PDB-8jfj: Crystal structure of enoyl-ACP reductase FabI from Helicobacter pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jfj

タイトル

Crystal structure of enoyl-ACP reductase FabI from Helicobacter pylori

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / enoyl-ACP reductase / FabI / Helicobacter pylori

機能・相同性

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / fatty acid biosynthetic process / NAD(P)-binding domain superfamily / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Song, W.Y. / Zhang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis of Catalysis by SDR Family Members Ketoacyl-ACP Reductase FabG and Enoyl-ACP Reductase FabI in Type-II Fatty Acid Biosynthesis.
著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Wang, Y. / Song, W. / Huang, Y. / Mu, Y. / Schmitz, W. / Zhang, S.Y. / Lin, H. / Chen, H.Z. / Ye, F. / Zhang, L.

履歴

登録	2023年5月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jfj.cif.gz	328.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jfj.ent.gz	265.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jfj_validation.pdf.gz	474.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jfj_full_validation.pdf.gz	505.1 KB	表示
XML形式データ	8jfj_validation.xml.gz	67.9 KB	表示
CIF形式データ	8jfj_validation.cif.gz	95 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jf9C 8jfaC 8jfgC 8jfhC 8jfiC 8jfmC 8jfnC 5ycsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

180 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	265.762, 68.344, 88.163
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-439- HOH

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 分子量: 30003.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fabI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086RSH0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 15% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9875 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 136674 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.94 / CC star: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.187 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.202 / Χ²: 0.901 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 925686

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	6.3	0.494	13350	0.905	0.975	0.213	0.539	0.672	97.2
1.86-1.94	6.7	0.444	13463	0.927	0.981	0.183	0.481	0.688	97.5
1.94-2.03	7	0.345	13531	0.955	0.988	0.139	0.372	0.731	97.7
2.03-2.13	7	0.272	13558	0.96	0.99	0.11	0.294	0.761	98
2.13-2.27	6.8	0.235	13591	0.97	0.992	0.097	0.255	0.802	98.2
2.27-2.44	6.4	0.201	13660	0.971	0.993	0.085	0.218	0.849	98.5
2.44-2.69	7.2	0.182	13685	0.973	0.993	0.073	0.196	0.879	98.7
2.69-3.08	7	0.171	13794	0.972	0.993	0.069	0.184	0.972	99
3.08-3.88	6.5	0.158	13865	0.962	0.99	0.066	0.171	1.127	99.3
3.88-50	6.8	0.167	14177	0.964	0.991	0.068	0.18	1.485	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YCS

5ycs

解像度: 1.8→41.43 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	6731	4.97 %
R_work	0.1923	-	-
obs	0.1929	135337	97.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12220	0	0	969	13189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	12445
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.716	16818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.432	4502
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	1942
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.272	181	0.2504	3906	X-RAY DIFFRACTION	90
1.82-1.84	0.2545	217	0.2354	4079	X-RAY DIFFRACTION	93
1.84-1.86	0.2829	223	0.2317	4140	X-RAY DIFFRACTION	95
1.86-1.89	0.2728	216	0.2298	4180	X-RAY DIFFRACTION	95
1.89-1.91	0.2633	216	0.2343	4179	X-RAY DIFFRACTION	96
1.91-1.94	0.2692	220	0.2356	4206	X-RAY DIFFRACTION	97
1.94-1.97	0.26	229	0.2328	4290	X-RAY DIFFRACTION	97
1.97-2	0.2175	215	0.2192	4268	X-RAY DIFFRACTION	97
2-2.03	0.218	215	0.2088	4265	X-RAY DIFFRACTION	97
2.03-2.06	0.2382	202	0.2065	4330	X-RAY DIFFRACTION	98
2.06-2.1	0.2111	223	0.2098	4262	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1-2.13	0.2284	206	0.2041	4301	X-RAY DIFFRACTION	98
2.13-2.17	0.2177	231	0.2	4266	X-RAY DIFFRACTION	98
2.17-2.22	0.2179	233	0.2025	4298	X-RAY DIFFRACTION	98
2.22-2.27	0.2015	231	0.204	4279	X-RAY DIFFRACTION	98
2.27-2.32	0.1949	295	0.2036	4236	X-RAY DIFFRACTION	98
2.32-2.38	0.2275	233	0.1944	4305	X-RAY DIFFRACTION	98
2.38-2.44	0.1998	219	0.1969	4322	X-RAY DIFFRACTION	98
2.44-2.51	0.2082	232	0.1922	4305	X-RAY DIFFRACTION	98
2.51-2.59	0.206	246	0.1948	4339	X-RAY DIFFRACTION	98
2.59-2.69	0.2213	228	0.1973	4311	X-RAY DIFFRACTION	99
2.69-2.8	0.1993	213	0.1942	4376	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8-2.92	0.2201	247	0.1936	4332	X-RAY DIFFRACTION	99
2.92-3.08	0.2138	222	0.1947	4383	X-RAY DIFFRACTION	99
3.08-3.27	0.2046	212	0.188	4399	X-RAY DIFFRACTION	99
3.27-3.52	0.1875	236	0.1846	4331	X-RAY DIFFRACTION	99
3.52-3.88	0.1745	197	0.1728	4428	X-RAY DIFFRACTION	99
3.88-4.44	0.1531	215	0.1595	4427	X-RAY DIFFRACTION	99
4.44-5.59	0.1755	265	0.1651	4388	X-RAY DIFFRACTION	99
5.59-41.43	0.2162	213	0.1796	4475	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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