PDB-8j6x: Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD complexed with 5-Benzyloxygr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j6x

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV2 N-NTD complexed with 5-Benzyloxygramine derivative (P3-8)

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 nucleocapsid protein 5-Benzyloxygramine

機能・相同性

機能・相同性情報

response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Hong, J.Y. / Hou, M.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2024
タイトル: Targeting protein-protein interaction interfaces with antiviral N protein inhibitor in SARS-CoV-2.
著者: Hong, J.Y. / Lin, S.C. / Kehn-Hall, K. / Zhang, K.M. / Luo, S.Y. / Wu, H.Y. / Chang, S.Y. / Hou, M.H.

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j6x.cif.gz	216.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j6x.ent.gz	175.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8iqjC 8iv3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

ヘテロ分子

68.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.722, 92.859, 97.508
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 17053.031 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物	ChemComp-U2H / ~{N}-methyl-~{N}-[(5-phenylmethoxy-1~{H}-indol-3-yl)methyl]propan-1-amine 分子量: 308.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.88 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: spermine tetrahydrochloride, potassium chloride, Bis-Tris HCl (pH 7.0), PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 15467 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 21.18
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 4.743 / Num. unique obs: 1500

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→26.91 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2793	1538	9.98 %
R_work	0.231	-	-
obs	0.2359	15405	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3958	0	23	28	4009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.366	566
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	567
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	735

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.3439	122	0.3362	1168	X-RAY DIFFRACTION	93
2.77-2.86	0.3996	137	0.3232	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.98	0.3726	148	0.3258	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.11	0.3645	139	0.2914	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.28	0.378	141	0.2925	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.48	0.3538	140	0.2918	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.75	0.3123	145	0.2519	1255	X-RAY DIFFRACTION	99
3.75-4.13	0.2534	136	0.2072	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.72	0.2314	138	0.1917	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-5.94	0.2352	142	0.1902	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
5.94-26.91	0.2049	150	0.179	1370	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2966	-0.3294	-0.3703	3.9932	-0.8284	2.9968	-0.2185	-0.4112	0.0144	0.6052	0.097	-0.6918	0.2521	0.566	0.0991	0.384	0.1216	-0.13	0.6105	-0.0377	0.4872	11.6222	-4.5407	-9.0259
2	3.4086	-0.3175	0.4324	2.9949	0.5184	1.6418	-0.0716	-0.3597	0.5156	-0.1942	-0.055	-0.0594	-0.0912	0.1215	0.065	0.269	0.0086	-0.0219	0.5447	0.0436	0.4016	8.1355	2.312	-15.5439
3	3.3133	2.4155	-0.8631	4.192	1.7804	4.6171	0.2761	-0.0828	-0.9233	0.518	0.1064	0.1617	1.3605	-0.421	-0.3427	0.736	-0.1792	-0.3238	0.6352	0.1826	0.944	18.7887	-24.5281	-9.3757
4	4.1155	0.1188	0.2399	3.2452	-0.3872	1.8924	-0.1737	-0.3805	-0.2447	0.1403	0.1707	-0.0223	-0.1858	-0.2276	-0.0029	0.3047	0.0776	-0.0136	0.5857	0.0283	0.2867	4.8962	-2.4428	-16.7672
5	1.3321	1.3515	-1.0104	1.3601	-1.1358	5.0857	-0.564	-0.289	0.0887	0.5704	0.2074	-0.9143	0.3746	-0.1594	0.308	0.6353	0.147	-0.178	0.718	-0.1743	0.449	17.4434	0.134	-7.081
6	4.2576	-1.0552	-2.9265	5.7793	0.7955	3.3746	0.3191	0.0911	0.1731	0.0897	-0.0255	-0.2745	-0.766	-0.4482	-0.2125	0.4145	0.0181	-0.0267	0.4316	0.1091	0.3274	8.6525	-30.6257	-24.7616
7	1.0338	0.0516	1.2301	4.9219	0.563	2.5052	0.1159	-0.1735	-0.2593	0.0131	-0.0624	-0.6463	-0.4507	-0.1915	0.0553	0.4353	0.058	0.1128	0.402	0.0056	0.5687	9.8426	-30.0628	-26.6483
8	3.1954	1.2305	-0.4207	4.8416	0.2878	3.2165	0.0399	0.1134	0.0414	-0.3464	-0.1087	-0.638	-0.8237	-0.0077	0.0329	0.5391	0.119	0.0732	0.4441	0.0983	0.3521	9.2154	-26.2149	-31.6974
9	4.1354	0.7215	-1.096	5.1582	0.1631	2.5123	0.0652	-0.1389	-0.4349	-0.1377	0.1959	-1.6425	-0.4321	0.439	-0.2355	0.3095	-0.0448	0.0558	0.3489	0.0271	0.8086	16.6221	-37.5253	-30.246
10	1.2398	1.9368	0.5734	3.6189	-0.9189	5.7774	0.517	-1.113	-0.4536	-0.3351	-0.0181	-1.3148	-0.3413	-0.043	-0.3816	0.6177	0.071	0.037	0.3393	0.0862	0.6856	13.9091	-27.0765	-15.2425
11	3.3781	-2.0771	-1.386	8.3074	-0.0791	1.5842	0.0505	-0.1054	-0.8238	1.3141	-0.854	-0.9631	0.2928	-0.3953	0.6908	0.5551	-0.02	-0.1517	0.4434	-0.1244	0.939	32.1493	-2.9339	-15.254
12	0.1533	0.5186	-0.1268	9.1043	-8.2457	8.4203	0.1197	-0.1202	0.3391	0.2367	-1.0849	0.9755	1.7403	0.2679	0.9236	0.9114	-0.08	0.1928	0.7239	0.0528	1.0632	33.7068	-23.8303	-10.5908
13	2.813	0.176	-1.173	2.185	0.2898	6.1609	-0.1401	0.4142	-0.9265	-0.3842	-0.1426	0.8845	1.0003	-0.2454	0.3735	0.485	-0.0491	-0.0572	0.4802	-0.1965	1.0913	37.9969	-13.886	-24.1218
14	8.3124	1.235	-1.4054	5.6955	-1.3804	4.0747	0.4535	-1.0287	0.0142	0.7761	-0.5282	-0.9764	-0.7709	0.0447	0.1476	0.7262	-0.068	-0.1019	0.691	0.1302	0.9857	29.0134	-17.1265	1.8307
15	5.4338	1.6697	-0.7139	1.4749	0.5084	3.172	-0.3192	0.285	-1.8151	0.0651	-0.1447	0.5291	0.7667	-0.1397	0.3335	0.3907	-0.0112	0.0756	0.3741	-0.0821	0.9125	42.788	-11.5814	-16.9511
16	4.2163	0.4339	0.3225	1.3838	-1.2045	1.9935	-0.1226	0.3586	0.0776	-0.3851	-0.0409	0.2144	-0.3854	-0.2407	0.2673	0.3745	-0.0351	-0.1811	0.5017	-0.198	0.8665	38.177	-3.6906	-24.3774
17	1.6185	-1.2018	0.6519	5.6991	-2.9482	2.5156	-0.3634	-0.2895	-0.1855	-0.5056	0.3409	-0.0364	1.0063	-0.3181	0.0121	0.6146	-0.0571	0.0631	0.5127	-0.0726	1.1622	29.1597	-18.9705	-20.8161
18	4.5794	-0.7186	-0.473	1.4017	1.9218	2.7165	0.0994	0.7482	0.2355	-1.5534	-0.6926	0.4268	0.1764	-0.2697	0.4054	1.0373	0.1946	-0.1622	0.4327	-0.0119	0.4261	-4.9398	1.0827	-42.0055
19	3.5251	0.6552	0.3228	2.7262	1.2579	0.5789	-0.2524	0.8952	-0.7534	-0.2935	0.1279	-0.3438	0.5507	0.3845	0.2173	1.0314	0.457	0.5131	1.0046	0.0171	0.6498	9.2614	-6.0053	-41.2102
20	1.1904	0.4398	-1.4877	0.5493	0.3557	5.2	0.0234	0.3323	0.0095	-0.376	-0.0976	0.2368	0.3128	-0.3218	-0.5135	1.1019	0.3167	-0.5666	0.5477	-0.1709	0.5065	-7.5959	-4.0364	-43.1222
21	5.0476	0.2085	-0.2979	1.1137	-1.7671	2.8052	-0.2029	0.8414	0.7938	-0.5018	0.0869	1.2793	0.048	-1.1453	-0.1017	0.5693	0.1451	-0.3113	0.7244	-0.2118	1.0925	-24.904	4.6243	-31.0707
22	4.2087	2.4763	-0.0601	2.3826	-0.9034	0.8131	0.4905	0.9917	1.1748	-1.2869	-0.5002	0.8703	0.4331	-0.3827	0.0684	0.7343	0.215	-0.2937	0.5896	-0.049	0.6877	-12.1394	0.5167	-37.4606
23	0.2644	0.5413	0.3461	1.115	0.836	1.6994	-0.1927	0.1283	-0.1812	-0.5394	0.3117	-0.0189	0.4104	0.0369	-0.0925	1.6484	0.1268	-0.3239	0.4951	-0.1441	0.4735	-7.2719	-8.6164	-47.6908
24	2.3932	-0.113	-1.2983	1.1568	-0.2615	0.7866	0.0123	0.0542	0.6036	-1.1051	0.0212	-0.4403	0.4846	0.4443	0.0709	0.8412	0.1658	0.1327	0.44	0.0049	0.4901	2.5027	-10.9899	-39.1829
25	3.1492	0.0864	-0.2578	0.4342	-0.1515	3.011	0.4658	-0.2828	0.332	-0.9953	-0.1675	-0.3359	-0.4843	0.4444	-0.0195	0.7201	0.143	0.1684	0.5114	-0.0229	0.2407	3.9698	4.0306	-37.5728
26	0.7302	-0.7432	-1.2238	1.184	1.2278	2.0547	0.2496	0.1304	0.1635	-0.6173	-0.4205	0.4415	-0.2581	-0.1619	0.0665	1.18	0.3181	0.0128	0.6611	-0.4291	0.4532	-5.0525	10.3711	-42.8014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 74 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 75 through 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 107 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 108 through 155 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 156 through 175 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 48 through 67 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 68 through 101 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 102 through 145 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 146 through 165 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 166 through 175 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 47 through 56 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 57 through 64 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 65 through 91 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 92 through 107 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 108 through 135 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 136 through 155 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 156 through 175 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 48 through 74 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 75 through 84 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 85 through 91 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 92 through 101 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 102 through 113 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 114 through 135 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 136 through 155 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 156 through 165 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 166 through 175 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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