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- PDB-8jot: Crystal structure of CSF-1R kinase domain with sulfatinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jot
タイトルCrystal structure of CSF-1R kinase domain with sulfatinib
要素Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / sulfatinib / FGFR1 / DFG-out / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis ...macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / positive regulation by host of viral process / ruffle organization / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of bone resorption / positive regulation of cell motility / Other interleukin signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / regulation of MAPK cascade / cytokine binding / growth factor binding / monocyte differentiation / hemopoiesis / macrophage differentiation / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / Transcriptional Regulation by VENTX / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of chemokine production / osteoclast differentiation / axon guidance / response to ischemia / regulation of actin cytoskeleton organization / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of cell shape / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of cell migration / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Lin, Q.M. / Chen, X.J. / Chen, Y.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82202920 中国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Structural basis and selectivity of sulfatinib binding to FGFR and CSF-1R.
著者: Lin, Q. / Dai, S. / Qu, L. / Lin, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y. / Chen, X.
履歴
登録2023年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5133
ポリマ－39,9411
非ポリマー5732
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area14030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.310, 64.310, 184.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1381-

HOH

21A-1410-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / CSF-1 receptor / CSF-1-R / CSF-1R / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms


分子量: 39940.656 Da / 分子数: 1 / 変異: C137T,C300S,C377T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1R, FMS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07333, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-UKI / N-(2-(dimethylamino)ethyl)-1-(3-((4-((2-methyl-1H-indol-5-yl)oxy)pyrimidin-2-yl)amino)phenyl)methanesulfonamide / Sulfatinib


分子量: 480.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 19% PEG8K, 0.2 M MgCl and 0.1 M Tris, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 277.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.69 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.69 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→37.51 Å / Num. obs: 44396 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.753 / Num. unique obs: 3092 / CC1/2: 0.463

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HW7

4hw7


解像度: 1.69→36.58 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 1998 4.51 %
Rwork0.179 --
obs0.1803 44287 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→36.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2370 0 40 312 2722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8653352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.357346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.730.37411340.32632833X-RAY DIFFRACTION96
1.73-1.780.32751390.28652947X-RAY DIFFRACTION99
1.78-1.830.31841410.24132976X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.890.25051420.21922984X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.960.23831400.19412970X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.040.20691410.17232989X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.130.22251420.16383002X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.240.18981410.1762993X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.380.23131430.1763031X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.570.26521430.18173033X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.820.19451430.18253046X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.230.22731460.17613069X-RAY DIFFRACTION100
3.23-4.070.18021470.15263105X-RAY DIFFRACTION100
4.07-36.580.15531560.16863311X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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