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- PDB-8j4w: Structure of Mycobacterium thermoresistibile NrdI(reduced) determ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j4w
タイトルStructure of Mycobacterium thermoresistibile NrdI(reduced) determined at 1.1 angstrom resolution
要素Protein NrdI
キーワードFLAVOPROTEIN / Ribonucleotide reductase accessory protein. Metal cofactor assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


protein modification process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HYDROGEN PEROXIDE / PEROXIDE ION / SULFITE ION / Protein NrdI
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Yadav, L.R. / Mande, S.C.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)DST-NPDF (PDF/2015/000961) and DBT-Centre of Excellence Grant (BT/PR15450/COE/34/46/2016). インド
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the initiation of free radical formation in the Class Ib ribonucleotide reductases in Mycobacteria.
著者: Yadav, L.R. / Sharma, V. / Shanmugam, M. / Mande, S.C.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0806
ポリマ－16,4431
非ポリマー6385
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Monomer prottein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.737, 36.840, 48.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 Protein NrdI


分子量: 16442.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ribonucleotide reductase cofactor assembly protein
由来: (組換発現) Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
株: ATCC 19527 / 遺伝子: nrdI / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 (DE3) / 参照: UniProt: G7CEK1

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非ポリマー , 6種, 164分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#5: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.72 % / 解説: Rectangular crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.15M potassium phosphate monobasic and 18% PEG 3350. For reduction crystals are soaked in sodium dithionite solution
PH範囲: 7.5-8.2 / Temp details: 293.15

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月8日
放射モノクロメーター: a single-bounce silicon (111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→45 Å / Num. obs: 3774695 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 106.1 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 50.08
反射 シェル解像度: 1.214→1.257 Å / 冗長度: 104.6 % / Num. unique obs: 3510 / CC1/2: 0.86 / CC star: 0.96 / % possible all: 99.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.21→45 Å / SU ML: 0.0952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.9585
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.171 1788 5.03 %
Rwork0.1372 33731 -
obs0.1389 3774695 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1121 0 40 159 1320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92691683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0789181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9115448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.21-1.250.20141140.17262583X-RAY DIFFRACTION99.08
1.25-1.280.22371460.17132564X-RAY DIFFRACTION99.78
1.28-1.320.23191400.16062577X-RAY DIFFRACTION99.82
1.32-1.370.19041280.14812586X-RAY DIFFRACTION99.96
1.37-1.430.17871230.14292604X-RAY DIFFRACTION99.96
1.43-1.490.15251470.13012566X-RAY DIFFRACTION99.96
1.49-1.570.15831290.11762589X-RAY DIFFRACTION99.93
1.57-1.670.15711520.11452591X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.80.15211240.11982612X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.980.13981390.12482576X-RAY DIFFRACTION99.96
1.98-2.270.17161380.12842614X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.850.15251430.14862613X-RAY DIFFRACTION99.96
2.85-450.18481650.14022656X-RAY DIFFRACTION99.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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