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- PDB-8j4y: Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (reduce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j4y
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (reduced) determined at 3 angstrom resolution
要素
  • Protein NrdI
  • Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase NrdF2 / NrdI protein complex / Metal cofactor assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / DNA replication / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like ...Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Flavoprotein-like superfamily / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / HYDROXIDE ION / PEROXIDE ION / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2 / Protein NrdI
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Yadav, L.R. / Mande, S.C.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT-Centre of Excellence Grant (BT/PR15450/COE/34/46/2016). インド
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / : 2024
タイトル: Structural insights into the initiation of free radical formation in the Class Ib ribonucleotide reductases in Mycobacteria.
著者: Yadav, L.R. / Sharma, V. / Shanmugam, M. / Mande, S.C.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
F: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
G: Protein NrdI
I: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,71929
ポリマ-254,9838
非ポリマー1,73621
28816
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
G: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,22210
ポリマ-90,4973
非ポリマー7257
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area26610 Å2
手法PISA
2
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
ヘテロ分子

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2428
ポリマ-73,9892
非ポリマー2546
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
3
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
F: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
I: Protein NrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,27112
ポリマ-90,4973
非ポリマー7749
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
4
E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
ヘテロ分子

E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2086
ポリマ-73,9892
非ポリマー2204
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.430, 160.430, 310.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 11 through 301)
d_2ens_1(chain "B" and (resid 11 through 292 or resid 301))
d_3ens_1(chain "C" and resid 11 through 301)
d_4ens_1(chain "D" and resid 11 through 301)
d_5ens_1(chain "E" and resid 11 through 301)
d_6ens_1(chain "F" and (resid 11 through 292 or resid 302))
d_1ens_2chain "G"
d_2ens_2(chain "I" and (resid 7 through 55 or resid 62 through 141))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALVALSERSERAA11 - 29211 - 292
d_21ens_1VALVALSERSERBB11 - 29211 - 292
d_31ens_1VALVALSERSERCC11 - 29211 - 292
d_41ens_1VALVALSERSERDD11 - 29211 - 292
d_51ens_1VALVALSERSEREE11 - 29211 - 292
d_61ens_1VALVALSERSERFF11 - 29211 - 292
d_11ens_2SERSERTHRTHRGG7 - 1417 - 141
d_21ens_2SERSERARGARGIH7 - 557 - 55
d_22ens_2ALAALATHRTHRIH62 - 14162 - 141

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGI

#1: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2 / Ribonucleoside-diphosphate reductase nrdF2 / Ribonucleotide reductase R2-2 small subunit


分子量: 36994.289 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ribonucleotide reductase NrdF2 metallocofactor subunit essential for the initiation of nucleotide reduction
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
: H37Rv / 遺伝子: nrdF2 / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WH71, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質 Protein NrdI


分子量: 16508.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ribonucleotide reductase NrdI subunit essential for meta cofactor assembly
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
: H37Rv / 遺伝子: nrdI / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WIZ3

-
非ポリマー , 5種, 37分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / : HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / : C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES pH 6, 1.4M NaCl, 0.075M sodium phosphate monobasic, 0.075M potassium phosphate monobasic
Temp details: 293.15

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→91.58 Å / Num. obs: 80104 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 47.1 % / Biso Wilson estimate: 53.01 Å2 / CC1/2: 0.912 / CC star: 0.977 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 3.02→3.128 Å / 冗長度: 46.8 % / Num. unique obs: 7862 / CC1/2: 0.39 / CC star: 0.749 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→91.58 Å / SU ML: 0.4525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.092
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 4028 5.03 %
Rwork0.2296 75984 -
obs0.2314 80012 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→91.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15852 0 84 16 15952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002516276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.425822117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03472448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.31442191
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.760391535222
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.899872578738
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.716306652281
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.768270112513
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.81134109084
ens_2d_2GGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.96001983134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.02-3.060.37421540.35172527X-RAY DIFFRACTION99.96
3.06-3.090.36741580.34022585X-RAY DIFFRACTION99.96
3.09-3.130.36341370.33682548X-RAY DIFFRACTION99.96
3.13-3.170.3681360.32782585X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.220.41621390.32062589X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.260.30151540.30872582X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.310.31441200.29642569X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.360.32291090.28822634X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.420.31081220.29362613X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.480.31621270.2792606X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.540.3131350.27272596X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.610.32431450.25782560X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.680.29571190.25232618X-RAY DIFFRACTION99.96
3.68-3.760.22641430.23372607X-RAY DIFFRACTION99.96
3.76-3.850.27611570.23572589X-RAY DIFFRACTION100
3.85-3.950.28151420.23062590X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.050.28631280.21232634X-RAY DIFFRACTION99.96
4.05-4.170.24761330.20812611X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.310.25291460.21532593X-RAY DIFFRACTION99.96
4.31-4.460.26551610.20892619X-RAY DIFFRACTION100
4.46-4.640.2291390.20112593X-RAY DIFFRACTION100
4.64-4.850.21221400.18612666X-RAY DIFFRACTION100
4.85-5.110.1981270.18282618X-RAY DIFFRACTION100
5.11-5.430.26661470.20022659X-RAY DIFFRACTION100
5.43-5.840.22661400.20632654X-RAY DIFFRACTION99.93
5.84-6.430.22461270.19082696X-RAY DIFFRACTION100
6.43-7.360.21421380.17892683X-RAY DIFFRACTION99.93
7.36-9.270.20891510.16372724X-RAY DIFFRACTION100
9.28-91.580.20841540.18422836X-RAY DIFFRACTION97.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.983617201090.770616657449-2.683027633610.872753038817-0.4546773423084.84435576622-0.155250897723-0.6803325228870.7191634101380.1282079714280.1944491740890.335185779359-0.650273250258-0.673198596223-0.1067837126510.9079794937960.262600863674-0.1876442947310.695165147553-0.2473454350990.472924104627-32.957-51.73-21.492
21.19349940727-0.07716571895230.600087179860.2978828318340.3143583179051.08775777068-0.377246649511-0.7306655987660.2737492438380.292566902680.120964805507-0.0383454696052-0.183564517078-0.592715746620.1229255228850.7391283714590.2591948581730.04141904880950.651799400913-0.1964428924820.517458836191-44.314-59.923-28.416
33.51407059564-0.798331555297-1.924366609193.804215270061.914152248933.20743264562-0.02571481501990.09882287051260.199437609115-0.544513788122-0.110431632301-0.00993806734284-0.0549881598752-0.2312772265210.04456157833070.5800715787580.0481374856511-0.03159104559020.0998811156314-0.0003788780506190.574439326441-82.505-71.086-60.83
42.41222301177-0.0452158278660.5994789080861.05936325550.6152998565130.603857568407-0.262169070007-0.5002515967980.208209583038-0.2773881740380.320361011349-0.170911308968-0.2961530882750.127502627227-0.04466555202980.5826512508620.03923850361630.07010116811780.093451821949-0.09636618072080.510834534241-61.85-74.641-54.153
58.337904305973.77883510095-1.767921568393.19695125977-1.34653221771.618968274650.00189122195799-0.4978281296280.872867606450.255014438751-0.01978737453580.519969491542-0.492882737858-0.2695764748580.06485170280571.019381234560.226696088675-0.1562702493720.496379231365-0.1253542405840.344223935351-16.738-55.392-16.511
62.674651088880.09507004926740.8102255694162.267995727380.7638594338280.932792250183-0.201221803527-0.3287255800840.1783697112360.392278622790.0597690423061-0.0677616353895-0.275461773745-0.05126842785050.1248873880320.7364121787790.0974770488228-0.04484455508370.453961331867-0.05483164497490.280761112592-8.603-65.286-17.07
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 10:57 )A10 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 58:292 )A58 - 292
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 10:42 )B10 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 43:293 )B43 - 293
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 10:71 )C10 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 72:292 )C72 - 292
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 11:149 )D11 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 150:292 )D150 - 292
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND RESID 10:65 )E10 - 65
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 66:292 )E66 - 292
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN F AND RESID 9:43 )F9 - 43
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN F AND RESID 44:293 )F44 - 293
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN G AND RESID 7:140 )G7 - 140
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN I AND RESID 7:141 )I7 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る