[日本語] English
万見
- PDB-8jua: Multifunctional cytochrome P450 enzyme IkaD from Streptomyces sp.... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jua
タイトルMultifunctional cytochrome P450 enzyme IkaD from Streptomyces sp. ZJ306, in complex with epoxyikarugamycin
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / C-H functionalization / regioselectivity / chemoselectivity / polycyclic tetramate macrolactam (PoTeM) / cytochrome P450 enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F7Z / FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. ZJ306 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.00001111553 Å
データ登録者Zhang, Y.L. / Zhang, L.P. / Zhang, C.S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22193072 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177118 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: A Mechanistic Understanding of the Distinct Regio- and Chemoselectivity of Multifunctional P450s by Structural Comparison of IkaD and CftA Complexed with Common Substrates.
著者: Jiang, P. / Jin, H. / Zhang, G. / Zhang, W. / Liu, W. / Zhu, Y. / Zhang, C. / Zhang, L.
履歴
登録2023年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,70714
ポリマ－96,1172
非ポリマー2,59012
水13,457747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area30750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.6201, 81.9395, 144.165
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 94.3858, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-889-

HOH

21A-944-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 48058.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. ZJ306 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4ZV78
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-F7Z / (1Z,3E,5S,7R,8R,10R,11R,12S,13R,15S,16R,17S,19Z,26S)-11-ethyl-2-hydroxy-10-methyl-22,27-diaza-14 oxahexacyclo[24.2.1.05,17.07,16.013,15.08,12]nonacosa-1(2),3,19-triene-21,28,29-trione / epoxyikarugamycin


分子量: 494.622 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H38N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.5-4M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23.310357633 Å / Num. obs: 72440 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 19.6584059616 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.638 / Num. measured all: 13298 / Num. unique obs: 4397 / CC1/2: 0.544 / Rpim(I) all: 0.432 / Rrim(I) all: 0.775 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
AimlessCCP4Interface 7.1.015データスケーリング
CrysalisProCrysalisPro171.39.7eデータ削減
MOLREPCCP4Interface 7.1.015位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.00001111553→23.310357633 Å / SU ML: 0.266269390977 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33702057403 / 位相誤差: 26.2912515827
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255652344084 3659 5.05177412674 %
Rwork0.203840751972 68771 -
obs0.206499818957 72430 99.7054126975 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.6442843374 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00001111553→23.310357633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6093 0 182 747 7022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01400286089766450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47340668638804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.292470168004961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008282463469571158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.84107224062410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.00001111553-2.02630.3049951401521460.2659194873672612X-RAY DIFFRACTION99.3158084264
2.0263-2.05410.3088075839241490.259351540412622X-RAY DIFFRACTION99.6762589928
2.0541-2.08340.324930338531490.2550575072452600X-RAY DIFFRACTION99.8547039593
2.0834-2.11450.3393049728991420.2478790613412653X-RAY DIFFRACTION99.8927805575
2.1145-2.14750.3105774205111290.2548310700452641X-RAY DIFFRACTION99.8918139199
2.1475-2.18270.3014547307951380.2424687336452630X-RAY DIFFRACTION99.8556998557
2.1827-2.22030.3140478825281460.2371509936722626X-RAY DIFFRACTION100
2.2203-2.26060.2780653687921200.2227237083112670X-RAY DIFFRACTION100
2.2606-2.30410.2819221549831530.2256590004182650X-RAY DIFFRACTION100
2.3041-2.3510.3040746968651260.2212093114312653X-RAY DIFFRACTION100
2.351-2.40210.2772551607531230.209717184182648X-RAY DIFFRACTION99.9639249639
2.4021-2.45790.2850989150721390.1992026317912630X-RAY DIFFRACTION99.963898917
2.4579-2.51930.2287788619391440.1994931249252640X-RAY DIFFRACTION99.928212491
2.5193-2.58740.2675934811291420.1985336076122649X-RAY DIFFRACTION99.9283924096
2.5874-2.66340.2628003588771510.2030171097622630X-RAY DIFFRACTION99.928135106
2.6634-2.74920.2837883114381410.2056526532192659X-RAY DIFFRACTION99.9642984648
2.7492-2.84730.2832968992431270.2274760151522649X-RAY DIFFRACTION99.9280057595
2.8473-2.96110.2948163950821410.2334582055182693X-RAY DIFFRACTION99.859055673
2.9611-3.09560.2807605577841550.2296454923192614X-RAY DIFFRACTION99.8917748918
3.0956-3.25840.2709746332191510.2069123368472637X-RAY DIFFRACTION99.5003568879
3.2584-3.46190.2469395774021370.1939889877992635X-RAY DIFFRACTION99.7122302158
3.4619-3.72820.1908889826081410.1802754580992658X-RAY DIFFRACTION99.644001424
3.7282-4.10160.239959942651290.172318787032664X-RAY DIFFRACTION99.2184724689
4.1016-4.69090.2166371037371450.1621118295182621X-RAY DIFFRACTION98.5042735043
4.6909-5.89420.2057555125251370.1696662571292678X-RAY DIFFRACTION99.0499648135
5.8942-23.3103576330.1847527630231580.1789565824342709X-RAY DIFFRACTION99.0328151986
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.81231770447 Å / Origin y: 0.375290560333 Å / Origin z: 25.3174487241 Å
111213212223313233
T-0.147272190118 Å20.129662770995 Å2-0.0138499679173 Å2--0.157675758099 Å20.0138320782461 Å2---0.0104175351856 Å2
L0.0275107612743 °2-0.00314927791305 °2-0.000529576860111 °2-0.0332860655389 °2-0.0115149624331 °2--0.0385869672329 °2
S-0.153963891059 Å °0.0456533862544 Å °-0.0257987939365 Å °0.0969743509789 Å °0.0182330311699 Å °-0.00107561510074 Å °0.000485535888523 Å °-0.0271653993526 Å °-4.91156709957E-12 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る