PDB-8iv3: Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD complexed with 5-Benzyloxygramine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iv3

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD complexed with 5-Benzyloxygramine

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 nucleocapsid protein 5-Benzyloxygramine

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hong, J.Y. / Hou, M.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2024
タイトル: Targeting protein-protein interaction interfaces with antiviral N protein inhibitor in SARS-CoV-2.
著者: Hong, J.Y. / Lin, S.C. / Kehn-Hall, K. / Zhang, K.M. / Luo, S.Y. / Wu, H.Y. / Chang, S.Y. / Hou, M.H.

履歴

登録	2023年3月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iv3.cif.gz	221.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iv3.ent.gz	179.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iv3_validation.pdf.gz	764 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iv3_full_validation.pdf.gz	777.7 KB	表示
XML形式データ	8iv3_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	8iv3_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8iv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8iv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iqjC 8j6xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

ヘテロ分子

68.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.586, 92.014, 96.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 17053.031 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物	ChemComp-DJU / N,N-dimethyl-1-(5-phenylmethoxy-1H-indol-3-yl)methanamine / 5-Benzyloxygramine 分子量: 280.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.54 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: spermine tetrahydrochlorid, potassium chloride, Bis-Tris HCl pH 7.0, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 41952 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 37.713
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.458 / Num. unique obs: 4115 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHENIX		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→27.17 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	1994	4.76 %
R_work	0.2371	-	-
obs	0.2394	41888	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3971	0	21	226	4218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.895
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.177	565
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	738

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.414	136	0.3465	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
1.94-2	0.3419	137	0.3339	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.3979	140	0.3128	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.12	0.3576	141	0.3188	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.2	0.3566	147	0.301	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.29	0.3827	139	0.294	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.39	0.3404	149	0.2965	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.52	0.3874	132	0.2983	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.67	0.3352	144	0.2809	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.88	0.2898	143	0.2835	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.17	0.3004	145	0.2496	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.63	0.2646	146	0.2317	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.56	0.2488	145	0.1885	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-27.17	0.2312	150	0.1804	2965	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9146	-0.7232	0.4065	3.7861	-1.2139	3.4819	0.0807	0.1139	-0.558	0.1616	0.1885	-0.153	0.3665	0.1861	-0.3025	0.2298	0.0303	-0.05	0.4761	0.0242	0.3816	13.7423	-4.4274	-20.7282
2	2.3567	-0.275	1.0224	1.6154	0.1421	1.9562	-0.2613	-0.7573	-0.4085	1.0163	0.1604	-0.1171	0.3576	-0.3657	-0.0947	0.5453	0.1745	-0.1116	0.7637	0.0425	0.3461	10.4917	-4.4558	-3.7098
3	2.1219	-0.3824	0.0628	1.5517	-0.4181	1.4192	-0.2859	-0.5311	0.4057	-0.09	0.1366	-0.3581	0.0743	-0.1253	0.1162	0.2555	0.0351	-0.0324	0.5176	0.0036	0.2695	8.0576	2.2791	-15.402
4	0.9464	-0.0639	-0.5295	3.4838	0.8677	1.705	0.0487	-0.6845	-0.5926	0.321	0.2991	-0.0444	0.8947	-0.345	-0.2259	0.5936	-0.0542	-0.2143	0.5582	0.2312	0.8554	18.8063	-24.4447	-9.279
5	3.6486	-0.3732	0.3509	1.5059	-0.4028	2.371	-0.1996	-0.776	-0.2104	0.2013	0.1589	0.1348	-0.044	-0.2374	0.0375	0.2371	0.0866	0.0176	0.5365	0.0693	0.2485	2.8116	-2.6256	-13.9654
6	2.6586	-0.3726	0.2746	1.2534	-0.8097	0.5186	-0.3779	0.1362	0.2815	-0.0197	0.3185	-0.4437	-0.3289	0.321	0.0744	0.2648	0.0447	-0.0125	0.5259	-0.0657	0.2895	15.0205	1.0399	-19.7743
7	2.6248	-0.5382	1.6592	2.5994	-1.0342	1.2426	0.161	-0.23	-0.2319	0.3632	0.0398	-0.063	0.2465	0.0272	-0.0599	0.8677	0.421	-0.3193	1.009	-0.141	0.4296	17.1752	-3.3265	-2.4765
8	2.4142	-0.1496	-1.3254	3.7937	-0.1372	3.105	0.0979	0.1439	-0.0722	0.2492	0.0998	-0.8045	-0.4879	-0.5856	0.0276	0.3778	0.0274	-0.0292	0.3429	0.0439	0.3133	8.8529	-30.2449	-24.3307
9	2.2619	-1.3766	-0.6504	1.1063	-0.2038	3.0826	0.0084	0.5965	-0.277	-0.4629	-0.1264	-1.9635	-0.37	0.4309	-0.1084	0.4974	-0.0926	0.1225	0.4837	-0.0079	1.3022	22.6539	-27.1403	-29.9437
10	0.8859	-0.295	-0.0396	2.8462	0.0739	2.1593	0.1723	0.0894	0.0545	0.0001	-0.0019	-0.0519	-0.446	-0.5948	-0.1535	0.4506	0.0506	0.0703	0.4014	0.037	0.2882	3.9092	-28.2545	-27.3931
11	3.4107	-1.8462	0.0233	2.1985	-2.1041	3.6549	-0.3188	0.2002	0.1327	0.0185	-0.5079	-0.528	-0.0887	0.2533	-0.0208	0.8501	-0.2098	0.463	0.4956	-0.0466	0.9966	20.537	-23.1115	-37.7647
12	1.6754	0.7232	0.1727	2.265	1.6972	1.8298	0.1973	0.0059	-0.4651	0.3115	0.2084	-1.7425	-0.1	0.2907	0.1103	0.4311	-0.0493	-0.1088	0.259	0.0501	0.7176	15.8331	-33.5791	-24.7103
13	1.6549	-1.9485	-0.2636	3.825	-0.5207	0.4985	-0.1347	-0.0849	-0.0936	0.9157	-0.2406	-0.1805	-0.2963	-0.0871	0.2137	0.495	-0.1038	-0.0986	0.4054	-0.037	0.9774	31.9917	-2.928	-15.0834
14	0.7276	-1.2372	0.7536	2.2409	-1.3551	0.8165	-0.1527	-0.2872	-0.7362	0.1299	-0.2207	0.2463	0.6937	-0.0178	0.1656	0.743	-0.0625	0.1715	0.6286	0.213	1.7416	33.7777	-23.8264	-10.7599
15	0.0876	-0.2782	-0.004	0.8617	0.013	0.0032	-0.1484	0.1356	-0.3973	-0.4214	-0.0559	-0.1337	0.0288	0.0354	-0.183	0.6849	-0.1679	0.119	0.3067	-0.2788	1.6838	38.9889	-20.6273	-23.2625
16	1.2063	-0.0829	-0.169	2.5331	0.822	0.9069	-0.2645	0.3162	-0.5837	-0.741	-0.1861	0.4889	-0.0345	-0.4113	0.3274	0.4334	-0.0729	-0.1539	0.4958	-0.1109	1.241	37.1511	-10.0363	-23.9218
17	1.717	-0.4708	0.7283	2.2989	0.5267	0.6005	-0.1537	-0.5508	-0.476	0.4903	-0.6624	-0.105	0.1429	-0.3783	0.4484	0.8263	-0.131	-0.0241	0.7297	-0.0032	1.0959	28.893	-16.6427	2.4051
18	2.1252	0.0564	-0.1937	1.1823	-0.1484	1.0088	-0.235	0.0785	-1.3305	-0.2766	-0.0772	0.3163	0.178	-0.0613	0.1927	0.2516	-0.0233	0.0282	0.3455	-0.0404	0.9884	40.7777	-8.384	-19.6938
19	0.4881	0.3509	-0.3106	0.7465	-0.6646	0.5912	-0.2238	0.2935	-0.4362	-0.3883	0.2313	-0.2168	0.2991	-0.1375	0.2284	0.3857	-0.1743	-0.0222	0.455	-0.1619	1.3323	28.3604	-14.1311	-24.7009
20	2.4906	0.7049	-1.2288	0.288	-0.9389	4.4877	0.16	-0.1832	-0.2588	-0.4983	0.0104	-0.2305	0.3413	-0.0068	-0.0889	0.7724	-0.2063	0.1816	0.5156	0.1103	1.1435	29.9213	-23.1047	-16.9077
21	3.0968	-2.0307	0.6335	2.8648	0.6021	3.394	-0.1059	0.3254	0.075	-0.7298	-0.3839	1.1759	-0.4219	-0.4488	0.1019	0.7182	0.1603	-0.2578	0.374	-0.0599	0.3734	-7.3797	0.8144	-39.2696
22	2.1658	0.6385	0.1712	1.3038	-0.1929	1.2105	0.2164	0.4386	-0.0171	-1.7049	-0.4462	0.1022	0.2867	0.3781	0.005	1.1672	0.2743	0.0561	0.4638	-0.0018	0.2839	2.0505	-3.3097	-43.6673
23	2.8528	0.8863	-0.4222	2.0875	-0.8565	2.6737	0.5143	0.2606	0.0318	-0.0156	0.0563	0.6741	0.3192	-0.5674	-0.2175	0.6266	0.0016	-0.2686	0.5801	-0.0945	1.163	-23.5289	4.763	-32.4489
24	1.7151	-0.4194	-0.4798	1.5713	-0.5691	0.9867	0.2611	-0.0608	-0.765	-2.078	-0.525	0.3981	0.4093	0.1821	-0.2133	1.399	0.2545	-0.1733	0.2247	-0.2895	0.039	-2.4391	-3.9771	-41.6202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 74 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 75 through 91 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 92 through 107 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 108 through 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 165 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 166 through 175 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 48 through 67 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 68 through 84 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 85 through 135 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 136 through 145 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 146 through 175 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 47 through 56 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 57 through 64 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 65 through 74 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 75 through 91 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 92 through 107 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 108 through 155 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 156 through 165 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 166 through 175 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 48 through 67 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 68 through 91 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 92 through 107 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 108 through 175 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)