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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jfm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of enoyl-ACP reductase FabI in complex with NADH from Helicobacter pylori | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / enoyl-ACP reductase / FabI / NADH / Helicobacter pylori | ||||||
機能・相同性 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Song, W.Y. / Zhang, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023 タイトル: The Molecular Basis of Catalysis by SDR Family Members Ketoacyl-ACP Reductase FabG and Enoyl-ACP Reductase FabI in Type-II Fatty Acid Biosynthesis. 著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Wang, Y. / Song, W. / Huang, Y. / Mu, Y. / Schmitz, W. / Zhang, S.Y. / Lin, H. / Chen, H.Z. / Ye, F. / Zhang, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jfm.cif.gz | 436.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jfm.ent.gz | 359.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jfm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jfm_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jfm_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jfm_validation.xml.gz | 89.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jfm_validation.cif.gz | 123.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29746.154 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fabI, CGC32_06335, HPF51_0191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A086RSH0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 15% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9875 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 103721 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.948 / CC star: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 1.204 / Net I/σ(I): 3.5 / Num. measured all: 475914 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8JFJ 解像度: 2.21→46.47 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→46.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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