+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i7o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | In situ structure of axonemal doublet microtubules in mouse sperm with 16-nm repeat | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / microtubules / axoneme / sperm / filament | ||||||
機能・相同性 | ![]() male germ-line stem cell population maintenance / 9+0 motile cilium / outer acrosomal membrane / regulation of brood size / establishment of left/right asymmetry / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / axonemal B tubule inner sheath / axonemal A tubule inner sheath ...male germ-line stem cell population maintenance / 9+0 motile cilium / outer acrosomal membrane / regulation of brood size / establishment of left/right asymmetry / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / axonemal B tubule inner sheath / axonemal A tubule inner sheath / inner dynein arm assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / positive regulation of feeding behavior / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cilium-dependent cell motility / sperm principal piece / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / PKR-mediated signaling / COPI-mediated anterograde transport / protein localization to organelle / Aggrephagy / acrosomal membrane / Kinesins / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases activate IQGAPs / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Recycling pathway of L1 / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / flagellated sperm motility / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Hedgehog 'off' state / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / manchette / MHC class II antigen presentation / protein targeting to mitochondrion / motile cilium / positive regulation of cell motility / protein targeting to membrane / microtubule organizing center / regulation of neuron projection development / ciliary base / tubulin complex / myosin phosphatase activity / intercellular bridge / extrinsic component of membrane / protein-serine/threonine phosphatase / beta-tubulin binding / regulation of cell division / axoneme / phosphatase activity / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / mitotic cytokinesis / spermatid development / alpha-tubulin binding / cilium assembly / sperm flagellum / cellular response to unfolded protein / dephosphorylation / sperm midpiece / Hsp70 protein binding / centriole / Neutrophil degranulation / protein-tyrosine-phosphatase / ciliary basal body / mitotic spindle organization / acrosomal vesicle / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein tyrosine phosphatase activity / G protein-coupled receptor binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Hsp90 protein binding / protein localization / mitochondrial intermembrane space / mitotic spindle / structural constituent of cytoskeleton / cilium / spindle pole / microtubule cytoskeleton organization / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
![]() | Zhu, Y. / Yin, G.L. / Tai, L.H. / Sun, F. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: In-cell structural insight into the stability of sperm microtubule doublet. 著者: Linhua Tai / Guoliang Yin / Xiaojun Huang / Fei Sun / Yun Zhu / ![]() 要旨: The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. ...The propulsion for mammalian sperm swimming is generated by flagella beating. Microtubule doublets (DMTs) along with microtubule inner proteins (MIPs) are essential structural blocks of flagella. However, the intricate molecular architecture of intact sperm DMT remains elusive. Here, by in situ cryo-electron tomography, we solved the in-cell structure of mouse sperm DMT at 4.5-7.5 Å resolutions, and built its model with 36 kinds of MIPs in 48 nm periodicity. We identified multiple copies of Tektin5 that reinforce Tektin bundle, and multiple MIPs with different periodicities that anchor the Tektin bundle to tubulin wall. This architecture contributes to a superior stability of A-tubule than B-tubule of DMT, which was revealed by structural comparison of DMTs from the intact and deformed axonemes. Our work provides an overall molecular picture of intact sperm DMT in 48 nm periodicity that is essential to understand the molecular mechanism of sperm motility as well as the related ciliopathies. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 11.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 10.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 12.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2 MB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35229MC ![]() 8i7rC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 19種, 179分子 A2A3AEAGAIBEBGBICGCIDEDGEEEGFEFGGEGGGIHEHGHIIEIGIIJEJGKEKGKI...
#1: タンパク質 | 分子量: 48713.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 48689.090 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 47897.918 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 50385.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 56754.777 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 52121.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 23987.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 62817.535 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 36659.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 23097.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 21527.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9D9D8, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase #14: タンパク質 | 分子量: 57406.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 29587.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | 分子量: 16305.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 20575.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 176028.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #21: タンパク質 | | 分子量: 32786.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #23: タンパク質 | 分子量: 27763.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #24: タンパク質 | 分子量: 19512.373 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-EF-hand domain-containing ... , 2種, 3分子 G1G2G5
#9: タンパク質 | 分子量: 75235.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | | 分子量: 87758.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-Cilia- and flagella-associated protein ... , 3種, 7分子 N2N3P1P2XCXDXE
#17: タンパク質 | 分子量: 18960.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 68322.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 22781.389 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 1種, 123分子 ![](data/chem/img/GTP.gif)
#25: 化合物 | ChemComp-GTP / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: mouse sperm / タイプ: CELL / Entity ID: #1-#24 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 3 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 117 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.6/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37018 / 対称性のタイプ: POINT |
EM volume selection | Num. of tomograms: 689 / Num. of volumes extracted: 37018 |