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万見
- PDB-8ka3: Arabidopsis AP endonuclease ARP complex with 22bp THF-containing DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ka3
タイトルArabidopsis AP endonuclease ARP complex with 22bp THF-containing DNA
要素
  • DNA (43-MER)
  • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
キーワードHYDROLASE/DNA / AP / abasic site / endonuclease / Arabidopsis / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast nucleoid / exodeoxyribonuclease III / phosphodiesterase I activity / phosphatase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / endonuclease activity / DNA repair / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / SAP domain superfamily / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / SAP domain / SAP motif profile. ...AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / SAP domain superfamily / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE / NICKEL (II) ION / DNA / DNA (> 10) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Guo, W.T. / Wu, B.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of the AP endonuclease AtARP.
著者: Guo, W. / Wu, W. / Wen, Y. / Gao, Y. / Zhuang, S. / Meng, C. / Chen, H. / Zhao, Z. / Hu, K. / Wu, B.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
D: DNA (43-MER)
C: DNA (43-MER)
F: DNA (43-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7546
ポリマ－73,4984
非ポリマー2572
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.731, 52.295, 71.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic / Apurinic endonuclease-redox protein


分子量: 33704.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARP, REF, At2g41460, T26J13.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45951, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖 DNA (43-MER)


分子量: 13264.459 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-3DR / 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE / ABASIC DIDEOXYRIBOSE / 1,2-ジデオキシ-β-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: DNA linking / 分子量: 198.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% (w/v) PEG 1500, 0.1M PCB/Sodium hydroxide pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 8713 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 74.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 1.182 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1348 / CC1/2: 0.678 / Rpim(I) all: 0.494 / Rrim(I) all: 1.283

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→29.7 Å / SU ML: 0.3739 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.6193
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 439 5.05 %
Rwork0.2419 8248 -
obs0.2447 8687 94.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3144 0 1 3 3148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00283308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53294681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0377519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.1745743
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.420.33691640.33912812X-RAY DIFFRACTION99.77
3.45-4.320.32081570.26682485X-RAY DIFFRACTION88.48
4.32-29.70.27071180.20282951X-RAY DIFFRACTION99.45
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -34.5353661276 Å / Origin y: 12.7758116059 Å / Origin z: 20.7378100033 Å
111213212223313233
T0.863174230962 Å2-0.0312447386229 Å2-0.189181104969 Å2-0.483058764754 Å20.000240283019942 Å2--0.54803303957 Å2
L2.53360269601 °20.250796286863 °2-0.642196734524 °2-1.696853607 °2-0.430792558894 °2--3.64374919329 °2
S0.0809591709109 Å °-0.40112995569 Å °-0.217370599315 Å °0.254232675613 Å °-0.137882391286 Å °0.262700790607 Å °0.0335807192509 Å °-0.144706020147 Å °0.0488841217402 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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