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Yorodumi- PDB-8j4x: Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (oxidis... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8j4x | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (oxidised) determined at 3 angstrom resolution | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase NrdF2 / NrdI protein complex / Metal cofactor assembly | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / DNA replication / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.04 Å | ||||||
Authors | Yadav, L.R. / Mande, S.C. | ||||||
| Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Curr Res Struct Biol / Year: 2024Title: Structural insights into the initiation of free radical formation in the Class Ib ribonucleotide reductases in Mycobacteria. Authors: Yadav, L.R. / Sharma, V. / Shanmugam, M. / Mande, S.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8j4x.cif.gz | 968.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8j4x.ent.gz | 672.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8j4x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8j4x_validation.pdf.gz | 5.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8j4x_full_validation.pdf.gz | 5.5 MB | Display | |
| Data in XML | 8j4x_validation.xml.gz | 75.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 8j4x_validation.cif.gz | 94.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/8j4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/8j4x | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8j4vC ![]() 8j4wC ![]() 8j4yC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ABCDEFGI
| #1: Protein | Mass: 36994.289 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Ribonucleotide reductase NrdF2 metallocofactor subunit essential for the initiation of nucleotide reduction Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)Strain: H37Rv / Gene: nrdF2 / Plasmid: pET32a+ / Production host: ![]() References: UniProt: P9WH71, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: Protein | Mass: 16508.662 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Ribonucleotide reductase NrdI metallocofactor assembly subunit essential for the initiation of nucleotide reduction Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)Strain: H37Rv / Gene: nrdI / Plasmid: pET32a+ / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 53 molecules 








| #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-OH / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.94 Å3/Da / Density % sol: 68.79 % / Description: square shaped crystals |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1M MES pH 6, 1.4M NaCl, 0.075M sodium phosphate monobasic, 0.075M potassium phosphate monobasic Temp details: 293.15 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 11, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.04→48.37 Å / Num. obs: 149656 / % possible obs: 99.83 % / Redundancy: 20 % / Biso Wilson estimate: 54.43 Å2 / CC1/2: 0.722 / CC star: 0.916 / Net I/σ(I): 5.6 |
| Reflection shell | Resolution: 3.04→3.149 Å / Num. unique obs: 7797 / CC1/2: 0.387 / CC star: 0.747 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.04→48.27 Å / SU ML: 0.4565 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.453 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 58.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.04→48.27 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
India, 1items
Citation


PDBj










