[日本語] English
万見
- EMDB-33729: Human propionyl-coenzyme A carboxylase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33729
タイトルHuman propionyl-coenzyme A carboxylase
マップデータHuman propionyl-coenzyme A carboxylase
試料
  • 複合体: Human propionyl-coenzyme A carboxylase heterododecomer
    • タンパク質・ペプチド: Propionyl-CoA carboxylase alpha chain, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Propionyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
  • リガンド: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
キーワードCryo-EM / PCC / Mitochondria / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


short-chain fatty acid catabolic process / branched-chain amino acid metabolic process / Propionyl-CoA catabolism / propionyl-CoA carboxylase / propionyl-CoA carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / Biotin transport and metabolism / biotin binding / catalytic complex / Mitochondrial protein degradation ...short-chain fatty acid catabolic process / branched-chain amino acid metabolic process / Propionyl-CoA catabolism / propionyl-CoA carboxylase / propionyl-CoA carboxylase activity / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / Biotin transport and metabolism / biotin binding / catalytic complex / Mitochondrial protein degradation / fatty acid metabolic process / mitochondrial matrix / enzyme binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Propionyl-coenzyme A carboxylase, BT domain / Propionyl-coenzyme A carboxylase BT domain / : / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain ...Propionyl-coenzyme A carboxylase, BT domain / Propionyl-coenzyme A carboxylase BT domain / : / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Propionyl-CoA carboxylase alpha chain, mitochondrial / Propionyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Su JY / Liu DS
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31861143048 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insight into synergistic activation of human 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase.
著者: Jiayue Su / Xuyang Tian / Hang Cheng / Desheng Liu / Ziyi Wang / Shan Sun / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui /
要旨: The enzymes 3-methylcrotonyl-coenzyme A (CoA) carboxylase (MCC), pyruvate carboxylase and propionyl-CoA carboxylase belong to the biotin-dependent carboxylase family located in mitochondria. They ...The enzymes 3-methylcrotonyl-coenzyme A (CoA) carboxylase (MCC), pyruvate carboxylase and propionyl-CoA carboxylase belong to the biotin-dependent carboxylase family located in mitochondria. They participate in various metabolic pathways in human such as amino acid metabolism and tricarboxylic acid cycle. Many human diseases are caused by mutations in those enzymes but their structures have not been fully resolved so far. Here we report an optimized purification strategy to obtain high-resolution structures of intact human endogenous MCC, propionyl-CoA carboxylase and pyruvate carboxylase in different conformational states. We also determine the structures of MCC bound to different substrates. Analysis of MCC structures in different states reveals the mechanism of the substrate-induced, multi-element synergistic activation of MCC. These results provide important insights into the catalytic mechanism of the biotin-dependent carboxylase family and are of great value for the development of new drugs for the treatment of related diseases.
履歴
登録2022年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_33729.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human propionyl-coenzyme A carboxylase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.7 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.7 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.131
最小 - 最大-0.61707044 - 1.8388704
平均 (標準偏差)-0.00036356444 (±0.05075462)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 389.69998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Human propionyl-coenzyme A carboxylase half map A

ファイルemd_33729_half_map_1.map
注釈Human propionyl-coenzyme A carboxylase half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Human propionyl-coenzyme A carboxylase half map B

ファイルemd_33729_half_map_2.map
注釈Human propionyl-coenzyme A carboxylase half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Human propionyl-coenzyme A carboxylase heterododecomer

全体名称: Human propionyl-coenzyme A carboxylase heterododecomer
要素
  • 複合体: Human propionyl-coenzyme A carboxylase heterododecomer
    • タンパク質・ペプチド: Propionyl-CoA carboxylase alpha chain, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Propionyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial
  • リガンド: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

-
超分子 #1: Human propionyl-coenzyme A carboxylase heterododecomer

超分子名称: Human propionyl-coenzyme A carboxylase heterododecomer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Propionyl-CoA carboxylase alpha chain, mitochondrial

分子名称: Propionyl-CoA carboxylase alpha chain, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: propionyl-CoA carboxylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.161922 KDa
配列文字列: MAGFWVGTAP LVAAGRRGRW PPQQLMLSAA LRTLKHVLYY SRQCLMVSRN LGSVGYDPNE KTFDKILVAN RGEIACRVIR TCKKMGIKT VAIHSDVDAS SVHVKMADEA VCVGPAPTSK SYLNMDAIME AIKKTRAQAV HPGYGFLSEN KEFARCLAAE D VVFIGPDT ...文字列:
MAGFWVGTAP LVAAGRRGRW PPQQLMLSAA LRTLKHVLYY SRQCLMVSRN LGSVGYDPNE KTFDKILVAN RGEIACRVIR TCKKMGIKT VAIHSDVDAS SVHVKMADEA VCVGPAPTSK SYLNMDAIME AIKKTRAQAV HPGYGFLSEN KEFARCLAAE D VVFIGPDT HAIQAMGDKI ESKLLAKKAE VNTIPGFDGV VKDAEEAVRI AREIGYPVMI KASAGGGGKG MRIAWDDEET RD GFRLSSQ EAASSFGDDR LLIEKFIDNP RHIEIQVLGD KHGNALWLNE RECSIQRRNQ KVVEEAPSIF LDAETRRAMG EQA VALARA VKYSSAGTVE FLVDSKKNFY FLEMNTRLQV EHPVTECITG LDLVQEMIRV AKGYPLRHKQ ADIRINGWAV ECRV YAEDP YKSFGLPSIG RLSQYQEPLH LPGVRVDSGI QPGSDISIYY DPMISKLITY GSDRTEALKR MADALDNYVI RGVTH NIAL LREVIINSRF VKGDISTKFL SDVYPDGFKG HMLTKSEKNQ LLAIASSLFV AFQLRAQHFQ ENSRMPVIKP DIANWE LSV KLHDKVHTVV ASNNGSVFSV EVDGSKLNVT STWNLASPLL SVSVDGTQRT VQCLSREAGG NMSIQFLGTV YKVNILT RL AAELNKFMLE KVTEDTSSVL RSPMPGVVVA VSVKPGDAVA EGQEICVIEA MKMQNSMTAG KTGTVKSVHC QAGDTVGE G DLLVELE

UniProtKB: Propionyl-CoA carboxylase alpha chain, mitochondrial

-
分子 #2: Propionyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial

分子名称: Propionyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: propionyl-CoA carboxylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.284488 KDa
配列文字列: MAAALRVAAV GARLSVLASG LRAAVRSLCS QATSVNERIE NKRRTALLGG GQRRIDAQHK RGKLTARERI SLLLDPGSFV ESDMFVEHR CADFGMAADK NKFPGDSVVT GRGRINGRLV YVFSQDFTVF GGSLSGAHAQ KICKIMDQAI TVGAPVIGLN D SGGARIQE ...文字列:
MAAALRVAAV GARLSVLASG LRAAVRSLCS QATSVNERIE NKRRTALLGG GQRRIDAQHK RGKLTARERI SLLLDPGSFV ESDMFVEHR CADFGMAADK NKFPGDSVVT GRGRINGRLV YVFSQDFTVF GGSLSGAHAQ KICKIMDQAI TVGAPVIGLN D SGGARIQE GVESLAGYAD IFLRNVTASG VIPQISLIMG PCAGGAVYSP ALTDFTFMVK DTSYLFITGP DVVKSVTNED VT QEELGGA KTHTTMSGVA HRAFENDVDA LCNLRDFFNY LPLSSQDPAP VRECHDPSDR LVPELDTIVP LESTKAYNMV DII HSVVDE REFFEIMPNY AKNIIVGFAR MNGRTVGIVG NQPKVASGCL DINSSVKGAR FVRFCDAFNI PLITFVDVPG FLPG TAQEY GGIIRHGAKL LYAFAEATVP KVTVITRKAY GGAYDVMSSK HLCGDTNYAW PTAEIAVMGA KGAVEIIFKG HENVE AAQA EYIEKFANPF PAAVRGFVDD IIQPSSTRAR ICCDLDVLAS KKVQRPWRKH ANIPL

UniProtKB: Propionyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial

-
分子 #3: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

分子名称: 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: BTI
分子量理論値: 228.311 Da
Chemical component information

ChemComp-BTI:
5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99377
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る