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- PDB-8j4x: Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (oxidis... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8j4x | ||||||
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Title | Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (oxidised) determined at 3 angstrom resolution | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase NrdF2 / NrdI protein complex / Metal cofactor assembly | ||||||
Function / homology | ![]() ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / DNA replication / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yadav, L.R. / Mande, S.C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into the initiation of free radical formation in the Class Ib ribonucleotide reductases in Mycobacteria. Authors: Yadav, L.R. / Sharma, V. / Shanmugam, M. / Mande, S.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 968.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 672.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8j4vC ![]() 8j4wC ![]() 8j4yC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ABCDEFGI
#1: Protein | Mass: 36994.289 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Ribonucleotide reductase NrdF2 metallocofactor subunit essential for the initiation of nucleotide reduction Source: (gene. exp.) ![]() Strain: H37Rv / Gene: nrdF2 / Plasmid: pET32a+ / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P9WH71, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: Protein | Mass: 16508.662 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Ribonucleotide reductase NrdI metallocofactor assembly subunit essential for the initiation of nucleotide reduction Source: (gene. exp.) ![]() Strain: H37Rv / Gene: nrdI / Plasmid: pET32a+ / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 53 molecules 








#3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-OH / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.94 Å3/Da / Density % sol: 68.79 % / Description: square shaped crystals |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1M MES pH 6, 1.4M NaCl, 0.075M sodium phosphate monobasic, 0.075M potassium phosphate monobasic Temp details: 293.15 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 11, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.04→48.37 Å / Num. obs: 149656 / % possible obs: 99.83 % / Redundancy: 20 % / Biso Wilson estimate: 54.43 Å2 / CC1/2: 0.722 / CC star: 0.916 / Net I/σ(I): 5.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.04→3.149 Å / Num. unique obs: 7797 / CC1/2: 0.387 / CC star: 0.747 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.04→48.27 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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