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- PDB-8j73: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j73
タイトルMethylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer
要素Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / MCC / Mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methylcrotonoyl-CoA carboxylase / methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / L-leucine catabolic process / Biotin transport and metabolism / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / coenzyme A metabolic process ...: / methylcrotonoyl-CoA carboxylase / methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex / methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / L-leucine catabolic process / Biotin transport and metabolism / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / coenzyme A metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å
データ登録者Liu, D.S. / Su, J.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071192 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer
著者: Liu, D.S. / Su, J.Y.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
H: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
I: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
J: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
K: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
L: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
M: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
N: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
O: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
P: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
Q: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
R: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)736,87212
ポリマ－736,87212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial / MCCase subunit beta / 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase 2 / 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase non- ...MCCase subunit beta / 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase 2 / 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase non-biotin-containing subunit / 3-methylcrotonyl-CoA:carbon dioxide ligase subunit beta


分子量: 61406.027 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCCC2, MCCB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCC0, methylcrotonoyl-CoA carboxylase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase core-Dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1474 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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