+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jb8 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of CMY-185 complex with ceftazidime | ||||||||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / Beta-lactamase / CMY-2-like | ||||||||||||
Function / homology | ACYLATED CEFTAZIDIME Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||||||||
Authors | Kawai, A. / Doi, Y. | ||||||||||||
Funding support | United States, Japan, 3items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2024 Title: Structural insights into the molecular mechanism of high-level ceftazidime-avibactam resistance conferred by CMY-185. Authors: Kawai, A. / Shropshire, W.C. / Suzuki, M. / Borjan, J. / Aitken, S.L. / Bachman, W.C. / McElheny, C.L. / Bhatti, M.M. / Shields, R.K. / Shelburne, S.A. / Doi, Y. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jb8.cif.gz | 348.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8jb8.ent.gz | 235.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jb8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8jb8_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8jb8_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 8jb8_validation.xml.gz | 28.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8jb8_validation.cif.gz | 39.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jb8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8jb7C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39981.641 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: This CMY-185 protein is a N-terminus signal peptide truncated mutant (truncated residues: 1-22) of WCB91330.1 Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: CMY-185 / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 24% PEG 20,000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) and 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→45.2 Å / Num. obs: 30373 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 37.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 15.96 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.55 Å / Redundancy: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique obs: 4823 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→45.18 Å / SU ML: 0.2667 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.9832 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→45.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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