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- PDB-8jwj: PHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jwj
タイトルPHD Finger Protein 7 (PHF7) in complex with UBE2D2
要素
  • PHD finger protein 7
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
キーワードLIGASE / Ubiquitin / RING ligase / PHD / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of osteoclast proliferation / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy ...negative regulation of osteoclast proliferation / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Peroxisomal protein import / Regulation of TNFR1 signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein modification process / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / protein ubiquitination / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PHF7/G2E3, PHD domain / PHF7/G2E3, ePHD domain / : / PHD-like zinc-binding domain / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Extended PHD (ePHD) domain ...PHF7/G2E3, PHD domain / PHF7/G2E3, ePHD domain / : / PHD-like zinc-binding domain / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / E3 ubiquitin-protein ligase PHF7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Lee, H.S. / Bang, I. / Choi, H.-J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for PHF7-mediated ubiquitination of histone H3.
著者: Lee, H.S. / Bang, I. / You, J. / Jeong, T.K. / Kim, C.R. / Hwang, M. / Kim, J.S. / Baek, S.H. / Song, J.J. / Choi, H.J.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 7
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
C: PHD finger protein 7
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,69326
ポリマ－101,9804
非ポリマー1,71322
水00
1
A: PHD finger protein 7
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,54410
ポリマ－50,9902
非ポリマー5548
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21410 Å2
手法PISA
2
C: PHD finger protein 7
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,14916
ポリマ－50,9902
非ポリマー1,15914
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.304, 106.825, 145.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 PHD finger protein 7 / Testis development protein NYD-SP6


分子量: 33741.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Phf7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9DAG9
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / p53-regulated ubiquitin-conjugating enzyme 1


分子量: 17248.855 Da / 分子数: 2 / Mutation: S22R, C85K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: UniProt: P62837, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme

-
非ポリマー , 4種, 22分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: MPD, Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97403 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97403 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→47.35 Å / Num. obs: 32768 / % possible obs: 96.52 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 91.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06656 / Rpim(I) all: 0.03397 / Rrim(I) all: 0.07505 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.961→3.067 Å / 冗長度: 4.6 % / Num. unique obs: 3144 / CC1/2: 0.716 / CC star: 0.914 / % possible all: 94.39

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WEQ,6HPR,AlphaFold

1weq

6hpr


解像度: 2.96→47.35 Å / SU ML: 0.4556 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.1131
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 1993 6.08 %
Rwork0.1941 30765 -
obs0.1959 32758 96.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→47.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6631 0 64 0 6695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00696846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94989262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0559964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00811220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.39722573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.96-3.040.39961540.40772049X-RAY DIFFRACTION92.95
3.04-3.120.38391220.33452225X-RAY DIFFRACTION97.51
3.12-3.210.28621460.26952173X-RAY DIFFRACTION97.52
3.21-3.310.28881380.23912191X-RAY DIFFRACTION97.61
3.31-3.430.26891410.2222202X-RAY DIFFRACTION97.67
3.43-3.570.2781450.2352193X-RAY DIFFRACTION97.82
3.57-3.730.31450.23692194X-RAY DIFFRACTION97.78
3.73-3.930.21031460.18092213X-RAY DIFFRACTION97
3.93-4.170.19961410.16522196X-RAY DIFFRACTION97.78
4.17-4.490.18951440.15412210X-RAY DIFFRACTION96.75
4.49-4.950.17791430.14662207X-RAY DIFFRACTION96.39
4.95-5.660.17981460.16122193X-RAY DIFFRACTION95.63
5.66-7.130.22671370.19952222X-RAY DIFFRACTION95.16
7.13-47.350.19841450.18932297X-RAY DIFFRACTION94.1
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.54906273535-0.414266682772-4.407660938072.227048249510.3605199712836.64378492052-0.5434567687410.120304224173-1.111227456240.2604432838760.04719295007310.824348487760.0477351467564-0.3939622270380.4189419975460.6798269279480.2250217906310.07666226898220.748301471739-0.169551753471.0061441167858.2698654747-13.537325582527.8101960214
23.75277645284-0.839799550435-0.519951069714.677475336731.94664845273.95686362043-0.958800453263-1.01951023399-1.047485309290.627679071482-0.02061633499380.6305658684410.709354741327-0.1281681008450.7654771801980.8195525736490.4912004964780.3739392360911.20216188452-0.1121614201711.1714529550541.2973515813-9.3289155807241.7961969316
32.534084651223.20341115963.121131822319.163408100361.314336878538.201437309080.19230494070.3981730133111.37399285613-0.186237207361-1.715355010450.898739638334-0.5735702814311.730246487551.314970396020.8942467049070.01532146362480.2269718612591.31332806722-0.08577249686921.4134790232952.221032602413.748863554352.0722557702
41.293140785070.170853227038-2.398186147784.41507299187-1.947277929765.046071645730.152334219378-0.3536824695771.28161847938-0.163841349605-0.379282869858-0.478023676638-1.254469863211.359183273460.2590991096431.08541156259-0.291438726234-0.5745326546651.352218757720.1438859937641.7559763320459.142784170130.4132025667.3691368146
54.4555632468-1.417360582611.9155104758.25606767412.28204929588.470060912960.0490614423123-0.0604581877228-0.05497195883490.220510454647-0.394510017471-0.01519743798660.09331003546110.1903460229020.3031670860390.3799751706380.09358647820170.009159499164890.5202539758420.1185336520680.5626085052536.188325612314.630111320455.9326433866
64.144669252381.31494520938-0.2695613829893.16802922429-1.417862568293.93491235871-0.317458346742-0.4180006073960.5252973879461.14784359674-0.121556596825-1.00107820949-0.7987088402190.3849207018340.3780899225990.713030016630.110558079719-0.3245596654220.584099910271-0.08504843178570.8722086658712.45081216366.482791509357.24685577
75.155120317911.57132582658-4.406296052458.2064421663-0.7327916280445.29105662058-0.3234702092930.1131798125610.3883927147130.4285684447410.2153308507340.09702943447840.394681032868-0.06298782159660.07737087061640.5674212031180.133696870593-0.08385322750740.490330016960.01023498762640.4313994984235.78165958246.173762850957.1656841886
84.93044987525-5.18661705026-4.503675541675.675391049284.883636154574.22112178860.1143897696041.359527140180.66964054626-1.570348652990.365386915667-1.12377168227-0.8113760340760.0454892644567-0.1375431371490.950404577593-0.1845901083750.1446940836940.849327233258-0.03627462701340.70376596101916.153361590837.905933798431.6859902884
92.851277327890.644741928163-1.730424738812.78743307726-2.6391307062.963823289430.1391213169320.9652145966950.417591818687-1.43435411860.119709036414-0.994813179843-0.4545447273231.16065231533-0.1857017413621.45808816801-0.4375693829390.5472264678291.35036072317-0.3042679596290.80519947846721.252414311922.91637227612.4219745417
103.930470314182.051964818773.606895929064.945955805293.94853861637.42852263455-0.1540753802930.196105313759-0.349837013530.0697536579210.293470672646-0.01415182875550.4677239999930.258476964739-0.1385398287940.4157668023330.01680742610530.05705004707470.4129188183220.08944422205660.52397313876813.972234823424.229752104240.7880759539
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 30 through 158)AA30 - 1581 - 122
22chain 'A' and (resid 159 through 229)AA159 - 229123 - 193
33chain 'A' and (resid 230 through 246)AA230 - 246194 - 210
44chain 'A' and (resid 247 through 301)AA247 - 301211 - 265
55chain 'B' and (resid -3 through 147)BI-3 - 1471 - 151
66chain 'C' and (resid 30 through 158)CJ30 - 1581 - 129
77chain 'C' and (resid 159 through 229)CJ159 - 229130 - 200
88chain 'C' and (resid 230 through 246)CJ230 - 246201 - 217
99chain 'C' and (resid 247 through 301)CJ247 - 301218 - 272
1010chain 'D' and (resid -2 through 147)DR-2 - 1472 - 151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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