PDB-8jfm: Crystal structure of enoyl-ACP reductase FabI in complex with NAD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jfm

タイトル

Crystal structure of enoyl-ACP reductase FabI in complex with NADH from Helicobacter pylori

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / enoyl-ACP reductase / FabI / NADH / Helicobacter pylori

機能・相同性

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / fatty acid biosynthetic process / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Song, W.Y. / Zhang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis of Catalysis by SDR Family Members Ketoacyl-ACP Reductase FabG and Enoyl-ACP Reductase FabI in Type-II Fatty Acid Biosynthesis.
著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Wang, Y. / Song, W. / Huang, Y. / Mu, Y. / Schmitz, W. / Zhang, S.Y. / Lin, H. / Chen, H.Z. / Ye, F. / Zhang, L.

履歴

登録	2023年5月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jfm.cif.gz	436.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jfm.ent.gz	359.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jfm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jfm_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jfm_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8jfm_validation.xml.gz	89.1 KB	表示
CIF形式データ	8jfm_validation.cif.gz	123.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jf9C 8jfaC 8jfgC 8jfhC 8jfiC 8jfjSC 8jfnC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

243 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.808, 110.545, 142.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 分子量: 29746.154 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fabI, CGC32_06335, HPF51_0191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A086RSH0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 15% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9875 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 103721 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.948 / CC star: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.168 / R_pim(I) all: 0.086 / R_rim(I) all: 0.189 / Χ²: 1.204 / Net I/σ(I): 3.5 / Num. measured all: 475914

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.28	4.1	0.42	10293	0.879	0.967	0.236	0.484	0.455	99
2.28-2.37	4.4	0.431	10284	0.882	0.968	0.23	0.491	0.469	98.9
2.37-2.48	4.6	0.412	10329	0.902	0.974	0.212	0.465	0.474	99.3
2.48-2.61	4.6	0.362	10315	0.91	0.976	0.185	0.408	0.496	99.3
2.61-2.77	4.4	0.295	10258	0.93	0.982	0.155	0.335	0.559	98.5
2.77-2.99	4.9	0.239	10390	0.958	0.989	0.119	0.268	0.655	99.5
2.99-3.29	4.9	0.175	10393	0.973	0.993	0.088	0.196	0.844	99.9
3.29-3.76	4.7	0.134	10454	0.974	0.993	0.069	0.151	1.315	99.8
3.76-4.74	4.6	0.106	10420	0.979	0.995	0.055	0.12	2.021	99.3
4.74-50	4.7	0.115	10585	0.966	0.991	0.058	0.13	4.437	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8JFJ

8jfj

解像度: 2.21→46.47 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2053	5203	5.03 %
R_work	0.1526	-	-
obs	0.1553	103454	93.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→46.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16766	0	0	1226	17992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17099
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.997	23183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.743	2335
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	2685
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2861

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.21-2.23	0.2785	60	0.1652	931	X-RAY DIFFRACTION	27
2.23-2.26	0.2216	75	0.1715	1834	X-RAY DIFFRACTION	53
2.26-2.29	0.2413	129	0.1684	2453	X-RAY DIFFRACTION	71
2.29-2.32	0.2589	162	0.1713	2975	X-RAY DIFFRACTION	85
2.32-2.35	0.2499	184	0.1628	3331	X-RAY DIFFRACTION	96
2.35-2.38	0.214	177	0.1613	3447	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.41	0.221	190	0.1536	3425	X-RAY DIFFRACTION	99
2.41-2.45	0.2141	183	0.1546	3483	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.49	0.2468	193	0.1592	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.53	0.2175	187	0.1589	3405	X-RAY DIFFRACTION	99
2.53-2.57	0.2176	182	0.1639	3509	X-RAY DIFFRACTION	99
2.57-2.62	0.2284	188	0.1577	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.67	0.2085	189	0.159	3455	X-RAY DIFFRACTION	99
2.67-2.72	0.2311	170	0.1595	3443	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.78	0.2192	190	0.1635	3478	X-RAY DIFFRACTION	99
2.78-2.85	0.2275	162	0.1631	3379	X-RAY DIFFRACTION	97
2.85-2.92	0.2221	210	0.1645	3471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3	0.236	176	0.1642	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.09	0.2344	173	0.1619	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.19	0.188	183	0.1534	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.3	0.2077	172	0.1534	3501	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.43	0.1926	203	0.1467	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.59	0.1906	183	0.1512	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.78	0.191	179	0.1496	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-4.01	0.1978	190	0.1351	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.32	0.1699	171	0.1295	3447	X-RAY DIFFRACTION	98
4.32-4.76	0.16	178	0.1305	3516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-5.45	0.1813	179	0.1423	3513	X-RAY DIFFRACTION	100
5.45-6.86	0.2308	194	0.1718	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
6.86-46.47	0.1905	191	0.1598	3389	X-RAY DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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