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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jdm | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the Human cytoplasmic Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAU) (rotated state) | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / eukaryotic 80S initiation complex / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of protein neddylation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Ishiguro, K. / Yokoyama, T. / Shirouzu, M. / Suzuki, T. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Glycosylated queuosines in tRNAs optimize translational rate and post-embryonic growth. 著者: Xuewei Zhao / Ding Ma / Kensuke Ishiguro / Hironori Saito / Shinichiro Akichika / Ikuya Matsuzawa / Mari Mito / Toru Irie / Kota Ishibashi / Kimi Wakabayashi / Yuriko Sakaguchi / Takeshi ...著者: Xuewei Zhao / Ding Ma / Kensuke Ishiguro / Hironori Saito / Shinichiro Akichika / Ikuya Matsuzawa / Mari Mito / Toru Irie / Kota Ishibashi / Kimi Wakabayashi / Yuriko Sakaguchi / Takeshi Yokoyama / Yuichiro Mishima / Mikako Shirouzu / Shintaro Iwasaki / Takeo Suzuki / Tsutomu Suzuki / ![]() 要旨: Transfer RNA (tRNA) modifications are critical for protein synthesis. Queuosine (Q), a 7-deaza-guanosine derivative, is present in tRNA anticodons. In vertebrate tRNAs for Tyr and Asp, Q is further ...Transfer RNA (tRNA) modifications are critical for protein synthesis. Queuosine (Q), a 7-deaza-guanosine derivative, is present in tRNA anticodons. In vertebrate tRNAs for Tyr and Asp, Q is further glycosylated with galactose and mannose to generate galQ and manQ, respectively. However, biogenesis and physiological relevance of Q-glycosylation remain poorly understood. Here, we biochemically identified two RNA glycosylases, QTGAL and QTMAN, and successfully reconstituted Q-glycosylation of tRNAs using nucleotide diphosphate sugars. Ribosome profiling of knockout cells revealed that Q-glycosylation slowed down elongation at cognate codons, UAC and GAC (GAU), respectively. We also found that galactosylation of Q suppresses stop codon readthrough. Moreover, protein aggregates increased in cells lacking Q-glycosylation, indicating that Q-glycosylation contributes to proteostasis. Cryo-EM of human ribosome-tRNA complex revealed the molecular basis of codon recognition regulated by Q-glycosylations. Furthermore, zebrafish qtgal and qtman knockout lines displayed shortened body length, implying that Q-glycosylation is required for post-embryonic growth in vertebrates. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 5.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36181MC ![]() 7y7cC ![]() 7y7dC ![]() 7y7eC ![]() 7y7fC ![]() 7y7gC ![]() 7y7hC ![]() 8jdjC ![]() 8jdkC ![]() 8jdlC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.820877854681, -0.561053033722, 0.106672588073), (0.469029170439, 0.768863938772, 0.43458012027), (-0.325839201098, -0.306704641321, 0.894293619579)ベクター: 95. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.820877854681, -0.561053033722, 0.106672588073), ベクター ![]() |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 7分子 ABCDEFw
#1: RNA鎖 | ![]() 分子量: 4333.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() | ||||||||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24891.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 1641079.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #5: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 50157.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #48: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 603528.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 41種, 41分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghij...
-タンパク質 , 2種, 2分子 rAR
#43: タンパク質 | 分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#79: タンパク質 | 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 xyz0123456789AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQ
-糖 , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/GAL.gif)
#80: 糖 | ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 526分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#81: 化合物 | ChemComp-MG / #82: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: The complex of Human 80S Ribosome with mRNA and A-, P- site tRNA (rotated state) タイプ: COMPLEX 詳細: human 80S ribosome was incubated with mRNA and human cytoplasmic tRNA-Tyr Entity ID: #1, #3-#79 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: The Buffer pH was adjusted to 7.4 using KOH. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: 24nM ribosomes were incubated with 500nM tRNA and mRNA | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 32000 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 548386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75250 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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