PDB-8j4y: Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (reduce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j4y

タイトル

Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdF2:NrdIcomplex (reduced) determined at 3 angstrom resolution

要素

Protein NrdI
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase NrdF2 / NrdI protein complex / Metal cofactor assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / DNA replication / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Yadav, L.R. / Mande, S.C.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the initiation of free radical formation in the Class Ib ribonucleotide reductases in Mycobacteria.
著者: Yadav, L.R. / Sharma, V. / Shanmugam, M. / Mande, S.C.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8j4y.ent.gz	669.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8j4y_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j4y_full_validation.pdf.gz	6 MB	表示
XML形式データ	8j4y_validation.xml.gz	74.8 KB	表示
CIF形式データ	8j4y_validation.cif.gz	95.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/8j4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/8j4y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8j4vC 8j4wC 8j4xC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (7) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (7)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

F: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

G: Protein NrdI

I: Protein NrdI

ヘテロ分子

257 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

G: Protein NrdI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS analysis indicates the protein to be complex of dimer of NrdF2 that interacts with 1 molecule of NrdI
91.2 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

ヘテロ分子

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.2 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

F: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

I: Protein NrdI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.3 kDa, 3 ポリマー
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4

E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

ヘテロ分子

E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	160.430, 160.430, 310.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Space group name Hall	P4n2n
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and resid 11 through 301)
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 11 through 292 or resid 301))
d_3	ens_1	(chain "C" and resid 11 through 301)
d_4	ens_1	(chain "D" and resid 11 through 301)
d_5	ens_1	(chain "E" and resid 11 through 301)
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 11 through 292 or resid 302))
d_1	ens_2	chain "G"
d_2	ens_2	(chain "I" and (resid 7 through 55 or resid 62 through 141))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	VAL	VAL	SER	SER	A	A	11 - 292	11 - 292
d_2	1	ens_1	VAL	VAL	SER	SER	B	B	11 - 292	11 - 292
d_3	1	ens_1	VAL	VAL	SER	SER	C	C	11 - 292	11 - 292
d_4	1	ens_1	VAL	VAL	SER	SER	D	D	11 - 292	11 - 292
d_5	1	ens_1	VAL	VAL	SER	SER	E	E	11 - 292	11 - 292
d_6	1	ens_1	VAL	VAL	SER	SER	F	F	11 - 292	11 - 292
d_1	1	ens_2	SER	SER	THR	THR	G	G	7 - 141	7 - 141
d_2	1	ens_2	SER	SER	ARG	ARG	I	H	7 - 55	7 - 55
d_2	2	ens_2	ALA	ALA	THR	THR	I	H	62 - 141	62 - 141

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGI

#1: タンパク質	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2 / Ribonucleoside-diphosphate reductase nrdF2 / Ribonucleotide reductase R2-2 small subunit 分子量: 36994.289 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Ribonucleotide reductase NrdF2 metallocofactor subunit essential for the initiation of nucleotide reduction 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: nrdF2 / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P9WH71, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質	Protein NrdI 分子量: 16508.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Ribonucleotide reductase NrdI subunit essential for meta cofactor assembly 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: nrdI / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WIZ3

#1: タンパク質

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta nrdF2 / Ribonucleoside-diphosphate reductase nrdF2 / Ribonucleotide reductase R2-2 small subunit

分子量: 36994.289 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ribonucleotide reductase NrdF2 metallocofactor subunit essential for the initiation of nucleotide reduction
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: nrdF2 / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WH71, ribonucleoside-diphosphate reductase

#2: タンパク質

Protein NrdI

分子量: 16508.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ribonucleotide reductase NrdI subunit essential for meta cofactor assembly
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: nrdI / プラスミド: pET32a+ / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WIZ3

-
非ポリマー , 5種, 37分子

#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PER / PEROXIDE ION 分子量: 31.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION 分子量: 17.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES pH 6, 1.4M NaCl, 0.075M sodium phosphate monobasic, 0.075M potassium phosphate monobasic Temp details: 293.15

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.02→91.58 Å / Num. obs: 80104 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 47.1 % / B_iso Wilson estimate: 53.01 Å² / CC_1/2: 0.912 / CC star: 0.977 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 3.02→3.128 Å / 冗長度: 46.8 % / Num. unique obs: 7862 / CC_1/2: 0.39 / CC star: 0.749 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.02→91.58 Å / SU ML: 0.4525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.092
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2662	4028	5.03 %
R_work	0.2296	75984	-
obs	0.2314	80012	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.02→91.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15852	0	84	16	15952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	16276
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4258	22117
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0347	2448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	2829
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.3144	2191

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.760391535222
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.899872578738
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.716306652281
ens_1	d_5	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.768270112513
ens_1	d_6	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.81134109084
ens_2	d_2	G	G	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.96001983134

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.02-3.06	0.3742	154	0.3517	2527	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.06-3.09	0.3674	158	0.3402	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.09-3.13	0.3634	137	0.3368	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.13-3.17	0.368	136	0.3278	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.22	0.4162	139	0.3206	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.26	0.3015	154	0.3087	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.31	0.3144	120	0.2964	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.36	0.3229	109	0.2882	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.42	0.3108	122	0.2936	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.48	0.3162	127	0.279	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.54	0.313	135	0.2727	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.61	0.3243	145	0.2578	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.68	0.2957	119	0.2523	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.68-3.76	0.2264	143	0.2337	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.76-3.85	0.2761	157	0.2357	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-3.95	0.2815	142	0.2306	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.05	0.2863	128	0.2123	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.05-4.17	0.2476	133	0.2081	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.31	0.2529	146	0.2153	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.31-4.46	0.2655	161	0.2089	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-4.64	0.229	139	0.2011	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-4.85	0.2122	140	0.1861	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.85-5.11	0.198	127	0.1828	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
5.11-5.43	0.2666	147	0.2002	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
5.43-5.84	0.2266	140	0.2063	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.84-6.43	0.2246	127	0.1908	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
6.43-7.36	0.2142	138	0.1789	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.93
7.36-9.27	0.2089	151	0.1637	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
9.28-91.58	0.2084	154	0.1842	2836	X-RAY DIFFRACTION	97.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.98361720109	0.770616657449	-2.68302763361	0.872753038817	-0.454677342308	4.84435576622	-0.155250897723	-0.680332522887	0.719163410138	0.128207971428	0.194449174089	0.335185779359	-0.650273250258	-0.673198596223	-0.106783712651	0.907979493796	0.262600863674	-0.187644294731	0.695165147553	-0.247345435099	0.472924104627	-32.957	-51.73	-21.492
2	1.19349940727	-0.0771657189523	0.60008717986	0.297882831834	0.314358317905	1.08775777068	-0.377246649511	-0.730665598766	0.273749243838	0.29256690268	0.120964805507	-0.0383454696052	-0.183564517078	-0.59271574662	0.122925522885	0.739128371459	0.259194858173	0.0414190488095	0.651799400913	-0.196442892482	0.517458836191	-44.314	-59.923	-28.416
3	3.51407059564	-0.798331555297	-1.92436660919	3.80421527006	1.91415224893	3.20743264562	-0.0257148150199	0.0988228705126	0.199437609115	-0.544513788122	-0.110431632301	-0.00993806734284	-0.0549881598752	-0.231277226521	0.0445615783307	0.580071578758	0.0481374856511	-0.0315910455902	0.0998811156314	-0.000378878050619	0.574439326441	-82.505	-71.086	-60.83
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10	2.10851173999	0.690360253978	-0.0401682403495	3.20274502915	-0.201577456455	1.3908032692	0.405211475884	-0.323586690655	-0.16511970342	1.12503642227	-0.422767604791	0.168020053414	0.0292189324255	0.139494674273	-0.000912706987231	1.27924046894	-0.164015121911	0.0277121666909	0.413578320967	0.0118478523769	0.73325818961	-6.808	-17.477	-43.243
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13	1.82916344832	0.0655412630104	-0.34903637123	2.34149469719	0.0226251831522	0.118136730454	-0.155393726951	-0.496405499099	0.075505415162	0.141463394502	0.354184333481	0.0635095673109	-0.369884549716	-0.39654536552	-0.212002211542	0.910957989133	0.235756008096	-0.0310166366619	1.25861925084	-0.102309654189	0.348266117821	-14.897	-64.96	10.893
14	7.24116958888	1.6868434007	1.81513463597	6.73276123689	0.484018622926	8.78388845473	-0.324388812766	1.03894349796	0.17191685371	-1.23897213526	0.275110634477	0.095856205385	0.306072687515	0.175651980431	0.0198607385821	0.636619616114	0.0123082113131	0.0252881087065	0.510500464651	-0.0606045893951	0.539274252341	-15.944	-65.51	-106.941

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 10:57 )	A	10 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 58:292 )	A	58 - 292
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 10:42 )	B	10 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 43:293 )	B	43 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 10:71 )	C	10 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 72:292 )	C	72 - 292
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 11:149 )	D	11 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 150:292 )	D	150 - 292
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN E AND RESID 10:65 )	E	10 - 65
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN E AND RESID 66:292 )	E	66 - 292
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN F AND RESID 9:43 )	F	9 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN F AND RESID 44:293 )	F	44 - 293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN G AND RESID 7:140 )	G	7 - 140
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN I AND RESID 7:141 )	I	7 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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