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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jr0 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase in complex with TBAJ-587 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ATP synthase (ATP合成酵素) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthetic electron transport in photosystem I / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / peptidoglycan-based cell wall ...photosynthetic electron transport in photosystem I / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / peptidoglycan-based cell wall / ADP binding / hydrolase activity / lipid binding / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Lai, Y. / Liu, F. / Rao, Z. / Gong, H. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis ATP synthase 著者: Zhang, Y. / Lai, Y. / Liu, F. / Rao, Z. / Gong, H. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jr0.cif.gz | 810.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jr0.ent.gz | 672.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jr0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jr0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 36589MC 8j0sC 8j0tC 8j57C 8j58C 8jr1C 8khfC 8ki3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP synthase ... , 7種, 19分子 ABCDEFGH123456789ab
#1: タンパク質 | 分子量: 59358.070 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: atpA, Rv1308, MTCY373.28 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: P9WPU7, ATP合成酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 53150.934 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: atpD, Rv1310, MTCY373.30 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: P9WPU5, ATP合成酵素 #3: タンパク質 | | 分子量: 33929.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: atpG, Rv1309, MTCY373.29 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: P9WPU9 #4: タンパク質 | | 分子量: 13149.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: atpC, Rv1311, MTCY373.31 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: P9WPV1 #5: タンパク質 | 分子量: 8058.423 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: atpE / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A045H4W8 #6: タンパク質 | | 分子量: 27488.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: atpB, ERS007657_00358, ERS007661_00092, ERS007663_00105, ERS007665_00910, ERS007670_00031, ERS007679_03316, ERS007681_03471, ERS007688_02939, ERS007703_00159, ERS007720_03212, ERS007722_ ...遺伝子: atpB, ERS007657_00358, ERS007661_00092, ERS007663_00105, ERS007665_00910, ERS007670_00031, ERS007679_03316, ERS007681_03471, ERS007688_02939, ERS007703_00159, ERS007720_03212, ERS007722_00190, ERS007739_02359, ERS007741_03568, ERS024276_02583, ERS027646_02991, ERS027659_00329, ERS027661_00021, SAMEA2683035_01568 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A045J1C5 #7: タンパク質 | | 分子量: 18345.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: atpF / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A045H294 |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 d
#8: タンパク質 | 分子量: 48866.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: atpH / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A045JVE3 |
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-非ポリマー , 4種, 17分子
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MG / #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-UTI / ( 分子量: 614.503 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H33BrFN3O5 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterium tuberculosis ATP synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81528 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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