PDB-8jwu: PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jwu

タイトル

PHD Finger Protein 7 (PHF7) fused to UBE2D2 via a (GSGG)3 linker

要素

PHD finger protein 7,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

キーワード

LIGASE / Ubiquitin / RING ligase / PHD / linker

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of osteoclast proliferation / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.58 Å

データ登録者

Lee, H.S. / Bang, I. / Choi, H.-J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for PHF7-mediated ubiquitination of histone H3.
著者: Lee, H.S. / Bang, I. / You, J. / Jeong, T.K. / Kim, C.R. / Hwang, M. / Kim, J.S. / Baek, S.H. / Song, J.J. / Choi, H.J.

履歴

登録	2023年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jwu.cif.gz	554.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jwu.ent.gz	409 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8jwu_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jwu_full_validation.pdf.gz	476.9 KB	表示
XML形式データ	8jwu_validation.xml.gz	44.5 KB	表示
CIF形式データ	8jwu_validation.cif.gz	60.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/8jwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/8jwu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8jwjC 8jwsSC 1weqS 6hprS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (14) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (13) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHD finger protein 7,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

B: PHD finger protein 7,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

C: PHD finger protein 7,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

ヘテロ分子

156 kDa, 3 ポリマー
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1

A: PHD finger protein 7,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
52 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PHD finger protein 7,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PHD finger protein 7,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	210.540, 102.050, 78.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.922, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-508- ZN

#1: タンパク質	PHD finger protein 7,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / Testis development protein NYD-SP6 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ...Testis development protein NYD-SP6 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / p53-regulated ubiquitin-conjugating enzyme 1 分子量: 51435.457 Da / 分子数: 3 / 変異: S346R,C409K / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fusion chimera construct composed of Rho1D4-tag, mouse PHF7 (28-307),(GSGG)3 linker, human UBE2D2(1-147) 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: Phf7, UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9DAG9, UniProt: P62837, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG8000, DMSO, MOPS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.58→29.89 Å / Num. obs: 19600 / % possible obs: 99.32 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 115.31 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 11.16
反射シェル	解像度: 3.58→3.708 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 1918 / CC_1/2: 0.819 / CC star: 0.949 / % possible all: 99.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WEQ,8JWS,6HPR,Alphafold

1weq

8jws

6hpr

解像度: 3.58→29.89 Å / SU ML: 0.4757 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.7329
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2645	1951	9.98 %
R_work	0.216	17590	-
obs	0.2209	19541	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 149.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.58→29.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9326	0	23	0	9349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	9573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9476	13036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0558	1406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1732
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.1389	3407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.58-3.67	0.3408	140	0.3301	1258	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.67-3.77	0.3408	136	0.2931	1237	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.77-3.88	0.3792	136	0.2787	1232	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.88-4	0.3173	139	0.2675	1258	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4-4.15	0.3027	139	0.2483	1254	X-RAY DIFFRACTION	99
4.15-4.31	0.2858	138	0.2292	1241	X-RAY DIFFRACTION	99.21
4.31-4.51	0.2596	137	0.2238	1230	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.51-4.74	0.2548	141	0.198	1266	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.75-5.04	0.2546	140	0.2016	1255	X-RAY DIFFRACTION	99.71
5.04-5.43	0.2634	138	0.2033	1265	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.43-5.97	0.2971	141	0.2155	1265	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.97-6.83	0.2777	142	0.2231	1270	X-RAY DIFFRACTION	99.86
6.83-8.57	0.2392	140	0.1984	1278	X-RAY DIFFRACTION	99.65
8.57-29.89	0.2019	144	0.1752	1281	X-RAY DIFFRACTION	98.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.45915758378	-2.60876008933	0.329311570425	6.53518271481	-0.278665185274	2.17530426078	0.709789319319	0.272396366323	0.93245845014	-0.266203635257	-0.384513282735	-0.57482292111	-0.730380712131	0.0841616072549	-0.334128356431	1.34324520408	-0.172635889771	0.191976385438	1.02444578735	0.106187318223	1.05752666233	-47.404	44.685	44.461
2	3.62730186806	-0.427486591271	0.875383442537	3.15466874372	-0.0416040882469	3.40591717901	-0.606108416175	0.283783200456	-0.309878700884	0.495616345461	0.590174463883	0.154251730954	-0.510930794096	-0.274619517141	0.0715451117469	1.18763139593	-0.160702904543	0.01224127498	0.809741376412	0.0390106844996	0.839016055594	-56.383	26.215	52.738
3	1.38526961145	-2.2232536124	1.33940014086	3.55119322323	-2.59849788793	2.72700567795	-0.200491414892	-0.768115768131	0.347380854573	0.112532829516	0.377513390942	-1.00621995238	-0.0284867562306	0.361287413237	-0.248432940484	1.25223108082	-0.331456738732	-0.282224654277	1.61374365321	0.0673474843698	1.02781878185	-36.548	20.424	70.586
4	0.476651386934	-0.222123695427	0.57738919718	1.37137727098	0.67544081883	2.29134509164	-0.463392134246	-1.52756190266	0.130394477229	1.48877428364	1.0020690949	-0.951999230128	-0.478511612038	0.0516860424929	-0.648475177767	1.82988625251	0.431374980197	-0.27413439773	2.4793398217	0.157090509823	1.58522915706	-22.391	4.933	84.966
5	3.27669744742	-0.556499492015	-2.51762189902	2.20240420057	-1.46161292258	6.11741619701	-0.522237499313	-0.0347561881255	-0.217876723741	0.598895815705	0.146828751726	-0.253758714433	0.797784215841	-0.0236763111153	0.355082998816	1.21910083158	-0.0198436930151	-0.0773405840549	0.705691552961	-0.119246907353	0.82230054715	-49.956	11.546	75.441
6	4.24794205919	2.0221589884	0.820422047776	1.92981775448	1.39900963122	2.14990054823	0.358990693963	-0.811700965218	-0.370688648065	1.4836527192	-0.131237649361	-1.22201459532	0.655430145605	0.929678285591	-0.340189719695	1.77099071645	0.266922576176	-0.649233307797	1.73715485361	0.0843425002188	1.53008402402	-20.045	13.171	54.368
7	3.69490239967	2.28386301401	0.330018054366	5.73695254949	-0.060125973101	3.97976828244	0.745734592827	0.328717938453	-0.222474787823	0.142726729515	-0.733039494668	0.216049115254	0.969073785697	0.464957683403	-0.0552853523456	1.6036669141	0.269062309802	-0.112589112193	1.22779085369	0.00346531943551	0.95944275472	-38.717	6.861	43.828
8	4.00481912449	-1.61101587703	-1.00109861376	2.48892481849	0.138675277445	6.19321741843	-0.199735390258	0.406097279164	-0.0926028176156	0.1016410653	0.106065108529	0.131097636311	1.05594321826	-0.239000755325	0.0976510258521	0.92970471704	-0.158738506235	-0.070537844096	0.747277320515	0.00346840225547	0.843034224057	-50.109	18.31	20.828
9	3.97645947885	1.75979555319	-0.865793210254	1.89078111811	-0.313480995683	2.32486775167	-0.422027439271	-0.536824021026	-0.700645985466	0.323040771141	0.207736173248	0.683565640392	0.657673500721	-0.708500130541	0.258058405112	1.3792968276	-0.301856447889	0.244780718168	1.56155033342	-0.00292807847391	1.59490436212	-29.313	59.051	79.969
10	3.12979241644	-0.419581626339	-0.860914814658	4.12467815607	0.728618216502	5.26671339607	-0.00126292197209	0.221014759724	0.137040583241	0.314867792786	-0.0613230179088	-0.0485965917379	-0.42003253339	-1.58542701418	0.0752311367406	0.663582924197	0.0345494409303	-0.0295878061657	1.25637070243	0.03014057553	1.13372584685	-20.304	77.951	71.586
11	4.02939542879	-1.14342853088	0.260543275662	2.51657093941	0.208493264068	7.37562448398	-0.407511828219	0.417185684034	0.117999717492	-0.458824202511	0.459096926601	-0.194298545509	-0.712688398867	0.180780793235	-0.0237041760778	0.901102219475	-0.219231564927	-0.0170837272447	0.988799819874	-0.0751609587077	0.974920359412	-0.333	80.629	51.795
12	4.68214579103	-0.696690309767	2.9454540994	3.93583705393	-2.04723531549	6.89860261045	0.039677113288	0.161782487481	0.339989956023	0.433670153897	-1.10059658074	-1.81080709859	0.965949352575	1.17665756923	0.916945657423	1.2581886525	0.0141241887548	-0.170833503571	1.12470036633	0.122904266429	1.00064231736	-40.011	29.897	27.855
13	5.99956777087	-1.69407176869	0.377468777187	4.10807732967	-2.43401639004	5.292136094	0.401857246057	0.170871113824	1.53991535783	-0.53070080419	-0.363557423201	0.145829015846	0.459080704539	1.00077177164	-0.0477790912386	1.47046977221	0.149291932321	0.0149501042024	0.950266836107	0.0410771560601	1.23189456061	-51.467	46.774	12.663
14	0.0731849371855	-0.434770267002	0.198258589824	2.07801943682	0.33454773299	4.82119718847	-0.33113352295	1.58078101526	-0.895396587163	0.794996060696	-0.198968622036	-0.359481759034	-0.928696491914	-1.46226554571	0.288501406906	1.06157223226	0.070927744462	0.480267504724	1.17127134158	0.0768010257749	1.4984721868	1.056	64.845	58.292
15	2.83995926827	-0.34441746106	0.823896967598	3.79361604923	-0.784512886146	2.28783884879	0.658059782535	1.05484870415	-0.318940820735	0.353484969319	-0.444210367252	0.456969367042	0.013730530903	0.224393368144	-0.359457696364	1.2479076651	0.403579717833	0.259833608193	2.22647350449	0.0048124906447	1.4756519254	23.245	61.641	49.071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 18:136 )	A	18 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 146:216 )	A	146 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 217:233 )	A	217 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 234:288 )	A	234 - 288
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 999:1147 )	A	999 - 1147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 18:136 )	B	18 - 136
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 146:216 )	B	146 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 1000:1147 )	B	1000 - 1147
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 18:136 )	C	18 - 136
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 146:216 )	C	146 - 216
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 311:458 )	C	311 - 458
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 217:233 )	B	217 - 233
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 234:288 )	B	234 - 288
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 217:233 )	C	217 - 233
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 234:288 )	C	234 - 288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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