PDB-8jb7: Crystal structure of CMY-185

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jb7

タイトル

Crystal structure of CMY-185

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase / CMY-2-like

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Kawai, A. / Doi, Y.

資金援助

米国,

日本, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R21AI151362	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI104895	米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23K06267	日本

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the molecular mechanism of high-level ceftazidime-avibactam resistance conferred by CMY-185.
著者: Kawai, A. / Shropshire, W.C. / Suzuki, M. / Borjan, J. / Aitken, S.L. / Bachman, W.C. / McElheny, C.L. / Bhatti, M.M. / Shields, R.K. / Shelburne, S.A. / Doi, Y.

履歴

登録	2023年5月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jb7.cif.gz	390.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jb7.ent.gz	263.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jb8C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

80.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.846, 89.687, 104.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 39981.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: This CMY-185 protein is a N-terminus signal peptide truncated mutant (truncated residues: 1-22) of WCB91330.1 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CMY-185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1080 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 24% PEG 20000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) and 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→45.1 Å / Num. obs: 163856 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.42
反射シェル	解像度: 1.35→1.43 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 26083 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→39.1 Å / SU ML: 0.1277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.0512
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1772	8188	5 %
R_work	0.139	155573	-
obs	0.1409	163761	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5556	0	10	1080	6646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6180
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9402	8506
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0859	902
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	1123
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.942	2241

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.2513	258	0.2195	4907	X-RAY DIFFRACTION	95.31
1.37-1.38	0.2332	273	0.1905	5168	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.38-1.4	0.2379	270	0.1887	5146	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.4-1.42	0.2376	268	0.1699	5120	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.42-1.44	0.1999	271	0.1545	5152	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.44-1.46	0.2068	270	0.1488	5125	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.46-1.48	0.2006	271	0.1452	5159	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.48-1.5	0.1996	272	0.138	5153	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.5-1.52	0.1688	269	0.1364	5124	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.52-1.55	0.1995	274	0.1364	5181	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.55-1.57	0.1975	271	0.1281	5147	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.57-1.6	0.1579	272	0.118	5173	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.6-1.63	0.177	271	0.1201	5150	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.63-1.67	0.1723	273	0.1268	5175	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.67-1.7	0.1729	270	0.1294	5143	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.7-1.74	0.185	273	0.1267	5178	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.74-1.79	0.1636	272	0.1221	5166	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.79-1.83	0.1711	273	0.1229	5193	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.83-1.89	0.1466	272	0.1172	5157	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.89-1.95	0.1595	273	0.1218	5192	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.95-2.02	0.1612	272	0.1276	5181	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.02-2.1	0.1485	274	0.1294	5208	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.1-2.19	0.159	274	0.1278	5200	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.19-2.31	0.1612	275	0.1286	5229	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.31-2.46	0.1644	275	0.1399	5211	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.46-2.64	0.1911	276	0.1517	5249	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.64-2.91	0.1832	276	0.1545	5247	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.91-3.33	0.1927	279	0.1518	5296	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.33-4.2	0.1675	280	0.1307	5322	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-39.1	0.1844	291	0.1472	5521	X-RAY DIFFRACTION	99.71

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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