PDB-8jel: Crystal structure of TIGIT in complexed with Ociperlimab, crystal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jel

タイトル

Crystal structure of TIGIT in complexed with Ociperlimab, crystal form I

要素

T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
antibody heavy chain
antibody light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunotherapy / antibody / checkpoint inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor activity / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Sun, J. / Zhang, X.X. / Song, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the unique pH-responsive characteristics of the anti-TIGIT therapeutic antibody Ociperlimab.
著者: Sun, J. / Zhang, X. / Xue, L. / Cheng, L. / Zhang, J. / Chen, X. / Shen, Z. / Li, K. / Wang, L. / Huang, C. / Song, J.

履歴

登録	2023年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jel.cif.gz	832.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jel.ent.gz	692.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jel_validation.pdf.gz	527.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jel_full_validation.pdf.gz	568.7 KB	表示
XML形式データ	8jel_validation.xml.gz	85.3 KB	表示
CIF形式データ	8jel_validation.cif.gz	120.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jenC 8jeoC 8jepC 8jeqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: antibody heavy chain

D: antibody light chain

J: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

A: antibody heavy chain

B: antibody light chain

E: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

F: antibody heavy chain

G: antibody light chain

H: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

I: antibody heavy chain

K: antibody light chain

L: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

239 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: antibody heavy chain

D: antibody light chain

J: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, chain A, B, E chain I, K, L chain C, D, J chain F, G, H
59.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: antibody heavy chain

B: antibody light chain

E: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: antibody heavy chain

G: antibody light chain

H: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 3 ポリマー
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4

I: antibody heavy chain

K: antibody light chain

L: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.530, 138.310, 196.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-378- HOH

#1: 抗体	antibody heavy chain 分子量: 23784.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	antibody light chain 分子量: 23302.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 9 / V-set and transmembrane domain-containing protein 3 分子量: 12759.214 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIGIT, VSIG9, VSTM3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q495A1
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M citric acid pH 4.6, 1 M lithium chloride, 7% PEG6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→135.53 Å / Num. obs: 136106 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.208 / R_rim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 5.23

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.45-2.6	2.824	21993	0.561	2.979	1
2.6-2.78	1.447	20500	0.816	1.529	1
2.78-3	0.826	18907	0.924	0.872	1
3-3.29	0.417	17838	0.972	0.439	1
3.29-3.68	0.243	16012	0.985	0.257	1
3.68-4.24	0.181	13937	0.989	0.191	1
4.24-5.2	0.147	12145	0.991	0.155	1
5.2-7.35	0.122	9393	0.994	0.128	1
7.35-10	0.08	5381	0.997	0.085	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→48.4 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	6936	5.1 %
R_work	0.1917	-	-
obs	0.1946	135976	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16276	0	0	818	17094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16655
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	22678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.813	2291
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	2564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2896

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.48	0.4348	232	0.4573	4249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.51	0.4556	230	0.4189	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.54	0.4273	218	0.4182	4280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.57	0.4425	224	0.401	4267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.6	0.4255	228	0.3916	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.64	0.4161	229	0.3604	4229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.68	0.3848	221	0.3306	4272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.72	0.3104	245	0.2934	4268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.76	0.3356	252	0.2715	4219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.8	0.3532	218	0.272	4276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.85	0.3123	236	0.255	4280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.9	0.2862	236	0.2461	4257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.96	0.3104	202	0.2492	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.02	0.3099	230	0.2433	4287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.09	0.311	204	0.2326	4279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.16	0.269	206	0.2151	4315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.24	0.2968	254	0.2085	4264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.32	0.2874	216	0.2022	4302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.42	0.2473	230	0.1927	4280	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.53	0.2634	243	0.1938	4288	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.66	0.2541	263	0.1917	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.81	0.2509	243	0.1757	4288	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-3.98	0.2383	212	0.167	4322	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-4.19	0.2206	232	0.155	4319	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.45	0.2022	262	0.1366	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-4.79	0.1889	232	0.1267	4347	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-5.28	0.1803	223	0.1361	4357	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-6.04	0.2044	228	0.1534	4412	X-RAY DIFFRACTION	100
6.04-7.6	0.2492	233	0.1745	4424	X-RAY DIFFRACTION	100
7.61-48.4	0.19	254	0.1679	4588	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -34.2117 Å / Origin y: 14.6387 Å / Origin z: 42.5714 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4855 Å²	0.0064 Å²	-0.0232 Å²	-	0.5833 Å²	0.0147 Å²	-	-	0.4949 Å²
L	-0.0416 °²	0.0113 °²	-0.0661 °²	-	0.0609 °²	-0.0281 °²	-	-	0.0582 °²
S	-0.0265 Å °	0.0319 Å °	-0.0054 Å °	0.0024 Å °	0.0362 Å °	0.0149 Å °	0.0118 Å °	0.0087 Å °	-0.009 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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