic coupling / regulation of protein targeting to mitochondrion / Cristae formation / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / negative regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled proton transport / angiostatin binding / negative regulation of hydrolase activity ...mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex binding / regulation of ATP metabolic process / negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / Formation of ATP by chemiosmotic coupling / regulation of protein targeting to mitochondrion / Cristae formation / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / negative regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled proton transport / angiostatin binding / negative regulation of hydrolase activity / ATP biosynthetic process / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / mitochondrial depolarization / ATPase inhibitor activity / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / positive regulation of type 2 mitophagy / Mitochondrial protein import / response to copper ion / cellular response to interleukin-7 / proton channel activity / oxidative phosphorylation / heme biosynthetic process / response to muscle activity / proton-transporting ATP synthase complex / negative regulation of endothelial cell proliferation / MHC class I protein binding / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / enzyme inhibitor activity / mitochondrial nucleoid / : / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / : / response to hyperoxia / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / substantia nigra development / Mitochondrial protein degradation / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / cellular response to nitric oxide / proton transmembrane transport / cellular response to dexamethasone stimulus / reactive oxygen species metabolic process / aerobic respiration / erythrocyte differentiation / generation of precursor metabolites and energy / regulation of intracellular pH / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / mitochondrial membrane / ADP binding / lipid metabolic process / fibrillar center / osteoblast differentiation / ATPase binding / protease binding / angiogenesis / nuclear membrane / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / hydrolase activity / calmodulin binding / mitochondrial matrix / membrane raft / lipid binding / structural molecule activity / enzyme binding / cell surface / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / Mitochondrial proteolipid / ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / ATP synthase protein 8, metazoa / Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F, predicted ...ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / Mitochondrial proteolipid / ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / ATP synthase protein 8, metazoa / Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F, predicted / ATP synthase protein 8, mammals / ATP synthase protein 8 / Mitochondrial ATPase inhibitor, IATP / Mitochondrial F1F0-ATP synthase, subunit f / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase-coupling factor 6 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6 / : / Metazoan delta subunit of F1F0-ATP synthase, C-terminal domain / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Bedaquiline / ATP synthase peripheral stalk subunit d, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit g, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit a / ATP synthase F(0) complex subunit 8 / ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial / ATP synthase F(1) complex subunit beta, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk subunit F6, mitochondrial ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Bedaquiline / ATP synthase peripheral stalk subunit d, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit g, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit a / ATP synthase F(0) complex subunit 8 / ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial / ATP synthase F(1) complex subunit beta, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk subunit F6, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk subunit b, mitochondrial / ATP synthase F(1) complex subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase F(1) complex subunit delta, mitochondrial / ATP synthase F(1) complex subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit f, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit j, mitochondrial / ATP synthase F(1) complex subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit e, mitochondrial / ATPase inhibitor, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Lai, Y. / Zhang, Y. / Gong, H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100976 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82222042 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Inhibition of M. tuberculosis and human ATP synthase by BDQ and TBAJ-587.
著者: Yuying Zhang / Yuezheng Lai / Shan Zhou / Ting Ran / Yue Zhang / Ziqing Zhao / Ziyan Feng / Long Yu / Jinxu Xu / Kun Shi / Jianyun Wang / Yu Pang / Liang Li / Hongming Chen / Luke W Guddat / ...著者: Yuying Zhang / Yuezheng Lai / Shan Zhou / Ting Ran / Yue Zhang / Ziqing Zhao / Ziyan Feng / Long Yu / Jinxu Xu / Kun Shi / Jianyun Wang / Yu Pang / Liang Li / Hongming Chen / Luke W Guddat / Yan Gao / Fengjiang Liu / Zihe Rao / Hongri Gong /
要旨: Bedaquiline (BDQ), a first-in-class diarylquinoline anti-tuberculosis drug, and its analogue, TBAJ-587, prevent the growth and proliferation of Mycobacterium tuberculosis by inhibiting ATP synthase. ...Bedaquiline (BDQ), a first-in-class diarylquinoline anti-tuberculosis drug, and its analogue, TBAJ-587, prevent the growth and proliferation of Mycobacterium tuberculosis by inhibiting ATP synthase. However, BDQ also inhibits human ATP synthase. At present, how these compounds interact with either M. tuberculosis ATP synthase or human ATP synthase is unclear. Here we present cryogenic electron microscopy structures of M. tuberculosis ATP synthase with and without BDQ and TBAJ-587 bound, and human ATP synthase bound to BDQ. The two inhibitors interact with subunit a and the c-ring at the leading site, c-only sites and lagging site in M. tuberculosis ATP synthase, showing that BDQ and TBAJ-587 have similar modes of action. The quinolinyl and dimethylamino units of the compounds make extensive contacts with the protein. The structure of human ATP synthase in complex with BDQ reveals that the BDQ-binding site is similar to that observed for the leading site in M. tuberculosis ATP synthase, and that the quinolinyl unit also interacts extensively with the human enzyme. This study will improve researchers' understanding of the similarities and differences between human ATP synthase and M. tuberculosis ATP synthase in terms of the mode of BDQ binding, and will allow the rational design of novel diarylquinolines as anti-tuberculosis drugs.
履歴
登録2023年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
B: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
C: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
D: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
E: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
F: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
G: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial
J: ATPase inhibitor, mitochondrial
O: ATP synthase subunit O, mitochondrial
1: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
2: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
3: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
4: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
5: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
6: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
7: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
8: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
H: ATP synthase subunit delta, mitochondrial
I: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial
K: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial
M: ATP synthase subunit d, mitochondrial
N: ATP synthase subunit a
P: ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial
Q: ATP synthase protein 8
R: ATP synthase subunit f, mitochondrial
S: ATP synthase subunit g, mitochondrial
T: ATP synthase subunit e, mitochondrial
L: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)591,92539
ポリマ－588,87228
非ポリマー3,05311
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ATP synthase subunit ... , 12種, 16分子 ABCDEFGOHIMNPRST

#1: タンパク質 ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit alpha


分子量: 55276.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25705
#2: タンパク質 ATP synthase subunit beta, mitochondrial


分子量: 51821.965 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06576
#3: タンパク質 ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit gamma / F-ATPase gamma subunit


分子量: 30207.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36542
#5: タンパク質 ATP synthase subunit O, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP / Oligomycin sensitivity conferral protein / OSCP


分子量: 20904.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48047
#7: タンパク質 ATP synthase subunit delta, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit delta / F-ATPase delta subunit


分子量: 15029.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30049
#8: タンパク質 ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATPase subunit epsilon / ATP synthase F1 subunit epsilon


分子量: 5790.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56381
#10: タンパク質 ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATPase subunit d / ATP synthase peripheral stalk subunit d


分子量: 18383.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75947
#11: タンパク質 ATP synthase subunit a / F-ATPase protein 6


分子量: 24833.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00846
#12: タンパク質 ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / 6.8 kDa mitochondrial proteolipid protein / MLQ / ATP synthase membrane subunit 6.8PL


分子量: 6673.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56378
#14: タンパク質 ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase membrane subunit f


分子量: 10804.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56134
#15: タンパク質 ATP synthase subunit g, mitochondrial / ATPase subunit g / ATP synthase membrane subunit g


分子量: 11309.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75964
#16: タンパク質 ATP synthase subunit e, mitochondrial / ATPase subunit e / ATP synthase membrane subunit e


分子量: 7947.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56385

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タンパク質 , 3種, 3分子 JQL

#4: タンパク質 ATPase inhibitor, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit epsilon / Inhibitor of F(1)F(o)-ATPase / IF(1) / IF1


分子量: 9540.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UII2
#13: タンパク質 ATP synthase protein 8 / A6L / F-ATPase subunit 8


分子量: 8000.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03928
#17: タンパク質 ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATPase subunit F6 / ATP synthase peripheral stalk subunit F6


分子量: 12606.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18859

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ATP synthase F(0) complex subunit ... , 2種, 9分子 12345678K

#6: タンパク質
ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial / ATP synthase lipid-binding protein / ATP synthase membrane subunit c locus 1 / ATP synthase ...ATP synthase lipid-binding protein / ATP synthase membrane subunit c locus 1 / ATP synthase proteolipid P1 / ATP synthase proton-transporting mitochondrial F(0) complex subunit C1 / ATPase protein 9 / ATPase subunit c


分子量: 7610.954 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05496
#9: タンパク質 ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b / ATP synthase proton-transporting mitochondrial ...ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b / ATP synthase proton-transporting mitochondrial F(0) complex subunit B1 / ATP synthase subunit b / ATPase subunit b


分子量: 24658.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24539

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非ポリマー , 4種, 11分子

#18: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#19: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#21: 化合物 ChemComp-BQ1 / Bedaquiline / ベダキリン


分子量: 555.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H31BrN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human ATP synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84037 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00539305
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54153181
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.92623893
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0436194
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0036781

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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