PDB-8jfa: Crystal structure of 3-oxoacyl-ACP reductase FabG in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jfa

タイトル

Crystal structure of 3-oxoacyl-ACP reductase FabG in complex with NADPH from Helicobacter pylori

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / 3-oxoacyl-ACP reductase / FabG / NADPH / Helicobacter pylori

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Zhou, J.S. / Zhang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis of Catalysis by SDR Family Members Ketoacyl-ACP Reductase FabG and Enoyl-ACP Reductase FabI in Type-II Fatty Acid Biosynthesis.
著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Wang, Y. / Song, W. / Huang, Y. / Mu, Y. / Schmitz, W. / Zhang, S.Y. / Lin, H. / Chen, H.Z. / Ye, F. / Zhang, L.

履歴

登録	2023年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jfa.cif.gz	275.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jfa.ent.gz	225 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jf9C 8jfgC 8jfhC 8jfiC 8jfjC 8jfmC 8jfnC 6uutS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (5) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

165 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.093, 79.435, 151.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase 分子量: 26681.455 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fabG, HPPN135_02765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G2M827, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.0, 10% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→145.38 Å / Num. obs: 51590 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 273613
反射シェル	解像度: 2.55→2.69 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.704 / Num. measured all: 40626 / Num. unique obs: 7489 / CC_1/2: 0.78 / R_pim(I) all: 0.331 / R_rim(I) all: 0.781 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6UUT

6uut

解像度: 2.55→46.41 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	2535	4.92 %
R_work	0.2346	-	-
obs	0.2365	51571	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10638	0	288	5	10931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	11088
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.363	14962
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.12	3972
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1704
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1870

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.6	0.3537	128	0.3351	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.66	0.3988	131	0.3357	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.71	0.3859	144	0.3387	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.78	0.4031	144	0.3383	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.85	0.4024	137	0.3319	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.92	0.3792	149	0.3108	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.01	0.3829	136	0.3132	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.11	0.3147	126	0.3115	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.22	0.371	149	0.2927	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.35	0.3519	117	0.2941	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.5	0.3379	132	0.2687	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.68	0.2987	135	0.2559	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.91	0.2486	158	0.2491	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.22	0.2566	122	0.2222	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.64	0.2336	166	0.194	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.31	0.2325	138	0.186	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
5.31-6.69	0.2497	166	0.2193	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
6.69-46.41	0.2069	157	0.1772	2779	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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