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万見
- PDB-8ka4: Arabidopsis AP endonuclease ARP complex with 21bp THF-containing DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ka4
タイトルArabidopsis AP endonuclease ARP complex with 21bp THF-containing DNA
要素DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
キーワードHYDROLASE / AP / abasic site / endonuclease / Arabidopsis
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast nucleoid / exodeoxyribonuclease III / phosphodiesterase I activity / phosphatase activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / endonuclease activity / DNA repair / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / SAP domain ...AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Guo, W.T. / Wu, B.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of the AP endonuclease AtARP.
著者: Guo, W. / Wu, W. / Wen, Y. / Gao, Y. / Zhuang, S. / Meng, C. / Chen, H. / Zhao, Z. / Hu, K. / Wu, B.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id
改定 2.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
D: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,89110
ポリマ－134,8174
非ポリマー1,0746
水7,440413
1
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7041
ポリマ－33,7041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2414
ポリマ－33,7041
非ポリマー5373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1463
ポリマ－33,7041
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7992
ポリマ－33,7041
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.154, 102.215, 169.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 241 through 254 or (resid 255...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 241 through 250 or (resid 251...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 241 through 254 or (resid 255...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 241 through 250 or (resid 251...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERTHRTHRAA241 - 3642 - 125
d_12THRTHRPHEPHEAA371 - 380132 - 141
d_13SERSERLEULEUAA382 - 536143 - 297
d_21SERSERTHRTHRBB241 - 3642 - 125
d_22THRTHRPHEPHEBB371 - 380132 - 141
d_23SERSERLEULEUBB382 - 536143 - 297
d_31SERSERTHRTHRCC241 - 3642 - 125
d_32THRTHRPHEPHECC371 - 380132 - 141
d_33SERSERLEULEUCC382 - 536143 - 297
d_41SERSERPHEPHEDD241 - 3802 - 141
d_42SERSERLEULEUDD382 - 536143 - 297

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.169547563715, -0.670346220362, -0.722419247033), (0.522978400324, -0.560107588848, 0.642474187582), (-0.835312645919, -0.486739595431, 0.255611716881)-71.6580565053, 32.4137180442, -22.5226902676
2given(0.172312800159, -0.674116307989, -0.718244736984), (0.496076097592, -0.570549899365, 0.654508455051), (-0.851009285671, -0.469084230857, 0.2360999366)-71.3939296927, -13.9227702209, -33.0346346026
3given(-0.986608715419, 0.143048009287, -0.0783614043945), (0.157487494103, 0.960486043887, -0.229486924899), (0.0424373875361, -0.238754741392, -0.970152174456)1.73923189392, -12.9841119962, -101.941688245

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要素

#1: タンパク質
DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic / Apurinic endonuclease-redox protein


分子量: 33704.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GMP
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARP, REF, At2g41460, T26J13.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45951, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物 ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 49885 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 33.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7544 / CC1/2: 0.771 / Rpim(I) all: 0.327 / Rrim(I) all: 0.853 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.99 Å / SU ML: 0.277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6101
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 2455 4.93 %
Rwork0.1834 47374 -
obs0.1859 49829 93.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9205 0 20 413 9638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00749468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.989412871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05731400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01051644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.06431279
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.622192908269
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.719131415948
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.688055622081
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.26511430.22432725X-RAY DIFFRACTION97.78
2.34-2.390.29881630.22632688X-RAY DIFFRACTION98.01
2.39-2.440.30691390.22392742X-RAY DIFFRACTION97.89
2.44-2.50.2861350.22612722X-RAY DIFFRACTION97.78
2.5-2.560.30451560.23232702X-RAY DIFFRACTION98.15
2.56-2.630.31691470.22212746X-RAY DIFFRACTION98.3
2.63-2.710.263730.23871409X-RAY DIFFRACTION50.86
2.71-2.80.28751340.21112754X-RAY DIFFRACTION98.7
2.8-2.90.25561370.20582746X-RAY DIFFRACTION97.96
2.9-3.010.25511460.21092746X-RAY DIFFRACTION98.3
3.01-3.150.25661460.20272784X-RAY DIFFRACTION99.15
3.15-3.320.23711410.19022773X-RAY DIFFRACTION98.55
3.32-3.520.24281040.17722278X-RAY DIFFRACTION80.26
3.52-3.80.25051250.17492388X-RAY DIFFRACTION84.5
3.8-4.180.20941320.15492473X-RAY DIFFRACTION87.92
4.18-4.780.18461710.14042799X-RAY DIFFRACTION98.93
4.78-6.010.18591320.15322886X-RAY DIFFRACTION99.02
6.01-29.990.19221310.17463013X-RAY DIFFRACTION98.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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