PDB-8jwn: Crystal structure of AKRtyl-NADPH complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jwn

タイトル

Crystal structure of AKRtyl-NADPH complex

要素

Aldo/keto reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / complex

機能・相同性

NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / cytosol / Chem-NDP / Aldo/keto reductase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces xinghaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Lin, S. / Dai, S. / Xiao, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A three-level regulatory mechanism of the aldo-keto reductase subfamily AKR12D.
著者: Xiao, Z. / Zha, J. / Yang, X. / Huang, T. / Huang, S. / Liu, Q. / Wang, X. / Zhong, J. / Zheng, J. / Liang, R. / Deng, Z. / Zhang, J. / Lin, S. / Dai, S.

履歴

登録	2023年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jwn.cif.gz	549.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jwn.ent.gz	450.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jwn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jwn_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jwn_full_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示
XML形式データ	8jwn_validation.xml.gz	112.5 KB	表示
CIF形式データ	8jwn_validation.cif.gz	149.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/8jwn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/8jwn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jwkC 8jwlC 8jwmC 8jwoC 8xr2C 8xr3C 8xr4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aldo/keto reductase

B: Aldo/keto reductase

C: Aldo/keto reductase

D: Aldo/keto reductase

E: Aldo/keto reductase

F: Aldo/keto reductase

G: Aldo/keto reductase

H: Aldo/keto reductase

ヘテロ分子

320 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.127, 198.732, 200.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Aldo/keto reductase 分子量: 38465.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces xinghaiensis (バクテリア) 遺伝子: DC095_024450, SFRA_012675 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3R7J519
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1093 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M Sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月2日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 156015 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 38.13 Å² / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 17.14
反射シェル	解像度: 2.25→2.3 Å / R_merge(I) obs: 0.985 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 7714 / CC_1/2: 0.864

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	4.1	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHENIX	1.17.1-3660	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→31.71 Å / SU ML: 0.2492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.6696
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2128	7745	4.98 %	RANDOM
R_work	0.168	147818	-	-
obs	0.1702	155563	99.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→31.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21176	0	0	1093	22269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	21682
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1445	29576
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	3161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	3811
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	31.3827	7788

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.2943	199	0.2249	4023	X-RAY DIFFRACTION	82.22
2.28-2.31	0.2812	243	0.2203	5001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.2695	279	0.2083	4859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.36	0.2758	275	0.2103	4874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.2944	259	0.2087	4928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.43	0.2729	290	0.2035	4875	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.43-2.46	0.2547	235	0.1968	4923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.2732	236	0.1968	4981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.54	0.2494	278	0.1972	4895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.58	0.2733	246	0.1927	4940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.63	0.255	244	0.1915	4890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.67	0.2366	269	0.1812	4957	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.67-2.72	0.2586	230	0.1972	4956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.78	0.2376	242	0.1902	4955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.84	0.2675	277	0.1948	4881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.91	0.2556	301	0.1878	4910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.98	0.2491	254	0.1845	4968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.06	0.2247	281	0.1855	4927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.15	0.2397	253	0.1882	4948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.25	0.2404	269	0.1926	4948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.37	0.2441	249	0.1892	4977	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.37-3.5	0.2355	249	0.18	4993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.66	0.2036	309	0.1645	4916	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.66-3.85	0.187	250	0.1537	4983	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.85-4.09	0.1746	236	0.1385	5036	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.09-4.41	0.1547	249	0.1323	5027	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.41-4.85	0.1714	267	0.1279	4987	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.85-5.55	0.1595	247	0.1348	5088	X-RAY DIFFRACTION	99.46
5.55-6.98	0.2018	252	0.1586	5057	X-RAY DIFFRACTION	99.07
6.98-31.71	0.1735	277	0.1559	5115	X-RAY DIFFRACTION	96.53

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)