+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jb7 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of CMY-185 | ||||||||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / Beta-lactamase / CMY-2-like | ||||||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.35 Å | ||||||||||||
Authors | Kawai, A. / Doi, Y. | ||||||||||||
Funding support | United States, Japan, 3items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2024 Title: Structural insights into the molecular mechanism of high-level ceftazidime-avibactam resistance conferred by CMY-185. Authors: Kawai, A. / Shropshire, W.C. / Suzuki, M. / Borjan, J. / Aitken, S.L. / Bachman, W.C. / McElheny, C.L. / Bhatti, M.M. / Shields, R.K. / Shelburne, S.A. / Doi, Y. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jb7.cif.gz | 390.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8jb7.ent.gz | 263.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jb7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jb7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39981.641 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: This CMY-185 protein is a N-terminus signal peptide truncated mutant (truncated residues: 1-22) of WCB91330.1 Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: CMY-185 / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 24% PEG 20000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) and 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.35→45.1 Å / Num. obs: 163856 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 14.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.42 |
Reflection shell | Resolution: 1.35→1.43 Å / Redundancy: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 26083 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.35→39.1 Å / SU ML: 0.1277 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 16.0512 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.35→39.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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